Análise genômica em larga escala de elementos repetitivos com foco em cromossomos B do ciclídeo Astatotilapia latifasciata
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Data
2016-09-26
Autores
Orientador
Martins, Cesar 
Coorientador
Pós-graduação
Ciências Biológicas (Genética) - IBB
Curso de graduação
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Tipo
Dissertação de mestrado
Direito de acesso
Acesso aberto
Resumo
Resumo (português)
Cromossomos B são elementos supranumerários presentes em diversos grupos taxonômicos. Sua composição heterocromática está ligada a grande quantidade de sequências repetitivas que possuem. Sua origem está relacionada ao conjunto cromossômico A, sendo um mosaico de sequências deste. O primeiro relato de cromossomos B em ciclídeos africanos foi na espécie Astatotilapia latifasciata, que pode carregar 0, 1 ou 2 cromossomos B. Estudos citogenéticos clássicos encontraram alta carga de elementos repetitivos no cromossomo B da espécie. Portanto, o estudo dos elementos repetitivos presentes no cromossomo B de A. latifasciata pode elucidar sua origem e manutenção no genoma. Os resultados utilizando dados de sequenciamento de nova geração, mapeamento por hibridização fluorescente in situ (FISH) e PCR em tempo real mostraram vários elementos com maior número de cópias no cromossomo B de A. latifasciata. Transposons de DNA, como Tc1-Mariner, e retrotransposons, como os membros da família Bel/Pao e Gypsy, foram encontrados expandidos no cromossomo B. Com o sequenciamento em larga escala de RNA (RNA-seq), foi avaliada a transcrição diferencial entre indivíduos sem cromossomos B (B-) e com esses (B+). Mesmo alguns elementos apresentando expressão diferencial entre os grupos, elementos expandidos no B permanecem com expressão constante. A presença de sequências repetitivas expandidas no cromossomo B e seu perfil transcricional traz informações sobre sua composição e dinâmica.
Resumo (inglês)
B chromosomes (B) are supernumerary elements found in many taxonomic groups. Their heterochromatic composition is related to abundance in repetitive sequences. Their origin is linked to the A chromosome complement (A), as a mosaic of sequences from A. The first report of a chromosome B in cichlids from the Great Lakes of East Africa was on Astatotilapia latifasciata, which can harbor 0, 1 or 2 B chromosomes. Classical cytogenetics studies found high content of repetitive elements on the species B chromosome. Therefore, the study of B chromosome repetitive content is key to understand their origin and perpetuation. A combination of next generation sequencing, fluorescent in situ hybridization (FISH) and real-time PCR reveled several expanded repetitive elements on B chromosome of A. latifasciata. DNA transposons, as Tc1-Mariner, and retrotransposons, such as Bel/Pao and Gypsy were found in higher proportion on the B chromosome. With RNA sequencing data (RNA-seq) we evaluated repetitive transcriptional levels between B- and B+ individuals. Although several elements have differential expression among groups, expanded B elements were equally transcribed. Presence of expanded repetitive sequences on B chromosome and their transcriptional profile brings information about B composition and dynamics.
Descrição
Palavras-chave
Idioma
Português
