Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína

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dc.contributor.advisorDrigo Filho, Elso [UNESP]
dc.contributor.authorPerles, João Vitor Santos
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.date.accessioned2023-09-06T19:21:06Z
dc.date.available2023-09-06T19:21:06Z
dc.date.issued2023-08-08
dc.description.abstractEsta dissertação explora o uso da hierarquia hamiltoniana e do processo de ortogonalização de Gram-Schmidt, combinados com o método de fatorização, para resolver a equação de Fokker-Planck. O objetivo é obter as distribuições de probabilidade, tempos de transição entre estados e constantes de relaxação para potenciais chamados de biestáveis. Nesse trabalho, os potenciais são modelados por funções do tipo polinomial. Primeiramente, é apresentada a solução da equação de Fokker-Planck para um potencial biestável polinomial, assimétrico e genérico, com o objetivo de demonstrar a aplicação dos dois formalismos distintos. Em seguida, a mesma equação é resolvida para um perfil de energia livre, que descreve unidimensionalmente os estados na dinâmica de enovelamento de proteína, obtido a partir de simulação computacional.pt
dc.description.abstractThis dissertation explores the use of Hamiltonian hierarchy and the Gram-Schmidt orthogonalization process, combined with the factorization method, to solve the Fokker-Planck equation. The goal is to obtain probability distributions, transition times between states, and relaxation constants for potentials called bistable potentials. In this work, the potentials are modeled by polynomial functions. Firstly, the solution to the Fokker-Planck equation is presented for a polynomial bistable potential, which is asymmetric and generic, aiming to demonstrate the application of the two distinct formalisms. Then, the same equation is solved for a free energy profile, which describes the protein folding dynamics states in a one-dimensional manner, obtained from computational simulation.en
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
dc.description.sponsorshipId88887.641424/2021-00
dc.identifier.capes33004153068P9
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/250619
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.rights.accessRightsAcesso aberto
dc.subjectFokker-Planckpt
dc.subjectHierarquia de hamiltonianospt
dc.subjectGram-Schmidtpt
dc.subjectPotencial biestávelpt
dc.subjectEnovelamento de proteínapt
dc.subjectFokker-Plancken
dc.subjectHamiltonian hierarchyen
dc.subjectGram-Schmidten
dc.subjectBistable potentialen
dc.subjectProtein foldingen
dc.titleMétodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteínapt
dc.title.alternativeSolution methods of the Fokker-Planck equation applied to the protein folding problemen
dc.typeDissertação de mestrado
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (Unesp), Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas, São José do Rio Pretopt
unesp.embargoOnlinept
unesp.examinationboard.typeBanca públicapt
unesp.graduateProgramBiofísica Molecular - IBILCEpt
unesp.knowledgeAreaBiofísica molecularpt
unesp.researchAreaFísica biológica teóricapt

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