RESSALVA Atendendo solicitação do autor, o texto completo desta tese será disponibilizado somente a partir de 10/07/2025. UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA “JÚLIO DE MESQUITA FILHO” FACULDADE DE MEDICINA VETERINÁRIA CAMPUS DE ARAÇATUBA MARCO ANTONIO PERPÉTUO DE SOUSA Identificação de novos microRNAs em tecido testicular de bovinos Bos indicus Araçatuba 2023 MARCO ANTONIO PERPÉTUO DE SOUSA Identificação de novos microRNAs em tecido testicular de bovinos Bos indicus Tese apresentada à Faculdade de Medicina Veterinária de Araçatuba da Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” – UNESP, como parte dos requisitos para obtenção do título de Doutor em Ciência Animal. Orientadora: Profa. Dra. Marina Rufino Salinas Fortes Coorientadoras: Profa. Dra. Flávia Lombardi Lopes e Profa. Dra. Andressa Oliveira de Lima Araçatuba 2023 À minha amada mãe Cláudia, mulher forte como rocha, e à Melissa e Nicholas, filhos maravilhosos! Amo vocês! AGRADECIMENTOS A Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”, em especial ao Programa de Pós-graduação em Ciência Animal da Faculdade de Medicina Veterinária – Campus de Araçatuba. A CAPES. O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior – Brasil (CAPES) – Código de Financiamento 001. A professora Marina Fortes, que aceitou o desafio de me orientar enfrentando os percalços da distância, contribuindo imensamente para minha formação acadêmica e científica. Uma pessoa maravilhosa que tem a minha profunda gratidão, respeito e admiração. A minha coorientadora, Andressa Oliveira de Lima que participou intensamente da elaboração deste trabalho sempre à disposição para inúmeras horas de reuniões online enfrentando as dificuldades do fuso horário. Se cheguei até aqui foi por sua dedicação. A minha coorientadora Flávia Lombardi Lopes por ter acreditado em mim e aberto as portas para a minha vida acadêmica na pós-graduação. Obrigado por sempre poder contar com seus conselhos, seja na vida acadêmica ou pessoal. A Juliana Afonso por sua disponibilidade nas inúmeras reuniões online e por compartilhar seu valoroso saber científico, sempre indicando opções e caminhos para solucionar os mais diversos desafios deste trabalho. Minha eterna gratidão. A Flávia Athayde por sua mentoria bioinformática, compartilhado seu conhecimento científico e encarando muitas horas de reuniões, dando suporte para a realização deste trabalho. Muito obrigado pela parceria acadêmica e pessoal. Aos meus colegas do Laboratório de Bioinformática pelo apoio, dedicação e companheirismo. A todos os professores das disciplinas cursadas e todos os colegas de turma, parceiros na elaboração e apresentação de trabalhos. A todos os amigos que fiz na organização dos Simpósios da Pós-Graduação. Foram momentos incríveis. A Daniela Denadai, minha dupla preferida na pós-graduação, pelo apoio em toda a minha jornada acadêmica e pessoal. Por sempre me socorrer nos momentos em que mais precisei. Ao Professor José Fernando Garcia por ter me aceitado como estagiário durante o Programa de Aperfeiçoamento e Apoio à Docência no Ensino Superior (PAADES). Obrigado pela cordialidade, professor! Ao Professor Paulo Patto, coordenador da pós-graduação por sua pronta disponibilidade, cordialidade e profissionalismo. Aos funcionários do Departamento de pós-graduação por sua costumeira cordialidade. À Biblioteca da FMVA, em especial a Cristina Alexandra de Godoy, pela disponibilidade e gentileza no auxílio das correções desta tese. A todos os meus queridos alunos, com os quais sempre compartilhei os desafios e conquistas da vida acadêmica e científica e que, em cada pequena realização no ambiente escolar e pessoal me fazem acreditar que tudo vale a pena. A Secretaria da Educação do Estado de São Paulo, Diretoria de Ensino de Araçatuba-SP, Diretores Escolares e, em especial, a Gerente de Organização Escolar Kátia da escola EE Profª Purcina Elisa de Almeida pelo afastamento das funções de professor de Biologia que foi concedido durante a realização deste trabalho. A minha família, minha mãe Cláudia, meus irmãos Paulo, Simone e Camila, filhos Melissa e Nicholas, sobrinhos Thamires, Junior, Clara, Maria Paula, Rafaela e Ravi (além do bebê que está vindo), cunhados Jilly, Cássio e Daniela, primos Rodrigo e Thiago (parceiros na elaboração das imagens) e demais familiares, por estarem sempre comigo, torcendo e vibrando a cada vitória. Da última casa da última rua. Essa é para vocês e por vocês. “Se te apetece esforçar, esforça-te; se te apetece repousar, repousa; se te apetece fugir, fuja; se te apetece resistir, resista; mas saiba bem o que te apetece, e não recue ante nenhum pretexto, porque o universo se organizará para te dissuadir”. Friedrich Nietzsche SOUSA, M. A. P. Identificação de novos microRNAs em tecido testicular de bovinos Bos indicus. 2023. 101 f. Tese (Doutorado) – Faculdade de Medicina Veterinária, Universidade Estadual Paulista, Araçatuba, 2023. RESUMO Os consórcios de anotação genômica funcional fornecem um recurso valioso para pesquisadores no mundo todo. A subespécie Bos indicus tem importância econômica relevante devido sua adaptação a climas tropicais e seu genoma requer melhor anotação. Os microRNAs são pequenos RNAs endógenos que atuam na regulação da expressão gênica através da repressão pós-transcricional, ligando-se ao RNA mensageiro de seus genes alvo, levando-os à degradação. O presente trabalho investigou a ocorrência de novos microRNAs em tecido testicular de bovinos Bos indicus. Identificamos 85 novos possíveis miRNA em 27 cromossomos sendo 48,24% expressos na cauda do epidídimo, 21,18% no caput do epidídimo e 17,65% no parênquima testicular, dos quais 14 apresentaram similaridade com 19 miRNAs anotados em outras espécies. Os novos miRNAs ocorreram em 978 regiões de QTL, sendo que 12,68% destas regiões estão relacionadas com reprodução e fertilidade. A predição de ligação dos novos miRNAs com seus genes alvo identificou 10 hub miRNAs dos quais 8 tiveram vias enriquecidas para seus genes alvo. O presente estudo descreveu novos miRNAs em tecido testicular e acrescenta informações para o genoma de animais Bos indicus fornecendo caminhos para formulação de novas hipóteses e elucidação de processos biológicos, possivelmente relacionados com a fertilidade e reprodução. Palavras-chave: microRNA. Anotação funcional. Reprodução. Bovinos. SOUSA, M. A. P. Identification of new microRNAs in Bos indicus bovine testicular tissue. 2023. 101 f. Tese (Doutorado) – Faculdade de Medicina Veterinária, Universidade Estadual Paulista, Araçatuba, 2023. ABSTRACT Functional genomic annotation consortia provide a valuable resource for researchers worldwide. The Bos indicus subspecies has relevant economic importance due to its adaptation to tropical climates, and its genome requires better annotation. MicroRNAs are small endogenous RNAs that act in the regulation of gene expression by post-transcriptional repression, binding to the messenger RNA of their target genes and leading them to degradation. This study investigated the occurrence of new microRNAs in Bos indicus bovine testicular tissue. We identified 85 new possible miRNAs on 27 chromosomes, of which 48.24% were found in the epididymal tail, 21.18% in the epididymal caput, and 17.65% in the testicular parenchyma. Fourteen of these new miRNAs showed similarity with 19 miRNAs annotated in other species. The new miRNAs occurred in 978 QTL regions, of which 12.68% were related to reproduction and fertility. Prediction of the target genes for the new miRNAs identified 10 hub miRNAs. Out of these 8 hub miRNAs had enriched pathways for their target genes. This study described new miRNAs in testicular tissue and added information to the Bos indicus genome, providing paths for formulating new hypotheses and elucidating biological processes, potentially related to fertility and reproduction. Keywords: microRNA. Functional annotation. Reproduction. Bovine. LISTA DE ILUSTRAÇÕES Figura 1 - Anatomia do sistema reprodutor masculino de touros ..... 22 Figura 2 - Diferenciação celular da célula germinativa masculina de bovinos ........................................................................... 24 Figura 3 - Biogênese de miRNAs canônicos em metazoários ........................................................................................ 27 Figura 4 - Exemplo de saída do programa miRDeep2..................... 38 Figura 5 - Caracterização e distribuição dos novos miRNAs ........... 42 Figura 6 - Distribuição dos novos miRNAs por tecido...................... 43 Figura 7 - Distribuição de novos miRNAs ocorrendo em regiões de QTL por tecido ................................................................ 59 Figura 8 - Ocorrência de miRNAs em regiões de QTL por categoria60 Figura 9 - Número de genes alvo por novo miRNA ......................... 65 Figura 10 - Ocorrência de genes alvo comuns entre tecidos ............. 66 Figura 11 - Rede de interação entre os novos miRNAs identificados e seus alvos preditos ......................................................... 68 Figura 12 - Vias enriquecidas dos genes alvo dos hub miRNAs ....... 69 Figura 13 - Nuvem de palavras da plataforma Animal QTLdb por ano ........................................................................................ 78 LISTA DE TABELAS Tabela 1 - Novos miRNAs identificados em tecido testicular bovino de touros Bos indicus ........................................................... 44 Tabela 2 - Quantidade de novos miRNAs bovinos com similaridade com miRNAs anotados em outras espécies .................... 55 Tabela 3 - Alinhamento BLAST das sequências maduras dos novos miRNAs preditos contra o genoma de outras espécies e as categorias de QTL correspondentes às coordenadas genômicas ...................................................................... 56 Tabela 4 - Ocorrência de novos miRNAs em regiões de QTL relacionadas à reprodução e fertilidade .......................... 61 SUMÁRIO 1 INTRODUÇÃO .................................................................................. 17 2 REVISÃO DE LITERATURA ............................................................. 19 2.1 Genômica e fertilidade .................................................................... 19 2.2 O Sistema reprodutor de touros ...................................................... 21 2.2.1 O Sistema reprodutor masculino de bovinos e a gametogênese . 21 2.3 microRNAs e sua relação com a gametogênese ............................ 26 2.4 Os consórcios de anotação funcional ............................................. 29 3 HIPÓTESE ........................................................................................ 32 4 OBJETIVOS ...................................................................................... 33 4.1 Objetivos específicos ...................................................................... 33 5 MATERIAIS E MÉTODOS ................................................................. 34 5.1 Animais e amostras ........................................................................ 34 5.2 Extração de RNA, sequenciamento, alinhamento e preparação de bibliotecas ............................................................................................ 34 5.2.1 Extração ...................................................................................... 34 5.2.2 Sequenciamento .......................................................................... 35 5.3 Bioinformática ................................................................................. 35 5.3.1 Controle de qualidade das bibliotecas ......................................... 35 5.3.2 Identificação de novos miRNAs utilizando o pacote miRDeep2 ... 36 5.3.2.1 Criação de um arquivo de genoma indexado ............................ 36 5.3.2.2 Mapeamento das reads contra o genoma de referência indexado ............................................................................................................. 36 5.3.2.3 Identificação dos novos miRNAs .............................................. 37 5.3.3 Caracterização dos loci dos novos miRNAs ................................ 39 5.3.4 Similaridade dos novos miRNAs com miRNAs anotados de outras espécies ............................................................................................... 39 5.3.5 Ocorrência dos novos miRNAs em regiões de QTL ..................... 39 5.3.6 Predição de ligação dos novos miRNAs com genes alvo diferencialmente expressos entre os 3 tecidos ..................................... 40 5.3.7 Criação de rede de interação entre os novos miRNAs e seus genes alvo ....................................................................................................... 40 5.3.8 Enriquecimento funcional ............................................................ 40 6 RESULTADOS .................................................................................. 41 6.1 Identificação de novos miRNAs ...................................................... 41 6.2 Similaridade entre novos miRNAs identificados em bovinos e miRNAs anotados em espécies conhecidas ....................................................... 55 6.3 Ocorrência de novos miRNAs bovinos identificados em regiões de QTL ...................................................................................................... 59 6.4 Predição de genes alvo .................................................................. 63 6.5 Redes de interação entre os miRNAs e seus genes-alvo ............... 67 7 DISCUSSÃO ..................................................................................... 70 7.1 Animais, descrição geral e caracterização dos novos miRNAs ....... 70 7.2 Similaridade com miRNAs anotados em outras espécies ............... 72 7.3 Ocorrência dos novos miRNAs em regiões de QTL ........................ 75 7.4 Alvos, redes e enriquecimento funcional ........................................ 79 8 CONCLUSÃO .................................................................................... 81 REFERÊNCIAS .................................................................................... 82 APÊNDICE A – MATERIAL SUPLEMENTAR ...................................... 93 17 1 INTRODUÇÃO O Brasil é o maior exportador de carne bovina do mundo. O rebanho brasileiro ultrapassou 224 milhões de cabeças de gado em 2021. No mesmo ano o valor bruto nominal da produção de leite e carne e leite somados foi aproximadamente 196 bilhões de reais (INSTITUTO BRASILEIRO DE GEOGRAFIA E ESTATÍSTICA -IBGE, 2021; MILLEN et al., 2011). As duas subespécies Bos taurus e Bos indicus possuem o mesmo ancestral (Bos primigenius) e tendo origem entre 280.000 e 330.000 anos atrás (UTSUNOMIYA et al., 2019). As raças zebuínas (Bos indicus) são originárias da Índia e representam mais de 80% do efetivo bovino nacional. A raça Brahman surgiu nos EUA, foi introduzida no Brasil em 1994 e hoje está presente em mais de 70 países (ASSOCIAÇÃO BRASILEIRA DOS CRIADORES DE ZEBU - ABCZ, 2023; ASSOCIAÇÃO DOS CRIADORES DE BRAHMAN DO BRASIL - ACBB, 2023). Quando comparado com Bos taurus, os bovinos Bos indicus apresentam uma série de características genéticas adaptativas que favorecem sua criação em regiões tropicais (BURROW, 2012; CARDOSO et al., 2021; PORTO-NETO et al., 2014). Entre elas podemos destacar a tolerância a parasitas internos e externos, o uso de forragens de baixa qualidade e a resistência ao calor (UTSUNOMIYA et al., 2019). A resistência aos efeitos deletérios devido a exposição a altas temperaturas é observada a nível celular, uma vez que embriões de Bos indicus são menos propensos a inibição de desenvolvimento quando expostos ao calor que embriões de Bos taurus assim como a taxa de conversão alimentar, produção de carne e leite, taxa de crescimento e fertilidade (HANSEN, 2004). Apesar do fato das duas subespécies apresentarem taxas de sudorese parecidas, animais Bos indicus possuem glândulas sudoríparas em maior densidade (MORRELL, 2020). Em condições de aumento de temperatura, a resposta na alteração das taxas de transpiração e respiração entre os dois grupos ocorreu com diferença de 8ºC, sendo que o grupo Bos taurus foi mais sensível à variação (MORRELL, 2020). O metabolismo basal de Bos indicus é menor que o de Bos taurus (HANSEN, 2004) gerando menos calor. Os touros Brahman possuem a pelagem curta, lisa e com cores claras, portanto são menos propensos ao estresse térmico. Essas características são importantes para a bovinocultura em regiões quentes e úmidas, ou seja, na maior parte do Brasil. 82 REFERÊNCIAS ABASCAL, F.; ACOSTA, R.; ADDLEMAN, N. J.; ADRIAN, J.; AFZAL, V.; AKEN, B.; AKIYAMA, J. A.; JAMMAL, O. Al; AMRHEIN, H.; ANDERSON, S. M.; ANDREWS, G. R.; ANTOSHECHKIN, I.; ARDLIE, K. G.; ARMSTRONG, J.; ASTLEY, M.; BANERJEE, B.; BARKAL, A. A.; BARNES, I. H. A.; BAROZZI, I.; BARRELL, D.; BARSON, G.; BATES, D.; BAYMURADOV, U. K.; BAZILE, C.; BEER, M. A.; BEIK, S.; BENDER, M. A.; BENNETT, R.; BOUVRETTE, L. P. B.; BERNSTEIN, B. E.; BERRY, A.; BHASKAR, A.; BIGNELL, A.; BLUE, S. M.; BODINE, D. M.; BOIX, C.; BOLEY, N.; BORRMAN, T.; BORSARI, B.; BOYLE, A. P.; BRANDSMEIER, L. A.; BRESCHI, A.; BRESNICK, E. H.; BROOKS, J. A.; BUCKLEY, M.; BURGE, C. B.; BYRON, R.; CAHILL, E.; CAI, L.; CAO, L.; CARTY, M.; CASTANON, R. G.; CASTILLO, A.; CHAIB, H.; CHAN, E. T.; CHEE, D. R.; CHEE, S.; CHEN, H.; CHEN, H.; CHEN, J. Y.; CHEN, S.; CHERRY, J. M.; CHHETRI, S. B.; CHOUDHARY, J. S.; CHRAST, J.; CHUNG, D.; CLARKE, D.; CODY, N. A. L.; COPPOLA, C. J.; COURSEN, J.; D’IPPOLITO, A. M.; DALTON, S.; DANYKO, C.; DAVIDSON, C.; DAVILA-VELDERRAIN, J.; DAVIS, C. A.; DEKKER, J.; DERAN, A.; DESALVO, G.; DESPACIO-REYES, G.; DEWEY, C. N.; DICKEL, D. E.; DIEGEL, M.; DIEKHANS, M.; DILEEP, V.; DING, B.; DJEBALI, S.; DOBIN, A.; DOMINGUEZ, D.; DONALDSON, S.; DRENKOW, J.; DRESZER, T. R.; DRIER, Y.; DUFF, M. O.; DUNN, D.; EASTMAN, C.; ECKER, J. R.; EDWARDS, M. D.; EL-ALI, N.; ELHAJJAJY, S. I.; ELKINS, K.; EMILI, A.; EPSTEIN, C. B.; EVANS, R. C.; EZKURDIA, I.; FAN, K.; FARNHAM, P. J.; FARRELL, N.; FEINGOLD, E. A.; FERREIRA, A. M.; FISHER- AYLOR, K.; FITZGERALD, S.; FLICEK, P.; FOO, C. S.; FORTIER, K.; FRANKISH, A.; FREESE, P.; FU, S.; FU, X. D.; FU, Y.; FUKUDA-YUZAWA, Y.; FULCINITI, M.; FUNNELL, A. P. W.; GABDANK, I.; GALEEV, T.; GAO, M.; GIRON, C. G.; GARVIN, T. H.; GELBOIN-BURKHART, C. A.; GEORGOLOPOULOS, G.; GERSTEIN, M. B.; GIARDINE, B. M.; GIFFORD, D. K.; GILBERT, D. M.; GILCHRIST, D. A.; GILLESPIE, S.; GINGERAS, T. R.; GONG, P.; GONZALEZ, A.; GONZALEZ, J. M.; GOOD, P.; GOREN, A.; GORKIN, D. U.; GRAVELEY, B. R.; GRAY, M.; GREENBLATT, J. F.; GRIFFITHS, E.; GROUDINE, M. T.; GRUBERT, F.; GU, M.; GUIGÓ, R.; GUO, H.; GUO, Y.; GUO, Y.; GURSOY, G.; GUTIERREZ-ARCELUS, M.; HALOW, J.; HARDISON, R. C.; HARDY, M.; HARIHARAN, M.; HARMANCI, A.; HARRINGTON, A.; HARROW, J. L.; HASHIMOTO, T. B.; HASZ, R. D.; HATAN, M.; HAUGEN, E.; HAYES, J. E.; HE, P.; HE, Y.; HEIDARI, N.; HENDRICKSON, D.; HEUSTON, E. F.; HILTON, J. A.; HITZ, B. C.; HOCHMAN, A.; HOLGREN, C.; HOU, L.; HOU, S.; HSIAO, Y. H. E.; HSU, S.; HUANG, H.; HUBBARD, T. J.; HUEY, J.; HUGHES, T. R.; HUNT, T.; IBARRIENTOS, S.; ISSNER, R.; IWATA, M.; IZUOGU, O.; JAAKKOLA, T.; JAMEEL, N.; JANSEN, C.; JIANG, L.; JIANG, P.; JOHNSON, A.; JOHNSON, R.; JUNGREIS, I.; KADABA, M.; KASOWSKI, M.; KASPARIAN, M.; KATO, M.; KAUL, R.; KAWLI, T.; KAY, M.; KEEN, J. C.; KELES, S.; KELLER, C. A.; KELLEY, D.; KELLIS, M.; KHERADPOUR, P.; KIM, D. S.; KIRILUSHA, A.; KLEIN, R. J.; KNOECHEL, B.; KUAN, S.; KULIK, M. J.; KUMAR, S.; KUNDAJE, A.; KUTYAVIN, T.; LAGARDE, J.; LAJOIE, B. R.; LAMBERT, N. J.; LAZAR, J.; LEE, A. Y.; LEE, D.; LEE, E.; LEE, J. W.; LEE, K.; LESLIE, C. S.; LEVY, S.; LI, B.; LI, H.; LI, N.; LI, X.; LI, Y. I.; LI, Y.; LI, Y.; LI, Y.; LIAN, J.; LIBBRECHT, M. W.; LIN, S.; LIN, Y.; LIU, D.; LIU, J.; LIU, P.; LIU, T.; LIU, X. S.; LIU, Y.; LIU, Y.; LONG, M.; LOU, S.; LOVELAND, J.; LU, A.; LU, Y.; LÉCUYER, E.; MA, L.; MACKIEWICZ, M.; MANNION, B. J.; MANNSTADT, M.; MANTHRAVADI, D.; MARINOV, G. K.; MARTIN, F. J.; MATTEI, E.; MCCUE, K.; MCEOWN, M.; 83 MCVICKER, G.; MEADOWS, S. K.; MEISSNER, A.; MENDENHALL, E. M.; MESSER, C. L.; MEULEMAN, W.; MEYER, C.; MILLER, S.; MILTON, M. G.; MISHRA, T.; MOORE, D. E.; MOORE, H. M.; MOORE, J. E.; MOORE, S. H.; MORAN, J.; MORTAZAVI, A.; MUDGE, J. M.; MUNSHI, N.; MURAD, R.; MYERS, R. M.; NANDAKUMAR, V.; NANDI, P.; NARASIMHA, A. M.; NARAYANAN, A. K.; NAUGHTON, H.; NAVARRO, F. C. P.; NAVAS, P.; NAZAROVS, J.; NELSON, J.; NEPH, S.; NERI, F. J.; NERY, J. R.; NESMITH, A. R.; NEWBERRY, J. S.; NEWBERRY, K. M.; NGO, V.; NGUYEN, R.; NGUYEN, T. B.; NGUYEN, T.; NISHIDA, A.; NOBLE, W. S.; NOVAK, C. S.; NOVOA, E. M.; NUÑEZ, B.; O’DONNELL, C. W.; OLSON, S.; ONATE, K. C.; OTTERMAN, E.; OZADAM, H.; PAGAN, M.; PALDEN, T.; PAN, X.; PARK, Y.; PARTRIDGE, E. C.; PATEN, B.; PAULI-BEHN, F.; PAZIN, M. J.; PEI, B.; PENNACCHIO, L. A.; PEREZ, A. R.; PERRY, E. H.; PERVOUCHINE, D. D.; PHALKE, N. N.; PHAM, Q.; PHANSTIEL, D. H.; PLAJZER-FRICK, I.; PRATT, G. A.; PRATT, H. E.; PREISSL, S.; PRITCHARD, J. K.; PRITYKIN, Y.; PURCARO, M. J.; QIN, Q.; QUINONES-VALDEZ, G.; RABANO, I.; RADOVANI, E.; RAJ, A.; RAJAGOPAL, N.; RAM, O.; RAMIREZ, L.; RAMIREZ, R. N.; RAUSCH, D.; RAYCHAUDHURI, S.; RAYMOND, J.; RAZAVI, R.; REDDY, T. E.; REIMONN, T. M.; REN, B.; REYMOND, A.; REYNOLDS, A.; RHIE, S. K.; RINN, J.; RIVERA, M.; RIVERA-MULIA, J. C.; ROBERTS, B.; RODRIGUEZ, J. M.; ROZOWSKY, J.; RYAN, R.; RYNES, E.; SALINS, D. N.; SANDSTROM, R.; SASAKI, T.; SATHE, S.; SAVIC, D.; SCAVELLI, A.; SCHEIMAN, J.; SCHLAFFNER, C.; SCHLOSS, J. A.; SCHMITGES, F. W.; SEE, L. H.; SETHI, A.; SETTY, M.; SHAFER, A.; SHAN, S.; SHARON, E.; SHEN, Q.; SHEN, Y.; SHERWOOD, R. I.; SHI, M.; SHIN, S.; SHORESH, N.; SIEBENTHALL, K.; SISU, C.; SLIFER, T.; SLOAN, C. A.; SMITH, A.; SNETKOVA, V.; SPACEK, D. V.; SRINIVASAN, S.; SRIVAS, R.; STAMATOYANNOPOULOS, G.; STAMATOYANNOPOULOS, J. A.; STANTON, R.; STEFFAN, D.; STEHLING-SUN, S.; STRATTAN, J. S.; SU, A.; SUNDARARAMAN, B.; SUNER, M. M.; SYED, T.; SZYNKAREK, M.; TANAKA, F. Y.; TENEN, D.; TENG, M.; THOMAS, J. A.; TOFFEY, D.; TRESS, M. L.; TROUT, D. E.; TRYNKA, G.; TSUJI, J.; UPCHURCH, S. A.; URSU, O.; USZCZYNSKA-RATAJCZAK, B.; UZIEL, M. C.; VALENCIA, A.; BIBER, B. Van; VAN DER VELDE, A. G.; VAN NOSTRAND, E. L.; VAYDYLEVICH, Y.; VAZQUEZ, J.; VICTORSEN, A.; VIELMETTER, J.; VIERSTRA, J.; VISEL, A.; VLASOVA, A.; VOCKLEY, C. M.; VOLPI, S.; VONG, S.; WANG, H.; WANG, M.; WANG, Q.; WANG, R.; WANG, T.; WANG, W.; WANG, X.; WANG, Y.; WATSON, N. K.; WEI, X.; WEI, Z.; WEISSER, H.; WEISSMAN, S. M.; WELCH, R.; WELIKSON, R. E.; WENG, Z.; WESTRA, H. J.; WHITAKER, J. W.; WHITE, C.; WHITE, K. P.; WILDBERG, A.; WILLIAMS, B. A.; WINE, D.; WITT, H. N.; WOLD, B.; WOLF, M.; WRIGHT, J.; XIAO, R.; XIAO, X.; XU, J.; XU, J.; YAN, K. K.; YAN, Y.; YANG, H.; YANG, X.; YANG, Y. W.; YARDIMCI, G. G.; YEE, B. A.; YEO, G. W.; YOUNG, T.; YU, T.; YUE, F.; ZALESKI, C.; ZANG, C.; ZENG, H.; ZENG, W.; ZERBINO, D. R.; ZHAI, J.; ZHAN, L.; ZHAN, Y.; ZHANG, B.; ZHANG, J.; ZHANG, J.; ZHANG, K.; ZHANG, L.; ZHANG, P.; ZHANG, Q.; ZHANG, X. O.; ZHANG, Y.; ZHANG, Z.; ZHAO, Y.; ZHENG, Y.; ZHONG, G.; ZHOU, X. Q.; ZHU, Y.; ZIMMERMAN, J.; SNYDER, M. P.; GINGERAS, T. R.; MOORE, J. E.; WENG, Z.; GERSTEIN, M. B.; REN, B.; HARDISON, R. C.; STAMATOYANNOPOULOS, J. A.; GRAVELEY, B. R.; FEINGOLD, E. A.; PAZIN, M. J.; PAGAN, M.; GILCHRIST, D. A.; HITZ, B. C.; CHERRY, J. M.; BERNSTEIN, B. E.; MENDENHALL, E. M.; ZERBINO, D. R.; FRANKISH, A.; FLICEK, P.; MYERS, R. M. Perspectives on ENCODE. Nature, v. 583, n. 7818, p. 693–698, 2020. 84 ABOU-HAILA, A.; TULSIANI, D. R. P. Mammalian sperm acrosome: formation, contents, and function. Archives of Biochemistry and Biophysics, Maryland Heights, v. 379, n. 2, p. 173-182, 2000. DOI: 10.1006/abbi.2000.1880. AGARWAL, V.; BELL, G. W.; NAM, J.-W.; BARTEL, D. P. Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs. eLife, Cambridge, v. 4, artigo e05005, 38 p., 2015. 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