Eucalyptus ESTs associated with resistance to herbicide inhibitors of aromatic and branched-chain amino acid synthesis

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dc.contributor.authorVelini, Edivaldo Domingues [UNESP]
dc.contributor.authorTrindade, Maria Lúcia Bueno [UNESP]
dc.contributor.authorAlves, Elza [UNESP]
dc.contributor.authorCatâneo, Ana Catarina [UNESP]
dc.contributor.authorMarino, Celso Luis [UNESP]
dc.contributor.authorde Godoy Maia, Ivan [UNESP]
dc.contributor.authorMori, Edson Seizo [UNESP]
dc.contributor.authorFurtado, Edson Luiz [UNESP]
dc.contributor.authorGuerrini, Iraê Amaral [UNESP]
dc.contributor.authorWilcken, Carlos Frederico [UNESP]
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.date.accessioned2014-05-27T11:21:43Z
dc.date.available2014-05-27T11:21:43Z
dc.date.issued2005-12-01
dc.description.abstractHerbicides inhibit enzymatic systems of plants. Acetolactate synthase (ALS, EC = 4.1.3.18) and 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (EPSPS, EC 2.5.1.19) are key enzymes for herbicide action. Hundreds of compounds inhibit ALS. This enzyme is highly variable, enabling the selective control of weeds in a number of crops. Glyphosate, the only commercial herbicide inhibiting EPSPS is widely used for non-selective control of weeds in many crops. Recently, transgenic crops resistant to glyphosate were developed and have been used by farmers. The aim of this study was the data mining of eucalypt expressed sequence tags (ESTs) in the FORESTs Genome Project database (https://forests.esalq.usp.br) related to these enzymes. Representative amino acid sequences from the NCBI database associated with ALS and EPSPS were blasted with ESTs from the FORESTs database using the tBLASTx option of the blast tool. The best blasting reads and clusters from FORESTs, represented as nucleotide sequences, were blasted back with the NCBI database to evaluate the level of similarity with available sequences from different species. One and seven clusters were identified as showing high similarity with EPSPS and ALS sequences from the literature, respectively. The alignment of EPSPS sequences allowed the identification of conserved regions that can be used to design specific primers for additional sequencings. Copyright by the Brazilian Society of Genetics.en
dc.description.affiliationUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade de Ciências Agrárias Laboratório de Motologia, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Instituto de Biociências Laboratório de Xenobióticos, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Instituto de Biociências Laboratório de Genética, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade Ciências Agrárias Laboratório de Melhoramento Vegetal, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade Ciências Agrárias Laboratório de Fitopatologia, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade Ciências Agrárias Laboratório de Solos, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade Ciências Agrárias Laboratório de Entomologia, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUnespUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade de Ciências Agrárias Laboratório de Motologia, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUnespUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Instituto de Biociências Laboratório de Xenobióticos, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUnespUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Instituto de Biociências Laboratório de Genética, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUnespUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade Ciências Agrárias Laboratório de Melhoramento Vegetal, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUnespUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade Ciências Agrárias Laboratório de Fitopatologia, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUnespUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade Ciências Agrárias Laboratório de Solos, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.affiliationUnespUniversidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho Faculdade Ciências Agrárias Laboratório de Entomologia, 18603-970 Botucatu, SP
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
dc.format.extent575-581
dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1590/S1415-47572005000400012
dc.identifier.citationGenetics and Molecular Biology, v. 28, n. 3 SUPPL., p. 575-581, 2005.
dc.identifier.doi10.1590/S1415-47572005000400012
dc.identifier.file2-s2.0-30844471131.pdf
dc.identifier.issn1415-4757
dc.identifier.issn1678-4685
dc.identifier.lattes8649222099176162
dc.identifier.lattes8459042567486109
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dc.identifier.lattes9855493448161702
dc.identifier.lattes3845989485833395
dc.identifier.orcid0000-0003-0431-5942
dc.identifier.orcid0000-0002-6924-835X
dc.identifier.orcid0000-0003-4524-954X
dc.identifier.scieloS1415-47572005000400012
dc.identifier.scopus2-s2.0-30844471131
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/68574
dc.identifier.wosWOS:000204389800012
dc.language.isoeng
dc.relation.ispartofGenetics and Molecular Biology
dc.relation.ispartofjcr1.493
dc.relation.ispartofsjr0,638
dc.rights.accessRightsAcesso aberto
dc.sourceScopus
dc.subjectALS
dc.subjectEPSPS
dc.subjectEucalyptus
dc.subjectHerbicides
dc.subject3 phosphoshikimate 1 carboxyvinyltransferase
dc.subjectacetolactate synthase
dc.subjectaromatic amino acid
dc.subjectbranched chain amino acid
dc.subjectglyphosate
dc.subjectherbicide
dc.subjectagricultural worker
dc.subjectamino acid sequence
dc.subjectamino acid synthesis
dc.subjectcontrolled study
dc.subjectcrop
dc.subjectdata base
dc.subjectenzyme inhibition
dc.subjectexpressed sequence tag
dc.subjectFORESTs Genome Project database
dc.subjectGenBank
dc.subjectgene cluster
dc.subjectherbicide resistance
dc.subjectinformation processing
dc.subjectnonhuman
dc.subjectnucleotide sequence
dc.subjecttransgenic plant
dc.subjectweed control
dc.titleEucalyptus ESTs associated with resistance to herbicide inhibitors of aromatic and branched-chain amino acid synthesisen
dc.typeArtigo
dcterms.licensehttp://www.scielo.br/revistas/gmb/iaboutj.htm
unesp.author.lattes8649222099176162
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unesp.author.orcid0000-0002-6924-835X[8]
unesp.author.orcid0000-0001-9875-4158[10]
unesp.author.orcid0000-0003-4524-954X[5]
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (Unesp), Instituto de Biociências, Botucatupt
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (Unesp), Faculdade de Ciências Agronômicas, Botucatupt
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (Unesp), Faculdade de Medicina, Botucatupt

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