Análises transcriptômicas em células únicas de fatores indutores de caquexia em linhagens celulares de câncer - Mussatto, Caio Fernando Ferreira [UNESP] (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2023)
A caquexia, uma síndrome multifatorial caracterizada pela perda contínua de massa muscular esquelética, representa um desafio significativo na gestão do câncer, uma vez que afeta aproximadamente 80% dos pacientes com câncer avançado e tem impacto direto na sobrevivência. Este estudo aborda a necessidade premente de selecionar linhagens celulares apropriadas para investigações in vitro e pesquisa pré-clínica relacionadas à caquexia. Utilizando ferramentas de mineração de texto, Geneshot e Open Targets Platform, foram identificados 123 fatores indutores de caquexia (CIFs). Em seguida, sequenciamentos de células únicas (Single Cell RNA-seq) de 198 linhagens celulares foram obtidos, onde, usando o Celligner, selecionamos 84 linhagens celulares que possuíam uma maior correlação com tumores primários. Em seguida, utilizando a linguagem R e o pacote de feramentas, Seurat, realizamos a caracterização dos 101 CIFs presente nas linhagens. Em seguida, realizamos uma análise de correlação de Pearson, entre 10 tipos tumorais e 54 linhagens (linhagens dos mesmos tipos tumorais previamente selecionados), usando a expressão média escalada de 89 CIFs em comum, o que permitiu a identificação de 10 linhagens celulares que melhor recapitulam a caquexia, sendo uma para cada tipo tumoral. Os dados de RNA-seq revelaram 10 linhagens celulares altamente correlacionadas com a expressão dos CIFs em vários tipos de câncer, incluindo ovário, pulmão, nasofaringe, rim, cólon e mama. Essas linhagens surgiram como candidatas promissoras para estudos futuros devido as correlações estatisticamente significativas. A seleção criteriosa de linhagens celulares é de extrema importância para estudos in vitro sobre a caquexia associada ao câncer, uma vez que uma escolha inadequada pode levar a resultados insatisfatórios. Estudos anteriores destacaram a necessidade de aprimorar os métodos de seleção para garantir a representatividade das linhagens em relação aos tumores de interesse. O enfoque na expressão gênica dos CIFs mostrou ser uma estratégia valiosa na identificação das linhagens celulares mais relevantes. Este estudo contribui para o entendimento e tratamento da caquexia associada ao câncer, fornecendo uma base sólida para futuras pesquisas. A identificação de linhagens celulares representativas e a caracterização de genes associados à caquexia abrem caminho para abordagens terapêuticas mais direcionadas e avanços significativos no controle da síndrome.
Single-cell transcriptomic analysis of cachexia-inducing factors in cancer cell lines
Keywords: Caquexia; scRNA-seq; CIFS; Linhagens celulares