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The Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (Betacoronavirus SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Hub

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dc.contributor.authorLamarca, Alessandra P.
dc.contributor.authorSouza, Ueric José Borges de
dc.contributor.authorMoreira, Filipe Romero Rebello
dc.contributor.authorAlmeida, Luiz G. P. de
dc.contributor.authorMenezes, Mariane Talon de
dc.contributor.authorSouza, Adrieli Barboza de
dc.contributor.authorFerreira, Alessandro Clayton de Souza
dc.contributor.authorGerber, Alexandra L.
dc.contributor.authorLima, Aline B. de
dc.contributor.authorGuimarães, Ana Paula de C.
dc.contributor.authorCavalcanti, Andréa Cony
dc.contributor.authorSilva, Aryel B. Paz e
dc.contributor.authorLima, Bruna Israel
dc.contributor.authorLobato, Cirley
dc.contributor.authorSilva, Cristiane Gomes Da
dc.contributor.authorMendonça, Cristiane P. T. B.
dc.contributor.authorQueiroz, Daniel Costa
dc.contributor.authorZauli, Danielle Alves Gomes
dc.contributor.authorMenezes, Diego
dc.contributor.authorPossebon, Fábio Sossai [UNESP]
dc.contributor.authorCardoso, Franciano Dias Pereira
dc.contributor.authorMalta, Frederico Scott Varella
dc.contributor.authorBraga-Paz, Isabela
dc.contributor.authorSilva, Joice do Prado
dc.contributor.authorFerreira, Jorge Gomes Goulart
dc.contributor.authorGalvão, Jucimária Dantas
dc.contributor.authorSouza, Leandro Magalhães de
dc.contributor.authorFerreira, Leonardo
dc.contributor.authorPossuelo, Lia Gonçalves
dc.contributor.authorCavalcante, Liliane Tavares de Faria
dc.contributor.authorAlvim, Luige B.
dc.contributor.authorSouza, Luiz Fellype Alves de
dc.contributor.authorSantos, Luiza C. G. de Araújo E
dc.contributor.authorDias, Rillery Calixto
dc.contributor.authorSouza, Rutilene Barbosa
dc.contributor.authorCastro, Thaís Regina y
dc.contributor.authorValim, Andréia Rosane de Moura
dc.contributor.authorCampos, Fabrício Souza
dc.contributor.authorAraujo, João Pessoa [UNESP]
dc.contributor.authorTrindade, Priscila de Arruda
dc.contributor.authorAguiar, Renato S.
dc.contributor.authorMichael Delai, Robson
dc.contributor.authorVasconcelos, Ana Tereza R de
dc.contributor.institutionLaboratório Nacional de Computação Científica
dc.contributor.institutionUniversidade Federal do Tocantins
dc.contributor.institutionUniversidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)
dc.contributor.institutionCentro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira
dc.contributor.institutionInstituto Hermes Pardini
dc.contributor.institutionLaboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels
dc.contributor.institutionUniversidade Federal de Minas Gerais (UFMG)
dc.contributor.institutionUniversidade de Santa Cruz do Sul
dc.contributor.institutionUniversidade Federal do Acre
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.contributor.institutionLaboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins
dc.contributor.institutionHospital das Clínicas do Acre
dc.contributor.institutionUniversidade Federal de Santa Maria
dc.contributor.institutionUniversidade Federal do Rio Grande do Sul
dc.date.accessioned2023-07-29T13:12:13Z
dc.date.available2023-07-29T13:12:13Z
dc.date.issued2023-04-01
dc.description.abstractBrazil currently ranks second in absolute deaths by COVID-19, even though most of its population has completed the vaccination protocol. With the introduction of Omicron in late 2021, the number of COVID-19 cases soared once again in the country. We investigated in this work how lineages BA.1 and BA.2 entered and spread in the country by sequencing 2173 new SARS-CoV-2 genomes collected between October 2021 and April 2022 and analyzing them in addition to more than 18,000 publicly available sequences with phylodynamic methods. We registered that Omicron was present in Brazil as early as 16 November 2021 and by January 2022 was already more than 99% of samples. More importantly, we detected that Omicron has been mostly imported through the state of São Paulo, which in turn dispersed the lineages to other states and regions of Brazil. This knowledge can be used to implement more efficient non-pharmaceutical interventions against the introduction of new SARS-CoV variants focused on surveillance of airports and ground transportation.en
dc.description.affiliationLaboratório de Bioinformática Laboratório Nacional de Computação Científica
dc.description.affiliationLaboratório de Bioinformática e Biotecnologia Universidade Federal do Tocantins, Campus de Gurupi
dc.description.affiliationLaboratório de Virologia Molecular Departamento de Genética Instituto de Biologia Universidade Federal do Rio de Janeiro
dc.description.affiliationCentro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira
dc.description.affiliationDepartamento de Pesquisa & Desenvolvimento Instituto Hermes Pardini
dc.description.affiliationLaboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels
dc.description.affiliationDepartamento de Genética Ecologia e Evolução Instituto de Ciências Biológicas Universidade Federal de Minas Gerais
dc.description.affiliationLaboratório de Biologia Molecular Parque Científico e Tecnológico Regional Universidade de Santa Cruz do Sul
dc.description.affiliationCentro de Ciências de Saúde e do Desporto Universidade Federal do Acre
dc.description.affiliationInstituto de Biotecnologia Universidade Estadual Paulista
dc.description.affiliationLaboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins
dc.description.affiliationDepartmento de Ciências da Vida Universidade de Santa Cruz do Sul
dc.description.affiliationCentro de Infectologia Charles Mérieux and Laboratório Rodolphe Mérieux Hospital das Clínicas do Acre
dc.description.affiliationLaboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica Universidade Federal de Santa Maria
dc.description.affiliationLaboratório de Virologia Departamento de Microbiologia Imunologia e Parasitologia Instituto de Ciências Básicas da Saúde Universidade Federal do Rio Grande do Sul
dc.description.affiliationUnespInstituto de Biotecnologia Universidade Estadual Paulista
dc.description.sponsorshipFinanciadora de Estudos e Projetos
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)
dc.description.sponsorshipIdFinanciadora de Estudos e Projetos: 0494/20 01.20.0026.00
dc.description.sponsorshipIdFinanciadora de Estudos e Projetos: 1139/20
dc.description.sponsorshipIdFAPESP: 2019/18581-6
dc.description.sponsorshipIdFAPESP: 307145/2021-2
dc.description.sponsorshipIdFAPESP: 309626/2021-8
dc.description.sponsorshipIdFAPESP: 309948/2020-7
dc.description.sponsorshipIdFAPESP: 315192/2020-8
dc.description.sponsorshipIdFAPERJ: E-26/201.046/2022
dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.3390/v15040888
dc.identifier.citationViruses, v. 15, n. 4, 2023.
dc.identifier.doi10.3390/v15040888
dc.identifier.issn1999-4915
dc.identifier.scopus2-s2.0-85156246637
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/247297
dc.language.isoeng
dc.relation.ispartofViruses
dc.sourceScopus
dc.subjectCOVID-19
dc.subjectdispersal
dc.subjectgenome
dc.subjectphylodynamics
dc.subjectvariant of concern
dc.subjectviral evolution
dc.titleThe Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (Betacoronavirus SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Huben
dc.typeArtigopt
dspace.entity.typePublication
unesp.author.orcid0000-0001-7586-7280[1]
unesp.author.orcid0000-0003-1442-4771[2]
unesp.author.orcid0000-0002-7124-2715[4]
unesp.author.orcid0000-0002-1042-2990[5]
unesp.author.orcid0000-0001-5724-6106[8]
unesp.author.orcid0000-0001-6192-3587[9]
unesp.author.orcid0000-0003-0189-0896[13]
unesp.author.orcid0000-0002-7031-2902[16]
unesp.author.orcid0000-0002-6607-8818[17]
unesp.author.orcid0000-0002-9603-455X[19]
unesp.author.orcid0000-0002-0118-6164[20]
unesp.author.orcid0000-0002-0559-3082[21]
unesp.author.orcid0000-0001-9495-0987[22]
unesp.author.orcid0000-0001-9553-4328[24]
unesp.author.orcid0000-0003-3006-1464[27]
unesp.author.orcid0000-0002-9443-6512[28]
unesp.author.orcid0000-0002-6425-3678[29]
unesp.author.orcid0000-0002-4808-8158[30]
unesp.author.orcid0000-0003-3432-8146[31]
unesp.author.orcid0000-0001-9611-3103[37]
unesp.author.orcid0000-0002-5948-472X[38]
unesp.author.orcid0000-0002-9153-1485[39]
unesp.author.orcid0000-0002-3454-9654[40]
unesp.author.orcid0000-0001-5180-3717[41]
unesp.author.orcid0000-0002-4632-2086[43]
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (UNESP), Instituto de Biotecnologia, Botucatupt

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