Vigilância epidemiológica de SARS-CoV-2, Influenza A e B em águas residuais de São José do Rio Preto, São Paulo, Brasil

Abstract

Síndromes respiratórias agudas afetam milhões de pessoas todos os anos. A maioria dessas doenças são causadas por vírus, como SARS-CoV-2 e Influenzavírus, que causam, respectivamente, a covid-19 e as gripes sazonais. A vigilância das infecções geradas por esses patógenos ainda é desafiadora. Entretanto, novas metodologias ganham cada vez mais espaço no monitoramento dessas doenças. A epidemiologia baseada em águas residuais (do inglês, Wastewater-Based Epidemiology – WBE) é uma ferramenta que permite acompanhar a circulação de alvos biológicos ou químicosem nível comunitário, a partir da análise de amostras de águas residuais, como o esgoto. No presente trabalho, foram avaliadas amostras de esgoto de São José do Rio Preto - SP ao longo de dois anos (julho de 2022 a julho de 2024), com objetivo de detectar SARS-CoV-2, Influenza A e Influenza B. Além disso, relacionou-se a detecção desses vírus com dados clínicos confirmados e oferecidos pela Prefeitura Municipal, além de relacioná-los as estações do ano. As amostras passaram por um processo de clarificação, seguido da extração do material genético. Em seguida, realizamos RT-qPCR para detecção dos alvos e os resultados foram analisados estatisticamente. Como esperado, observou-se uma elevada positividade para o controle interno de RNA (Pepper Mild Mottle Virus). Já para os vírus respiratórios, também obteve-se considerável detecção de 2, dos 3 alvos nas amostras. Cada alvo predominou em uma estação do ano diferente. Conclui-se que as amostras de esgoto do município permitiram adequada e contínua detecção dos alvos, demonstrando-se uma importante metodologia complementar para a saúde da comunidade e para o alerta precoce da circulação de vírus.

Acute respiratory syndromes affect millions of people every year. Most of these illnesses are caused by viruses, such as SARS-CoV-2 and Influenza virus, which respectively cause COVID-19 and seasonal flu. Surveillance of infections caused by these pathogens remains challenging. However, new methodologies are gaining traction in the monitoring of these diseases. Wastewater-based epidemiology (WBE) is a tool that enables tracking the circulation of biological or chemical targets at the community level by analyzing wastewater samples, such as sewage. In this study, sewage samples from São José do Rio Preto, SP, were evaluated over two years (July 2022 to July 2024) to detect SARS-CoV-2, Influenza A, and Influenza B. Additionally, the detection of these viruses was correlated with confirmed clinical data provided by the municipal government and linked to seasonal variations. The samples underwent a clarification process, followed by genetic material extraction. Next, RT-qPCR was performed for target detection, and the results were statistically analyzed. As expected, a high positivity rate was observed for the internal RNA control (Pepper Mild Mottle Virus). Regarding respiratory viruses, significant detection of 2 out of 3 targets was also obtained in the samples. Each target predominated in a different season. It is concluded that the municipal wastewater samples allowed for adequate and continuous detection of the targets, demonstrating an important complementary methodology for community health and an early warning system for virus circulation.