Hibridização reversa e sequenciamento na genotipagem do vírus da hepatite C
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Data
2010-04-01
Autores
Levada, Patrícia Martinez [UNESP]
Moraes, Camila Fernanda Verdichio de [UNESP]
Corvino, Silvia Maria [UNESP]
Grotto, Rejane Maria Tommasini [UNESP]
Silva, Giovanni Faria [UNESP]
Pardini, Maria Ines de Moura Campos [UNESP]
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Editor
Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Resumo
INTRODUÇÃO: Os métodos de genotipagem do vírus da hepatite C têm sido muito discutidos. O objetivo deste trabalho foi comparar as metodologias de hibridização reversa e sequenciamento direto para a genotipagem do vírus da hepatite C. MÉTODOS: Noventa e uma amostras de plasma de pacientes assistidos na Faculdade de Medicina de Botucatu da Universidade Estadual Paulista foram utilizadas. A genotipagem por hibridização reversa foi realizada utilizando o kit comercial INNO-LiPA® v.1.0. O sequenciamento direto foi efetuado em sequenciador automático utilizando protocolos in house. RESULTADOS: A genotipagem por sequenciamento direto mostrou-se eficiente na resolução dos resultados inconclusivos pelo kit comercial. O kit mostrou resultados errôneos em relação à subtipagem viral. Além disso, a genotipagem por sequenciamento direto revelou um erro do kit com relação à determinação genotípica questionando a eficiência do método também para a identificação do genótipo viral. CONCLUSÕES: A genotipagem realizada por meio de sequenciamento direto permite uma maior acurácia na classificação viral quando comparada à hibridização reversa.
INTRODUCTION: The methods for genotyping the hepatitis C virus have been much discussed. The aim of this study was to compare the methodologies of reverse hybridization and direct sequencing for genotyping the hepatitis C virus. METHODS: Ninety-one plasma samples from patients attended at the Botucatu Medical School, São Paulo State University, were used. Genotyping by reverse hybridization was performed using the INNO-LiPA® v.1.0 commercial kit. Direct sequencing was performed in an automated sequencer using in-house protocols. RESULTS: Genotyping by direct sequencing was shown to be efficient for resolving cases that had remained inconclusive after using the commercial kit. The kit showed erroneous results in relation to virus subtyping. Moreover, direct sequencing revealed an error of the kit regarding the genotypic determination, thereby raising doubts about the efficiency of reverse hybridization for identifying the virus genotype. CONCLUSIONS: Genotyping by direct sequencing allowed greater accuracy of virus classification than did reverse hybridization.
INTRODUCTION: The methods for genotyping the hepatitis C virus have been much discussed. The aim of this study was to compare the methodologies of reverse hybridization and direct sequencing for genotyping the hepatitis C virus. METHODS: Ninety-one plasma samples from patients attended at the Botucatu Medical School, São Paulo State University, were used. Genotyping by reverse hybridization was performed using the INNO-LiPA® v.1.0 commercial kit. Direct sequencing was performed in an automated sequencer using in-house protocols. RESULTS: Genotyping by direct sequencing was shown to be efficient for resolving cases that had remained inconclusive after using the commercial kit. The kit showed erroneous results in relation to virus subtyping. Moreover, direct sequencing revealed an error of the kit regarding the genotypic determination, thereby raising doubts about the efficiency of reverse hybridization for identifying the virus genotype. CONCLUSIONS: Genotyping by direct sequencing allowed greater accuracy of virus classification than did reverse hybridization.
Descrição
Palavras-chave
Vírus da hepatite C, Genotipagem, Hibridização reversa, Sequenciamento direto, Hepatitis C virus, Genotyping, Reverse hybridization, Direct sequencing
Como citar
Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical. Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT, v. 43, n. 2, p. 135-138, 2010.