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A comparative in silico linear B-cell epitope prediction and characterization for South American and African Trypanosoma vivax strains

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dc.contributor.authorGuedes, Rafael Lucas Muniz
dc.contributor.authorRodrigues, Carla Monadeli Filgueira
dc.contributor.authorCoatnoan, Nicolas
dc.contributor.authorCosson, Alain
dc.contributor.authorCadioli, Fabiano Antonio [UNESP]
dc.contributor.authorGarcia, Herakles Antonio
dc.contributor.authorGerber, Alexandra Lehmkuhl
dc.contributor.authorMachado, Rosangela Zacarias [UNESP]
dc.contributor.authorMinoprio, Paola Marcella Camargo
dc.contributor.authorTeixeira, Marta Maria Geraldes
dc.contributor.authorde Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro
dc.contributor.institutionLaboratório Nacional de Computação Científica (LNCC)
dc.contributor.institutionSetor de Pesquisa e Desenvolvimento
dc.contributor.institutionUniversidade de São Paulo (USP)
dc.contributor.institutionInstitut Pasteur
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.date.accessioned2018-12-11T17:36:08Z
dc.date.available2018-12-11T17:36:08Z
dc.date.issued2018-01-01
dc.description.abstractTrypanosoma vivax is a parasite widespread across Africa and South America. Immunological methods using recombinant antigens have been developed aiming at specific and sensitive detection of infections caused by T. vivax. Here, we sequenced for the first time the transcriptome of a virulent T. vivax strain (Lins), isolated from an outbreak of severe disease in South America (Brazil) and performed a computational integrated analysis of genome, transcriptome and in silico predictions to identify and characterize putative linear B-cell epitopes from African and South American T. vivax. A total of 2278, 3936 and 4062 linear B-cell epitopes were respectively characterized for the transcriptomes of T. vivax LIEM-176 (Venezuela), T. vivax IL1392 (Nigeria) and T. vivax Lins (Brazil) and 4684 for the genome of T. vivax Y486 (Nigeria). The results presented are a valuable theoretical source that may pave the way for highly sensitive and specific diagnostic tools.en
dc.description.affiliationLaboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), Av. Getúlio Vargas, 333
dc.description.affiliationGrupo Hermes Pardini Setor de Pesquisa e Desenvolvimento
dc.description.affiliationDepartamento de Parasitologia Instituto de Ciências Biomédicas Universidade de São Paulo
dc.description.affiliationTrypanosomatids Infectious Processes Laboratory Department of Infection and Epidemiology Institut Pasteur, 25 rue du Dr Roux
dc.description.affiliationDepartamento Clínica Cirurgia e Reprodução Animal Faculdade de Odontologia e Curso de Medicina Veterinária Universidade Estadual Paulista – UNESP
dc.description.affiliationLaboratório de Immnoparasitologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV) Universidade Estadual Paulista (UNESP), Campus Jaboticabal
dc.description.affiliationUnespDepartamento Clínica Cirurgia e Reprodução Animal Faculdade de Odontologia e Curso de Medicina Veterinária Universidade Estadual Paulista – UNESP
dc.description.affiliationUnespLaboratório de Immnoparasitologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV) Universidade Estadual Paulista (UNESP), Campus Jaboticabal
dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1016/j.ygeno.2018.02.017
dc.identifier.citationGenomics.
dc.identifier.doi10.1016/j.ygeno.2018.02.017
dc.identifier.file2-s2.0-85042909009.pdf
dc.identifier.issn1089-8646
dc.identifier.issn0888-7543
dc.identifier.scopus2-s2.0-85042909009
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/179635
dc.language.isoeng
dc.relation.ispartofGenomics
dc.relation.ispartofsjr1,688
dc.relation.ispartofsjr1,688
dc.rights.accessRightsAcesso aberto
dc.sourceScopus
dc.subjectBioinformatics
dc.subjectBloodstream forms
dc.subjectLinear B-cell epitopes
dc.subjectTranscriptomics
dc.subjectTrypanosoma vivax
dc.titleA comparative in silico linear B-cell epitope prediction and characterization for South American and African Trypanosoma vivax strainsen
dc.typeArtigo
dspace.entity.typePublication
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (UNESP), Faculdade de Medicina Veterinária, Araçatubapt
unesp.departmentPatologia Veterinária - FCAVpt
unesp.departmentClínica, Cirurgia e Reprodução Animal - FMVApt

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