Identificação de SNPs em sequências de microRNAs de suínos e os possíveis efeitos na predição de transcritos alvo

Abstract

Os microRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não-codificadores (20-22 nucleotídeos) que exercem uma função de controle pós-transcricional em RNA mensageiro (RNAm), regulando a produção de proteínas. Variações genéticas, como os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), quando estão presentes em sequências de miRNA, podem alterar o controle pós-transcricional, baseado em similaridade aos seus respectivos alvos. Na produção de suínos, a identificação de fenótipos, como crescimento e características da carne, é vital. Nosso objetivo foi identificar SNPs em sequências genômicas que dão origem a miRNAs, bem como investigar, in silico, possíveis alterações na regulação de alvos que poderiam estar relacionados a fenótipos de produção em suínos. A montagem do assembly Sscrofa10.2 foi utilizada como genoma de referência para a localização dos SNPs e dos miRNAs descritos em suínos. Utilizando um script desenvolvido em Python, foi possível localizar 86 SNPs em sequencias miRNAs maduros. Para a predição dos genes alvos, foram utilizados sequência do 3´UTR de suínos com a adaptação do pacote Mirmap. Descobrimos que 55 das sequências de miRNA geraram mais de 28.570 genes alvos, indicando a criação de novos miRNAs Interagindo com RNAm alvos. Nossos resultados indicam que SNPs afetam a predição de alvos para miRNAs em suínos.

The microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs (20-22 nucleotides) that exert a post-transcriptional control function in messenger RNA (mRNA), regulating the production of proteins. Genetic variations, such as single nucleotide polymorphisms (SNPs), when present in miRNA sequences, may change post-transcriptional control, based on similarity to their target genes. Pig production, identification of phenotypes, growth and meat characteristics is vital. Other in which SNPs in genetic sequences that give from miNNAs, as well as investigate, in silicon, changes in the data of alves, which are behaviert on a phenotypes of production in swines. The assembly of the Sscrofa10.2 assembly was used as a reference reference for the location of SNPs and panel miRNAs in swine. Using a script deployed in Python, it was possible to locate 86 SNPs in mature miRNAs sequences. For a prediction of the target genes, the 3'UTR of pigs were completed with an adaptation of the Mirmap package. Discoveries that 55 of the miRNA sequences generated more than 28,570 target genes, pointing to a new creation of miRNAs interacting with mRNA targets. Cloister all SNPs for a target prediction for miRNAs in pigs.