Desenvolvimento de ferramentas de biologia de sistemas para avaliação de dados detranscriptômicos
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Data
2022-10-14
Autores
Pilan, José Rafael [UNESP]
Título da Revista
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Título de Volume
Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Resumo
A cada dia são desenvolvidos novas metodologias e equipamentos que proporcionam maior facilidade para a elucidação dos RNAs transcritos em situações específicas nos mais diferentes organismos. O que essas metodologias e equipamentos possuem em comum é o enorme volume de dados que podem gerar em cada execução. Devido a grande quantidade de tecnologias que estão surgindo para geração de dados de sequenciamento e expressão gênica precisamos de ferramentas que permitam o estudo e análise integrada dos difer entes dados advindos dos resultado desses experimentos. Nesse trabalho propomos a integração das funções do transcriptograma com uma ferramenta desenvolvida para visualização de dados de expressão sobreposto a uma rede biológica gerando como resultado fina l um pacote para execução no layout de dashboard das ferramentas citadas. O pacote foi desenvolvido utilizando a linguagem de programação R em conjunto com as linguagens C e C++ e disponibilizado para o ambiente R. Para validar a ferramenta utilizaremos da dos de expressão gênica de amostras de pulmão obtidas das tecnologias de sequenciamento microarranjo e Single - Cell RNA. Como resultados a ferramenta levi (Landscape Expression Visualization Interface) está disponível para download em um dos principais repo sitórios onlines de ferramentas de bioinformática, o Bioconductor. A integraccão das ferramentas do transcriptograma foram adicionadas ao dashboard e para validarmos a aplicacão realizamos o workflow do trancriptograma em dados de microarranjo e RNA - seq de amostras de pessoas com e sem adenocarcinoma de pulmão. Os resultados indicam uma maior acurácia na utilizacão da ferramenta rTranscriptograma tanto para dados de microarranjo como para dados de RNA - seq.
Every day new equipment are developed that provide greater facility for elucidating the RNAs transcribed in specific situations in the most different organisms. What these methodologies and equipment have in common is the large volume of data that they can generate in each execution. Due to the great amount of technologies that are emerging to generate sequencing and gene expression data, we need tools that allow the study and integrated analysis of the different data resulting from the results of these experiments. In this work we propose the integration of the functions of the transcriptogram with a tool to be developed for visualization of expression data superimposed on a biological network, resulting in a package for the execution of the mentioned tools in the final result. The package was developed using the R programming language together with C and C++ languages and made available to the R environment. To validade the tool we will use gene expression data from lung samples obtained from microarray and Single-Cell RNA sequencing Technologies. As a result the levi tool (Landscape Expression Visualization Interface) is available for download in one of the main online respositories of bioinformatics tools, the Bioconductor. The integration of transcriptogram tools has been added to the dashboard and to validate the application, we performed the transcriptogram workflow on microarray data and RNA-seq from samples from people with and without lung adenocarcinoma. The results indicate a greater accuracy in the use of the rTrancriptogram tool both from microarray and RNA-seq data.
Every day new equipment are developed that provide greater facility for elucidating the RNAs transcribed in specific situations in the most different organisms. What these methodologies and equipment have in common is the large volume of data that they can generate in each execution. Due to the great amount of technologies that are emerging to generate sequencing and gene expression data, we need tools that allow the study and integrated analysis of the different data resulting from the results of these experiments. In this work we propose the integration of the functions of the transcriptogram with a tool to be developed for visualization of expression data superimposed on a biological network, resulting in a package for the execution of the mentioned tools in the final result. The package was developed using the R programming language together with C and C++ languages and made available to the R environment. To validade the tool we will use gene expression data from lung samples obtained from microarray and Single-Cell RNA sequencing Technologies. As a result the levi tool (Landscape Expression Visualization Interface) is available for download in one of the main online respositories of bioinformatics tools, the Bioconductor. The integration of transcriptogram tools has been added to the dashboard and to validate the application, we performed the transcriptogram workflow on microarray data and RNA-seq from samples from people with and without lung adenocarcinoma. The results indicate a greater accuracy in the use of the rTrancriptogram tool both from microarray and RNA-seq data.
Descrição
Palavras-chave
Biotecnologia, Computação, Dados de expressão, Proteínas