Avaliação da carga viral do SARS-CoV-2 em swab nasofaríngeo conservado em etanol 70%
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Data
2022-06-01
Autores
Orientador
Grotto, Rejane Maria Tommasini 
Coorientador
Pós-graduação
Pesquisa e Desenvolvimento (Biotecnologia Médica) - FMB
Curso de graduação
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Tipo
Dissertação de mestrado
Direito de acesso
Acesso restrito
Resumo
Resumo (português)
O SARS-CoV-2 (Síndrome Respiratória Aguda Severa Coronavírus 2), agente etiológico da COVID-19 (Doença Coronavírus 2019), é um vírus de grande relevância em saúde pública devido aos impactos ocasionados no mundo durante a pandemia, com danos sanitários, sociais e econômicos. A detecção de seu RNA por RT-qPCR em amostras de swab nasofaríngeo conservadas em solução fisiológica é considerada o padrão ouro para o diagnóstico da doença e, se tornou de grande importância no manejo da pandemia e no controle da disseminação do vírus. Durante a pandemia um dos grandes problemas enfrentados por muitos serviços de saúde foi o armazenamento das amostras, as quais precisavam ser mantidas de 2 a 8oC até o processamento das mesmas, o que deveria ocorrer em no máximo 72 horas devido à degradação do RNA. Se o material não fosse processado nesse período o mesmo deveria ser armazenado a -80oC para preservação do RNA, o que cria um outro problema de gestão pois a maioria dos serviços não dispõe de tal equipamento. Opções conhecidas para conservar o material viral são o etanol 70%, o TRIzol™ e o Beta-mercaptoetanol adicionados à solução fisiológica na qual o material biológico é coletado. Neste cenário, a finalidade do presente estudo foi avaliar comparativamente a carga viral do SARS-CoV-2 em Swab nasofaringeo conservado em etanol 70% e em solução fisiológica em diferentes temperaturas de armazenamento e intervalos de tempo a fim de fornecer subsídios aos gestores de sistemas de saúde para tomada de decisões estratégicas no contexto de transporte e armazenamento de amostras. Secreção naso e orofaríngeas foram submetidas à diferentes condições de temperatura e, diferentes soluções preservantes de RNA. Seguiu-se a extração de RNA viral automatizada utilizando metodologia baseada em beads magnéticas. A Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (RT-qPCR) foi realizada utilizando o kit Gene Finder™ 2019-nCoV Assay. Os resultados mostraram que o armazenamento das amostras ao longo de 12 dias em solução fisiológica à temperatura ambiente não causou nenhum impacto na quantificação viral, mas prejudicou a eficiência na amplificação do controle interno. Isso não foi observado quando o armazenamento foi realizado em 2 a 8oC ou pela adição de etanol 70% na amostra. Os resultados mostraram também que o TRIzol™ e o Beta-mercaptoetanol atuaram de forma a proteger as partículas virais em decorrência de congelamento e descongelamento sucessivos. Sabendo que o transporte e o armazenamento das amostras podem influenciar na detecção do SARS-CoV-2, podemos concluir que os resultados encontrados poderão contribuir na otimização desta logística em locais onde estes aspectos são comprometidos por diversos motivos.
Resumo (inglês)
SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), the etiological agent of COVID-19 (Coronavirus Disease 2019), is a virus of great importance in public health due to the impacts caused in the world during the pandemic, with health damage, social and economic. The detection of its RNA by RT-qPCR in nasopharyngeal swab samples preserved in saline solution is considered the gold standard for the diagnosis of the disease and has become of great importance in the management of the pandemic and in the control of the spread of the virus. During the pandemic, one of the major problems faced by many health services was the storage of samples, which had to be kept at 2 to 8ºC until processing, which should take place within a maximum of 72 hours due to RNA degradation. If the material was not processed during this period, it would have to be stored at -80ºC for RNA preservation, which creates another management problem as most services do not have such equipment. Known options for conserving viral material are 70% ethanol, TRIzol™ and Beta-mercaptoethanol added to the saline solution in which the biological material is collected. In this scenario, the purpose of the present study was to comparatively evaluate the viral load of SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swab conserved in 70% ethanol and in saline solution at different storage temperatures and time intervals in order to provide subsidies to managers of delivery systems. health for making strategic decisions in the context of transport and storage of samples. Naso and oropharyngeal secretions were subjected to different temperature conditions and different RNA preservative solutions. Automated viral RNA extraction using a methodology based on magnetic beads followed. Real-time Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR) was performed using the Gene Finder™ 2019-nCoV Assay kit. The results showed that the storage of the samples over 12 days in saline solution at room temperature did not have any impact on viral quantification, but it impaired the efficiency in the amplification of the internal control. This was not observed when storage was performed at 2 to 8ºC or by adding 70% ethanol to the sample. The results also showed that TRIzol™ and Beta-mercaptoethanol acted to protect viral particles from successive freezing and thawing. Knowing that the transport and storage of samples can influence the detection of SARS-CoV-2, we can conclude that the results found may contribute to the optimization of this logistics in places where these aspects are compromised for several reasons.
Descrição
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Idioma
Português