Caracterização do conteúdo de DNA satélite em Thoropa miliaris (Amphibia, Anura): uma abordagem citogenômica - Santos, Murilo Durigon [UNESP] (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2023)
DNAs satélites são sequências de tamanho variável, repetidas em tandem, associadas geralmente às regiões heterocromáticas dos cromossomos. De acordo com a hipótese da biblioteca, organismos relacionados compartilham uma biblioteca comum de DNAs satélites, resultando em famílias de DNAs satélites que são compartilhadas entre vários táxons de um filo. O surgimento de ferramentas de bioinformática propiciou a identificação e caracterização de grandes coleções de DNAs satélites e possibilitou sua comparação entre diferentes espécies. No presente trabalho, foi realizada a caracterização completa in silico de DNAs satélites da espécie de anfíbio anuro Thoropa miliaris. Após o sequenciamento, a busca por clusters repetitivos no genoma de T. miliaris ocorreu pela plataforma RepeatExplorer2 e a discriminação de clusters que representassem potenciais DNAs satélites se deu pela ferramenta TAREAN. As sequências consenso foram usadas para consulta em dois bancos de dados (BLASTN e Repbase) com a finalidade de verificar similaridades com outras sequências já descritas. A abundância e divergência para os DNAs satélites identificados em T. miliaris foram estimadas por meio do script do RepeatMasker, gerando um gráfico landscape. Foram encontrados trinta e oito DNAs satélites para T. miliaris, nomeados de acordo com a ordem decrescente de abundância. Similaridades com outras sequências repetitivas já descritas foram verificadas pela consulta no BLASTN e no Repbase, apresentando dados que corroboram com a hipótese da biblioteca. Dessa forma, além de apresentar o satelitoma de T. miliaris, esta pesquisa contribui para um melhor entendimento da evolução de DNAs satélites em anfíbios anuros.

Satellite DNAs are sequences of variable length, organized in tandem-repeat fashion and generally associated with the heterochromatic regions of chromosomes. According to the library hypothesis, related species may share a common library of satellite DNAs. Thus, families of satellite DNAs might be shared among several taxa of a phylum. The emergence of bioinformatics tools enabled the identification and characterization of large collections of satellite DNAs and further facilitated their comparison between species. In the present work, we carried out a complete in silico characterization of satellite DNAs of the anuran species Thoropa miliaris. After sequencing, the search for repetitive sequences in the T. miliaris genome was carried out by the RepeatExplorer2 platform and the discrimination of clusters that represented potential satellite DNAs was done by the tool TAREAN. The consensus sequences were used for consultation in two databases (BLASTN and Repbase) in order to verify similarities with other sequences already described. The abundance and divergence for the satellite DNAs identified in T. miliaris were estimated using the RepeatMasker script, generating a landscape graph. Thirty-eight satellite DNAs were found for T. miliaris, which were named according to decreasing order of abundance. Similarities with other repetitive sequences already described were verified by consulting BLASTN and Repbase, presenting data that corroborate the library hypothesis. Therefore, in addition to presenting the T. miliaris satellite content, this research contributes to a better understanding of the evolution of satellite DNAs in anuran amphibians.
Characterization of satellite DNA content in Thoropa miliaris (Amphibia, Anura): a cytogenomic approach
Keywords: Bioinformática; DNA repetitivo; Evolução; Hipótese da Biblioteca; Bioinformatics; Evolution; Library Hypothesis; Repetitive DNA