Prospecção de miRNAs reguladores de moléculas de checkpoints imunológicos em células linfoides infectadas pelo EBV

Abstract

Linfomas humanos são cânceres classificados em dois grupos fundamentais: linfomas de Hodgkin e linfomas não-Hodgkin. Em ambos os grupos, uma parcela dos casos de linfomas está associada à infecção pelo vírus Epstein-Barr (EBV) e/ou o herpesvírus do sarcoma de Kaposi (KSHV). Esses herpesvírus gama humanos manipulam o sistema imunitário, o que pode se dar por regulação de checkpoints imunológicos (ICs). Assim como em outros cânceres, o desenvolvimento dos linfomas inclui a participação de microRNAs (miRNAs) como reguladores de diversos aspectos de sua patogênese, incluindo sua imunobiologia. Entretanto, o papel dessas pequenas moléculas na regulação de ICs ainda é pouco explorado, especialmente no contexto dos linfomas associados ao EBV. Assim, este estudo teve como objetivo prospectar miRNAs candidatos a apresentar alto potencial de regulação de ICs em modelos de linfomas associados à infecção pelo EBV, empregando análise exploratória de datasets públicos de expressão gênica. Como principal fonte de dados foi utilizado o dataset NCBI GEO #GSE147228, que contém dados de transcriptoma de células da linhagem Akata de linfoma de Burkitt. Os dados brutos de expressão em nível transcricional foram extraídos do dataset, tratados e processados para avaliação dos miRNAs mais abundantes. Subsequentemente foi realizada análise de componentes principais (PCA), predição de interações dos miRNAs com moléculas de ICs e análise de literatura para levantamento de evidências sobre as propriedades biológicas dos principais miRNAs identificados, a saber: hsa-miR-92a-3p, hsa-miR-127-3p, hsa-miR-181a-5p, hsa-miR-1247-3p, hsa-miR-16-5p e hsa-miR-142-5p. A partir desses dados foi realizada combinação dos resultados da PCA com informações sobre o potencial regulatório dos miRNAs, o que resultou na identificação do hsa-miR-92a-3p como alvo particularmente promissor na regulação de ICs. Esse resultado foi reforçado com as informações obtidas a partir de dados experimentais de literatura sobre as atividades biológicas dos 6 miRNAs identificados como mais abundantes, o que fortaleceu a hipótese do hsa-miR-92a-3p apresentar papel relevante para o desenvolvimento de neoplasias hematológicas pela regulação de ICs.Em síntese, os resultados deste trabalho indicam o hsa-miR-92a-3p como o alvo de maior relevância e potencial regulatório na modulação de ICs em modelo de linfoma associado ao EBV. Como desdobramentos, este estudo fornece uma base para a validação in vitro da interação entre o hsa-miR-92a-3p e seus genes-alvo. Etapas experimentais subsequentes, são essenciais para confirmar o papel deste miRNA na modulação da evasão imune e consolidar sua importância na imunobiologia dos linfomas associados ao EBV.

Human lymphomas are cancers essentially classified into two groups: Hodgkin lymphomas and non-Hodgkin lymphomas. A proportion of cases in both groups is associated with infection by Epstein–Barr virus (EBV) and/or Kaposi’s sarcoma–associated herpesvirus (KSHV). These human gammaherpesviruses modulate the immune system, partly through the regulation of immune checkpoints (ICs). As in other cancers, the development of lymphomas involves the participation of microRNAs (miRNAs) as regulators of multiple aspects of their pathogenesis, including their immunobiology. However, the role of these small non-coding molecules in the regulation of ICs remains underexplored, particularly in the context of EBV-associated lymphomas. Therefore, this study aimed to identify candidate miRNAs with high potential to regulate ICs in models of lymphomas associated with EBV infection, using exploratory analysis of public gene expression datasets. The main data source was the NCBI GEO dataset #GSE147228, which contains transcriptomic data from the Akata Burkitt lymphoma cell line. Raw transcription-level expression data were extracted, processed, and analyzed to identify the most abundant miRNAs. Subsequently, principal component analysis (PCA), miRNA–IC interaction prediction, and literature review were performed to gather evidence on the biological properties of the main miRNAs identified, namely: hsa-miR-92a-3p, hsa-miR-127-3p, hsamiR-181a-5p, hsa-miR-1247-3p, hsa-miR-16-5p, and hsa-miR-142-5p.The integration of PCA findings with information on the regulatory potential of these miRNAs led to the identification of hsa-miR-92a-3p as a particularly promising candidate in IC regulation. This result was further supported by experimental evidence from the literature on the biological activities of the six highly abundant miRNAs, strengthening the hypothesis that hsa-miR-92a-3p plays a relevant role in the development of hematological malignancies through the regulation of ICs. In summary, the results of this work indicate hsa-miR-92a-3p as the most relevant target and with the greatest regulatory potential in the modulation of ICs in an EBV-associated lymphoma model. These results provides a basis for the in vitro validation of the interaction between hsamiR-92a-3p and its target genes. Subsequent experimental steps are essential to confirm the role of this miRNA in modulating immune evasion and to consolidate its importance in the immunobiology of EBV-associated lymphomas.