Publicação: Caracterização de RNAs longos não codificantes em organoides derivados de carcinoma seroso de ovário
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Data
Autores
Orientador
Rogatto, Silvia Regina 
Coorientador
Rainho, Claudia Aparecida
Pós-graduação
Ciências Biológicas (Genética) - IBB 33004064026P9
Curso de graduação
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Tipo
Tese de doutorado
Direito de acesso
Acesso restrito
Resumo
Resumo (português)
INTRODUÇÃO O carcinoma seroso de ovário (SOC) é o subtipo mais comum de câncer de ovário (OC) e uma das principais causas de morte entre os tumores ginecológicos. A sua natureza assintomática leva ao diagnóstico em estágios avançados (~75% dos casos), o que resulta em um prognóstico desfavorável. Inicialmente, as pacientes respondem à quimioterapia, contudo estima-se que 80% dos tumores avançados recidivam. Os RNAs longos não codificantes (lncRNAs) têm sido implicados na progressão e na resposta à terapia de vários tumores, incluindo o OC. OBJETIVOS Caracterizar a expressão de lncRNAs e investigar seu envolvimento na resposta à carboplatina em linhagens celulares de OC e organoides derivados de SOC; e buscar alvos acionáveis por drogas epigenéticas (epi-drugs) que possam interferir na resposta à quimioterapia. MÉTODOS E PACIENTES Os organoides derivados de tumor (TDOs) foram estabelecidos a partir de amostras de efusões malignas (efusão pleural ou ascite) coletadas de 15 pacientes com SOC submetidas a diferentes regimes terapêuticos. Dados de RNA-Seq dos TDOs, de sete amostras de tecido ovariano normal e de linhagens de OC sensíveis e resistentes à carboplatina foram obtidos e analisados. Estes dados foram comparados com dados externos de RNA-Seq de organoides derivados de SOC, de amostras de SOC (The Cancer Genome Atlas) e de tecido ovariano normal (The Genotype-Tissue Expression). Bancos de dados públicos foram consultados para filtrar genes diferencialmente expressos envolvidos com a regulação epigenética e predizer interações entre seus produtos. LncRNAs potencialmente envolvidos com a maquinaria epigenética foram investigados e selecionados para ensaios funcionais utilizando as linhagens celulares de OC resistentes à carboplatina. RESULTADOS Identificamos lncRNAs, incluindo SNHG12 e MEG3, e genes codificadores de proteínas potencialmente envolvidos na regulação epigenética diferencialmente expressos nas linhagens e nos TDOs. A expressão anormal desses lncRNAs foi confirmada nos conjuntos de dados externos. Nas linhagens resistentes, o aumento da resposta à carboplatina foi verificado após o silenciamento de SNHG12. Além disso, após o tratamento com a epi-drug decitabina, sozinha ou em combinação com tazemetostate, as linhagens celulares e o TDO testados mostraram maior sensibilidade à carboplatina e aumento dos níveis de expressão de MEG3 nas linhagens celulares. CONCLUSÃO Identificamos lncRNAs desregulados no SOC que são capazes de interagir com efetores epigenéticos e são alvos promissores para reverter a quimiorresistência.
Resumo (inglês)
BACKGROUND Serous ovarian carcinoma (SOC) is the most common subtype of ovarian cancer (OC) and one of the leading causes of death among gynecological tumors. Its asymptomatic nature leads to diagnosis at advanced stages (~75% of cases), which results in a poor prognosis. Although patients are initially responsive to chemotherapy, it is estimated that 80% of advanced-stage tumors will recur. Long noncoding RNAs (lncRNAs) have been implicated in progression and response to therapy in several tumor types, including OC. OBJECTIVES To characterize the expression of lncRNAs, investigate their involvement with carboplatin response in OC cell lines and SOC-derived organoids, and search for targets actionable by epigenetic drugs (epi-drugs) that may interfere with SOC response to chemotherapy. METHODS AND PATIENTS Tumor-derived organoids (TDOs) were established from malignant effusions (pleural effusion and ascites) of 15 patients with SOC undergoing different therapeutic regimens. RNA-Seq data from TDOs, seven normal ovarian tissue samples, and carboplatin-resistant and -sensitive cell lines were obtained and analyzed. The data was compared with external RNA-Seq data from SOC-derived organoids, SOC samples (The Cancer Genome Atlas), and normal ovarian tissue samples (The Genotype Tissue Expression). Public databases were used to filter differentially expressed genes involved in epigenetic regulation and predict interactions between gene products. LncRNAs potentially interacting with the epigenetic machinery were investigated and selected for functional assays using carboplatin-resistant OC cell lines. RESULTS We identified lncRNAs, including SNHG12 and MEG3, and protein-coding genes involved in epigenetic regulation differentially expressed in the cell lines and TDOs. The abnormal expression of these lncRNAs was confirmed with the external datasets. In resistant cell lines, increased response to carboplatin was observed following SNHG12 knockdown. Furthermore, after treatment with the epi-drug decitabine, alone or in combination with tazemetostat, the cell lines and one TDO demonstrated enhanced sensitivity to carboplatin, and increased MEG3 expression in cell lines. CONCLUSION We identified dysregulated lncRNAs in SOC that can interact with epigenetic effectors and are promising targets for overcoming chemoresistance.
Descrição
Palavras-chave
Análise transcriptômica, Carcinoma seroso de ovário, Organoides derivados de tumor, RNAs longos não codificantes, Resistência à quimioterapia, Transcriptome analysis, Serous ovarian carcinoma, Tumor-derived organoids, Long noncoding RNAs, Resistance to chemotherapy
Idioma
Português
