Estudo das populações de vírus presentes em plantas de citros cultivadas em uma região afetada pela morte súbita dos citros - Matsumura, Emilyn Emy [UNESP] (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2016)
A morte súbita dos citros (MSC) causou a morte ou erradicação de aproximadamente quatro milhões de plantas de laranja doce na principal região citrícola do Brasil. Embora sua etiologia ainda não esteja completamente resolvida, seus sintomas e distribuição (especial e temporal) indicam uma provável doença viral. Trabalhos anteriores associaram a MSC ao vírus da tristeza dos citros (CTV) e ao CSDaV (Citrus sudden death-associated virus), no entanto, os resultados obtidos destes trabalhos não são conclusivos. Afim de estudar as populações de vírus presentes em plantas de citros afetadas pela MSC, este trabalho realizou uma análise comparativa, através do sequenciamento de alta performance do transcriptoma e dos pequenos RNAs de plantas sintomáticas e assintomáticas para MSC. Os dados revelaram uma infecção viral mista, incluindo o CTV como vírus mais predominante, seguido do CSDaV, um pararetrovírus endógeno de citros (CitPRV) e dois possíveis novos vírus, putativamente denominados de Citrus jingmen-like virus (CJLV) e Citrus virga-like virus (CVLV). As análises de correlação com a MSC indicaram uma provável associação de plantas sintomáticas com o CitPRV, enquanto que os dois novos vírus mostraram estar mais associados com plantas assintomáticas. A associação mais evidente foi observada entre plantas sintomáticas e um genótipo específico de CSDaV, o que nos conduziu a um estudo mais específico de variabilidade genética de 31 isolados de CSDaV, obtidos de plantas MSC-sintomáticas e assintomáticas. As análises de cinco regiões genômicas parciais do CSDaV, que correspondem aos domínios da metiltransferase, região de múltiplos domínios (MDR), helicase, RNA-dependente de RNA polimerase e capa proteica, mostraram que a região MDR apresentou maior diversidade genética. A diversidade nucleotídica (π) foi baixa para os isolados de CSDaV, e as análises filogenéticas revelaram a predominância de dois grupos principais, sendo que um deles se mostrou mais associado às plantas sintomáticas, o que foi coerente com os resultados relatados anteriormente. Além disso, os isolados de plantas sintomáticas mostraram maior diversidade nucleotídica, maiores taxas da relação dN/dS, e maior número de aminoácidos alterados, principalmente nas regiões mais próximas da região 5' terminal. Este trabalho gerou informações novas e importantes sobre o patossistema MSC. Tais informações foram consideradas para construção de um clone de cDNA do CSDaV, que poderá ser utilizado em outros estudos de etiologia, e também devem ser consideradas em futuros estudos epidemiológicos.

Citrus sudden death (CSD) is a disease that caused death or eradication of approximately four million orange trees in a very important citrus region in Brazil. Although its etiology is still not completely clear, symptoms and distribution of affected plants indicate a viral disease. Previous works have associated Citrus trsiteza vírus (CTV) and Citrus sudden death-associated virus (CSDaV) with CSD, but all attempts to prove these association have failed so far. In attempting to study the virome of citrus plants affected by CSD, and compare the frequency and diversity of viruses between CSD-symptomatic and asymptomatic plants, we have done a comparative high-throughput sequencing analysis of the transcriptome and small RNAs from those plants by using Illumina platform. The data revealed a mixed infection that included CTV as the most predominant virus, followed by the CSDaV, Citrus endogenous pararetrovirus (CitPRV) and two putative novel virus tentatively named Citrus jingmen-like virus (CJLV) and Citrus virga-like virus (CVLV) in this study. We demonstrated a likely association of the CSD-symptomatic plants with CitPRV, whereas the two putative novel viruses showed to be more associated with CSD-asymptomatic plants. The strongest association was observed between CSD-symptomatic plants and a specific CSDaV genotype, which led us to study more specificaly the genetic variability among 31 CSDaV isolates obtained from both CSD-symptomatic and asymptomatic plants. Analyses of partial nucleotide sequences of five domains of the CSDaV genomic RNA, including those encoding for the methyltransferase, the multi-domain region (MDR), the helicase, the RNA-dependent RNA polymerase and the coat protein, showed that the MDR coding region was the most diverse region assessed here. The nucleotide diversity (π) was low for CSDaV isolates, but the phylogenetic analyses revealed the predominance of two main groups, one of which showed a strong association with CSD-symptomatic plants, supporting the previous results obtained from the high-throughput analyses. Isolates obtained from CSD-symptomatic plants, compared to those obtained from asymptomatic plants, showed higher nucleotide diversity, nonsynonymous and synonymous substitution rates and number of amino acid changes on the coding regions located closer to the 5’ end region of the genomic RNA. This work generated new and valuable information that were used to construct an infectious clone of the CSDaV, which will be used in further etiology studies, and that must be considered in further epidemiological studies.
Study of virus population present in citrus plants grown in a region affected by citrus sudden death
Keywords: Morte súbita dos citros; CSDaV; CTV; Citrus sudden death; CSDaV; CTV; Sequenciamento de alta performance; Vírus de citros; Hight- throughput sequencing; Citrus viruses