Filogenômica e caracterização genômica de algas vermelhas continentais da ordem Batrachospermales (Rhodophyta) - Silva, Nadia Martins Lemes [UNESP] (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2025)
Atualmente, as informações disponíveis sobre a organização genômica de rodófitas de água doce das ordens Batrachospermales são esparsas e a relação filogenética entre os representantes da ordem não está bem resolvida. O projeto propõe análise filogenômica e caracterização de genomas plastidiais e mitocondriais para ambas as ordens de Nemaliophycidae. Os resultados gerados permitirão testar as seguintes hipóteses: 1) Os genomas de Batrachospermales serão altamente conservados, em concordância com outros membros de Florideophyceae em geral e mais particularmente da subclasse Nemaliophycidae; outras características são esperadas, como genomas de tamanho entre 170 e 200 kpb e com cerca de 200 genes codificantes, ambos dentro da faixa relatada para Florideophyceae e mais semelhantes aos grupos mais próximos, como Nemaliales; 2) os dados atualmente disponíveis para membros da ordem Batrachospermales não permitem definir clados distintos dentro da ordem, razão pela qual apenas uma família é reconhecida no esquema atual; as análises filogenômicas revelarão dois ou mais grupos bem sustentados, que associados às características morfológicas vegetativas e reprodutivas, permitirão um novo e melhor rearranjo de gêneros e famílias; 3) a inclusão de maior número de táxons de Batrachospermales nas análises permitirá um melhor entendimento das relações filogenéticas entre as ordens exclusivamente de água doce (Batrachospermales, Thoreales e Balbianiales) dentro de Nemaliophycidae. O estudo proposto aborda aspectos de grande relevância: a) é uma ampla investigação de filogenômica e caracterização genômica dos dois grupos mais representativos de rodófitas de água doce; 2) fornecerá informações valiosas para análises filogenômicas comparativas da ordem Batrachospermales com outros grupos de Rhodophyta, especialmente dentro da subclasse Nemaliophycidae; viabilizando o refinamento das relações filogenéticas do grupo; 3) fornecerá um robusto e amplo conjunto de dados para uma avaliação mais geral sobre a transição de ambientes marinhos para de água doce para membros das duas ordens, bem como as possíveis relações com as outras ordens exclusivamente de água doce com genoma já sequenciado (Balbianiales e Thoreales).

Currently, the available information on the genomic organization of freshwater red algae of the order Batrachospermales is sparse, and the phylogenetic relationships among representatives of the order are not well resolved. This project proposes a phylogenomic analysis and the characterization of plastid and mitochondrial genomes for both orders of the subclass Nemaliophycidae. The results generated will allow testing the following hypotheses: (1) the genomes of Batrachospermales will be highly conserved, in agreement with other members of Florideophyceae in general and, more particularly, of the subclass Nemaliophycidae; additional characteristics are expected, such as genome sizes ranging from 170 to 200 kbp and approximately 200 protein-coding genes, both within the range reported for Florideophyceae and more similar to closely related groups such as Nemaliales; (2) the data currently available for members of the order Batrachospermales do not allow the definition of distinct clades within the order, which is why only a single family is recognized in the current classification scheme; phylogenomic analyses will reveal two or more well-supported groups that, when associated with vegetative and reproductive morphological characters, will allow a new and improved rearrangement of genera and families; (3) the inclusion of a larger number of Batrachospermales taxa in the analyses will provide a better understanding of the phylogenetic relationships among exclusively freshwater orders (Batrachospermales, Thoreales, and Balbianiales) within Nemaliophycidae. The proposed study addresses aspects of great relevance: (a) it represents a broad phylogenomic investigation and genomic characterization of the two most representative groups of freshwater red algae; (b) it will provide valuable information for comparative phylogenomic analyses of the order Batrachospermales with other groups of Rhodophyta, especially within the subclass Nemaliophycidae, enabling the refinement of phylogenetic relationships within the group; and (c) it will provide a robust and comprehensive dataset for a broader evaluation of the transition from marine to freshwater environments in members of both orders, as well as their possible relationships with other exclusively freshwater orders with already sequenced genomes (Balbianiales and Thoreales).
Phylogenomics and genomic characterization of continental freshwater red algae of the order Batrachospermales (Rhodophyta)
Keywords: Freshwater red algae; Genome structure; Organellar genome; Phylogenomics