Avaliação da resistência antimicrobiana pós-pandemia em pacientes que foram infectados pelo vírus SARS-CoV-2

Abstract

A pandemia da COVID-19, causada pelo vírus SARS-CoV-2, teve um impacto global significativo, afetando milhões de pessoas e sobrecarregando os sistemas de saúde. O uso excessivo de antibióticos durante esse período contribuiu para a disbiose intestinal e o aumento da resistência antimicrobiana (RAM). A infecção pelo vírus SARS-CoV-2 também pode impactar a microbiota intestinal, prejudicando a resposta imune e favorecendo infecções secundárias, principalmente em pacientes hospitalizados. O uso indiscriminado de antibióticos durante a pandemia favoreceu a expansão de bactérias resistentes, incluindo patógenos oportunistas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência antimicrobiana em pacientes no período pós-COVID-19. O estudo foi aprovado pelo comitê de ética em pesquisa do IBILCEUNESP e todos os pacientes assinaram o termo de consentimento livre e esclarecido. Foram incluídas amostras de fezes frescas de pacientes pós-COVID-19 (n = 25), e indivíduos controles (n = 25). As amostras foram semeadas em ágar MacConkey e ágar sangue para o isolamento de Enterobactérias, com posterior identificação bioquímica e teste de sensibilidade aos antimicrobianos por discodifusão. Foram analisadas variáveis clínicas, microbiológicas e de sensibilidade antimicrobiana por estatística descritiva. A diversidade bacteriana foi avaliada pelo índice de Shannon-Wiener e as diferenças de sensibilidade entre os grupos, pelo teste t de Student. Os microrganismos mais isolados foram Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Enterobacter cloacae, com maior diversidade bacteriana observada no grupo pós-COVID-19 (H'=1,61), em relação ao grupo controle (H'=1,18). A resistência foi mais pronunciada no grupo pós-COVID-19, especialmente para Escherichia coli, que apresentou maior resistência à ampicilina, quinolonas e gentamicina. Cepas ESBL positiva de Escherichia coli e outras cepas produtoras de AmpC foram isoladas. O teste t de Student mostrou diferença significativa (p = 0,02), indicando maior resistência no grupo pós-COVID-19. Concluindo, nosso estudo identificou maior diversidade de bacilos Gram-negativos e níveis mais elevados de resistência aos antimicrobianos nas amostras fecais do grupo pós-COVID-19, sugerindo que a infecção pelo SARS-CoV-2 pode ter contribuído para alterações no perfil bacteriano intestinal e na seleção de cepas resistentes.

The COVID-19 pandemic, caused by SARS-CoV-2, had a significant global impact, affecting millions of people and overwhelming healthcare systems. The extensive use of antibiotics during this period contributed to intestinal microbiota dysbiosis and the rise of antimicrobial resistance (AMR). COVID-19 infection can alter the microbiota, impair immune responses, and promote secondary infections, particularly in hospitalized patients. The indiscriminate use of antibiotics during the pandemic favored the spread of resistant bacteria, including opportunistic pathogens. This study aimed to evaluate antimicrobial resistance in post-COVID patients and correlate the findings with clinical symptoms and post-infection conditions. The study was approved by the Research Ethics Committee of UNESP (protocol no. 4.310.336/2020), and all participants signed informed consent forms. Fresh stool samples were collected from post-COVID patients (N=25) and control individuals (N=25). Samples were cultured on MacConkey agar and Blood agar for the isolation of Enterobacteriaceae, followed by biochemical identification and antimicrobial susceptibility testing using the disk diffusion method. Clinical, microbiological, and antimicrobial susceptibility variables were analyzed using descriptive statistics. Bacterial diversity was assessed using the Shannon-Wiener index, and differences in resistance profiles between groups were evaluated using the Student’s t-test. The most frequently isolated microorganisms were Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and Enterobacter cloacae, with greater bacterial diversity observed in the post-COVID group (H'=1,61) compared to the control group (H'=1.18). Resistance was more pronounced in the post-COVID group, particularly for E. coli, which showed higher resistance to ampicillin, quinolones, and gentamicin. ESBL-producing E. coli and AmpC-producing strains were also identified. The Student’s t-test revealed a statistically significant difference (p=0.02), indicating higher resistance in the post-COVID group. In conclusion, our study found greater bacterial diversity and higher antimicrobial resistance in the post-COVID group, suggesting a direct impact of the pandemic on the spread of AMR through the human microbiome.