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dc.contributor.advisorFilho, Elso Drigo [UNESP]
dc.contributor.advisorRuggiero, José Roberto [UNESP]
dc.contributor.authorCortez Gutiérrez, Hernán Oscar [UNESP]
dc.date.accessioned2014-06-11T19:30:54Z
dc.date.available2014-06-11T19:30:54Z
dc.date.issued2009-02-18
dc.identifier.citationCORTEZ GUTIÉRREZ, Hernán Oscar. Modelo dinâmico e estatístico aplicado a transição de fase. 2009. 102 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, 2009.
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/100461
dc.description.abstractO objetivo deste trabalho é investigar a localização de energia e o aprisionamento do breather no modelo de Peyrard Bishop com o potencial original de Morse, potencial simétrico de Morse e potenciais quárticos em cadeias homogêneas e não homogêneas usando o Teorema do limite anticontinuum. No caso não homogêneo, a impureza é introduzida pela profundidade do potencial. Foi observado que o modelo SPB apresenta pequenas amplitudes e menor densidade de energia comparada com o modelo PB. Para potenciais quárticos simétricos e assimétricos foi verificado numericamente que não temos transição de fase usando o conceito de amplitude média das vibrações. Entretanto, um potencial híbrido formado por um quártico e Morse pode fornecer uma grande amplitude de vibração das fitas de DNA . Finalmente, no sistema não homogêneo, se verificou a hipótese de aprisionamento por meio de uma simulação de interação do breather móvel com a região de TATA box para uma cadeia longa de DNA, correspondente à seqüencia de nucleotídeos que codifica a insulina. Este resultado deve ajudar a estender a aplicação dos breathers discretos a sistemas biológicos que levam em conta reações bioquímicas localizadas (como, por exemplo, reações enzimáticas) em macromoléculas biológicas. O modelo PB pode ser modificado para explicar a existência de movimentos localizados de grande amplitude. O decaimento da função potencial para valores grandes mostraram uma vibração localizada no equilíbrio de grande amplitude. Isso é feito alterando o potencial on site.pt
dc.description.abstractThe objective of this work is to investigate the energy localization and the breather trapping in the Peyrard-Bishop model with the original Morse potential, symmetric Morse potential and quartics potentials in homogeneous and inhomogeneous chains. In the inhomogeneous case, the impurity is introduced by the depth of the potential. It was observed that the SPB model shows small amplitude and lower density of energy compared with the PB model. Quartics potentials, for symmetric and asymmetric cases, do not show phase transition. It is verified by numerical calculation using the concept of mean amplitude of the vibrations. Meanwhile, a potential hybrid formed by a quartic and Morse is ideal for DNA applications. Finally, it was verified the trapping hypotheses through the simulation of interaction of mobile breather with the region of TATA box for a long chain of DNA corresponding to the nucleotide sequence that encodes the insulin. This result should help to extend the application of discrete breathers the biological systems that take into account located biochemical reactions (such as enzymatic reactions) in biological macromolecules. In addition, the PB model can be modified to explain the existence of highly localized large amplitudes motions of the base pairs in DNA. We do this change the on site potential.en
dc.description.sponsorshipConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
dc.format.extent102 f. : il. color.
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.sourceAleph
dc.subjectMolecular biophysicsen
dc.subjectBiofísicapt
dc.subjectBiologia molecularpt
dc.subjectBiofísica molecularpt
dc.subjectLimite anticontínuo - Banachpt
dc.subjectEstabilidade de Breathers - Impurezaspt
dc.subjectTransição de fase (Física estatística)pt
dc.titleModelo dinâmico e estatístico aplicado a transição de fasept
dc.typeTese de doutorado
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.rights.accessRightsAcesso aberto
unesp.graduateProgramBiofísica Molecular - IBILCEpt
unesp.knowledgeAreaBiofísica molecularpt
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (UNESP), Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas, São José do Rio Pretopt
dc.identifier.aleph000592054
dc.identifier.filecortezgutierrez_ho_dr_sjrp.pdf
dc.identifier.capes33004153068P9
dc.identifier.lattes3277957413291567
dc.identifier.orcid0000-0001-6536-4153
unesp.advisor.lattes3277957413291567[1]
unesp.advisor.orcid0000-0001-6536-4153[1]
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