Identificação de RNAs longos não-codificadores em pacientes com Leishmaniose Tegumentar Americana

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dc.contributor.advisorLopes, Flavia Lombardi
dc.contributor.authorAlmeida, Mariana Cordeiro
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.date.accessioned2023-01-17T22:11:38Z
dc.date.available2023-01-17T22:11:38Z
dc.date.issued2023-01-16
dc.description.abstractNas Américas, a leishmaniose cutânea é comumente conhecida como leishmaniose tegumentar Americana, tendo como principal agente causador a espécie Leishmania (Viannia) braziliensis, responsável pelas três formas da doença: leishmaniose cutânea localizada (LCL), leishmaniose mucocutânea ou mucosa (LM) e leishmaniose disseminada (LD). A LCL é a forma mais comum, caracterizada por uma ou até dez lesões no local da picada do flebotomíneo. Após a cura da lesão cutânea inicial com o uso ou não de medicamentos, pode ocorrer o desenvolvimento da LM em até 20% dos pacientes, caracterizada pela destruição das mucosas oral e nasal. Essa progressão envolve diversos fatores relacionados ao parasito e ao hospedeiro que ainda não estão totalmente esclarecidos. As interações patógeno-hospedeiro envolvem diversas mudanças dinâmicas na expressão gênica no curso da infecção que podem ser reguladas por RNAs longos não-codificadores (lncRNAs). Os lncRNAs são capazes de regular a expressão gênica a nível transcricional e pós-transcricional, atuando em condições fisiológicas e patológicas. Nesse contexto, o presente estudo visa analisar se a coexpressão de lncRNAs e seu possíveis mRNAs alvos estão envolvidos no eventual desenvolvimento de LM. Os dados públicos de RNA-Seq (NCBI - GEO DataSets GSE33601) foram obtidos a partir da biópsia de lesões cutâneas primárias de 6 indivíduos. Após a cura completa da lesão, 3 indivíduos não apresentaram recidiva da doença (grupo LCL), enquanto os outros 3 desenvolveram lesões na mucosa oral e nasal (grupo LM). Após o alinhamento e contagem das reads e análise de expressão diferencial, identificamos 579 mRNAs e 46 lncRNAs diferencialmente expressos (p-valor<0.05 e log2(FC)≥1) no contraste entre grupos LM e LCL. A partir do cálculo do coeficiente da correlação de Pearson, nós identificamos 1324 pares lncRNAs-mRNAs coexpressos (|r|≥0.9 e p-valor<0.05). O lncRNA SNHG29 é um potencial regulador do mRNA S100A8, ambos mais expressos no grupo LM. Em conjunto com seu parceiro heterodimérico S100A9, formam um complexo que atua como mediador pró-inflamatório sendo reconhecidos por receptores de células da imunidade inata e queratinócitos. Sendo assim, nossos resultados sugerem que a regulação do mRNA alvo pelo lncRNA pode resultar em um ambiente pró-inflamatório contribuindo para o eventual desenvolvimento da lesão mucosa característica da LM.pt
dc.description.abstractIn the Americas, cutaneous leishmaniasis is commonly known as American tegumentary leishmaniasis, having as the main causative agent the species Leishmania (Viannia) braziliensis, responsible for the three forms of the disease: localized cutaneous leishmaniasis (LCL), mucocutaneous or mucosal leishmaniasis (ML) and disseminated leishmaniasis (DL). LCL is the most common form, characterized by one or ten lesions at the sandfly bite site. After healing of the initial skin lesion with or without the use of medication, ML may develop in up to 20% of patients, characterized by destruction of the oral and nasal mucosa. This progression involves several factors related to the parasite and the host that are not yet fully understood. Pathogen-host physiological changes involve several dynamic changes in gene expression over the course of infection that can be regulated by long non-coding RNAs (lncRNAs). LncRNAs are capable of regulating gene expression at the transcriptional and post-transcriptional level in regulatory and pathological conditions. In this context, the present study aims to analyse whether the co-expression of lncRNAs and their possible target mRNAs are involved in the eventual development of ML. Public RNA-Seq data (NCBI - GEO DataSets GSE33601) were obtained from biopsy of primary skin lesions from 6 individuals. After complete healing of the lesion, 3 individuals had no recurrence of the disease (LCL group), while the other 3 developed lesions in the oral and nasal mucosa (ML group). After read alignment and counting, differential expression analysis identified 579 mRNAs and 46 lncRNAs differentially expressed (p-value<0.05 and log2(FC)≥1) in the contrast between ML and LCL groups. From Pearson’s correlation coefficient, we identified 1324 co-expressed lncRNAs-mRNA pairs (|r|≥0.9 and p-value<0.05). LncRNA SNHG29 is a potential regulator of mRNA S100A8, both upregulated in the LM group. Together with its heterodimeric partner S100A9, these proteins form a complex that acts as a pro-inflammatory mediator and is recognized by innate immune cell receptors and keratinocytes. Our results suggest that target mRNA regulation by lncRNA may result in a pro-inflammatory environment for the eventual development of the mucosal lesion characteristic of ML.en
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
dc.description.sponsorshipIdCAPES: 88887.711766/2022-00
dc.description.sponsorshipIdFAPESP: 19/13541-6
dc.identifier.capes33004021075P8
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/238795
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.rights.accessRightsAcesso restrito
dc.subjectBioinformáticapt
dc.subjectEpigenéticapt
dc.subjectLeishmaniosept
dc.subjectBioinformaticsen
dc.subjectEpigeneticsen
dc.subjectLeishmaniasisen
dc.titleIdentificação de RNAs longos não-codificadores em pacientes com Leishmaniose Tegumentar Americanapt
dc.title.alternativeIdentification of long non-coding RNAs in patients with American Tegumentary Leishmaniasisen
dc.typeDissertação de mestrado
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (Unesp), Faculdade de Medicina Veterinária, Araçatubapt
unesp.embargo24 meses após a data da defesapt
unesp.examinationboard.typeBanca públicapt
unesp.graduateProgramCiência Animal - FMVApt
unesp.knowledgeAreaMedicina veterinária preventiva e produção animalpt
unesp.researchAreaEpidemiologia, Etiopatogenia, Diagnóstico e Controle das Enfermidades dos Animaispt

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