Botucatu - IBB - Instituto de Biociências
URI Permanente para esta coleçãohttps://hdl.handle.net/11449/253951
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PublicaçãoDissertação de mestrado Efeito da geoprópolis e do ácido anacárdico em Staphylococcus epidermidis multirresistentes e modulação da atividade de macrófagos suprimidos(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2025-02-10) Lopes, Emilly Camargo
; Sforcin, José Maurício ; Ripari, Nicolas ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) A geoprópolis (GEO) é produzida por abelhas sem ferrão e possui compostos bioativos, como o ácido anacárdico (AA), o qual apresenta diferentes atividades biológicas, dentre elas a antimicrobiana. Staphylococcus epidermidis é uma bactéria comensal que tem se tornado um problema de saúde pública devido à sua resistência aos antimicrobianos, ocasionando falha terapêutica. Essas bactérias podem causar infecções nosocomiais, que podem ser agravadas em pacientes imunossuprimidos. Neste estudo, foi avaliada a possível ação antibacteriana da GEO produzida por Melipona fasciculada Smith e de seu componente isolado, AA, bem como a ação dos tratamentos em associação com antibióticos, tendo como objetivo investigar a ação antibacteriana e imunomoduladora em macrófagos tratados ou não com dexametasona (DEX). Foi avaliada a concentração inibitória mínima (MIC) e bactericida (MBC) da GEO, do AA e dos antimicrobianos (ceftarolina e gentamicina) isoladamente ou em combinação, para observar uma possível ação sinérgica. O efeito dos tratamentos foi avaliado também na capacidade da bactéria em produzir biofilme. A ação imunomoduladora dos tratamentos foi analisada em células THP-1 diferenciadas em macrófagos suprimidos ou não, avaliando a viabilidade celular, a expressão de TLR-2, de eicosanoides (PGE2 e LTBG4), de citocinas (TNF-α, IL-1β, IL-6, IL-8 e IL-10) e a atividade bactericida contra S. epidermidis. A GEO não apresentou atividade antimicrobiana no modelo analisado. Em comparação com o AA, os antimicrobianos convencionais apresentaram concentração inibitória e bactericida mínima substancialmente mais elevadas. O AA também demonstrou eficácia na inibição de biofilmes bacterianos. O ensaio de checkerboard revelou ausência de interação entre AA ceftarolina e antagonismo com gentamicina. O AA não afetou a expressão de TLR-2, mas aumentou a capacidade bactericida dos macrófagos suprimidos ou não com dexametasona e inibiu a produção de IL-10. Pode-se concluir que o AA apresenta ação antibacteriana e imunomoduladora, podendo ser um adjuvante eficaz no tratamento de infecções por S. epidermidis.PublicaçãoDissertação de mestrado Triagem computacional de potenciais ligantes para os sítios de ligação do substrato e do cofator catalítico do domínio metiltransferase da RNA polimerase do Vírus Sincicial Respiratório humano(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-11-29) Santos, Gledson Vinicius Miranda dos; Caruso, Ícaro Putinhon ; Souza, Fátima Pereira de ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) O Vírus Sincicial Respiratório Humano (HRSV) é um patógeno de grande relevância clínica, sendo uma das principais causas de morbidade respiratória em crianças, idosos e indivíduos imunocomprometidos. Apesar de sua importância, as opções terapêuticas disponíveis permanecem limitadas, destacando a urgência de identificar novas estratégias antivirais. Neste contexto, este estudo teve como objetivo a triagem computacional de potenciais ligantes dirigidos aos sítios de interação do substrato (GTP) e do cofator catalítico (SAM) no domínio metiltransferase (MTase) da RNA polimerase (proteína L) do HRSV. Modelos estruturais do domínio MTase foram construídos utilizando os servidores Swiss-Model, Alphafold, RosettaFOLD, RosettaTR e I-TASSER, tendo como base a estrutura cristalográfica 4UCI do vírus ortólogo Metapneumovírus humano (HMPV). A seleção dos modelos estruturais mais robustos foi baseada em métricas de RMSD e análises conformacionais a partir dos gráficos de Ramachandran. A estabilidade conformacional dos modelos foi avaliada por simulações de dinâmica molecular conduzidas no software GROMACS, garantindo a consistência estrutural para as etapas subsequentes. A triagem virtual de compostos, realizada nos bancos de dados ZINC15 e PubChem, possibilitou a identificação de moléculas com alta similaridade aos ligantes naturais do domínio MTase. Os compostos selecionados foram submetidos a análises físico-químicas utilizando as plataformas SwissADME e pkCMS, que forneceram insights detalhados sobre sua viabilidade como candidatos antivirais. Estudos de docking molecular realizados com os programas AutoDock e Vina, determinaram o padrão de interação entre os ligantes e os sítios de interesse. Por fim, novas simulações de dinâmica molecular e cálculos de energia livre de ligação, conduzidos pelo método MM-PBSA, confirmaram a estabilidade das interações nos complexos e permitiram comparar o desempenho dos compostos como potenciais candidatos antivirais contra o HRSV. Os resultados deste trabalho destacam a identificação de compostos promissores como potenciais agentes antivirais dirigidos ao HRSV. Este estudo reforça a relevância de abordagens computacionais integradas como ferramentas de extrema valia na busca por terapias antivirais inovadoras, além de fornecer uma base sólida para o desenvolvimento de estratégias terapêuticas direcionadas especificamente ao domínio MTase.PublicaçãoDissertação de mestrado Variabilidade dos genes HLA-DOA e HLA-DOB: polimorfismos, haplótipos e aspectos evolutivos(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-11-27) Silva, Isabelle Mira da; Castelli, Erick da Cruz ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) Os genes HLA-DOA e HLA-DOB codificam as duas subunidades que compõem a molécula HLA-DO, responsáveis por mediar o processamento e carregamento de antígenos em moléculas HLA de classe II. Estes genes exibem menor polimorfismo em comparação com outros genes HLA. No entanto, estes polimorfismos podem influenciar significativamente a suscetibilidade à infecções por patógenos e ao desenvolvimento de doenças autoimunes. Em nosso estudo, avaliamos 5.349 amostras de diferentes populações ao redor do mundo, incluindo o Brasil. Utilizamos um pipeline de bioinformática direcionado para a avaliação de genes HLA, o que nos permitiu caracterizar a diversidade genética observada nos genes HLA-DOA e HLA-DOB e encontrar variantes até então desconhecidas. Apesar de levantados, os alelos relacionados aos genes foram pouco frequentes e restritos a determinadas regiões biogeográficas, como por exemplo o DOA*01:01:11 e DOB*01:03:01 presente no continente africado, europeu e americano (sul e norte). Adicionalmente, avaliamos os perfis de frequência alélica para cada região biogeográfica. Além disso, mesmo incluindo dados de população brasileira (miscigenadas), esses genes apresentaram-se bastante conservados, principalmente à nível de isoformas proteicas, sendo para ambos a presença majoritária de DOA*01:01 e DOB*01:01. Mas além disso, em termos de sequência (de DNA e da proteína codificada) quando comparados aos genes vizinhos, possivelmente devido a forças evolutivas mantendo a estrutura da molécula HLA-DO devido à sua importante função.PublicaçãoDissertação de mestrado Explorando a diversidade, taxonomia e dinâmica de microcrustáceos na Bacia do Rio Congo com uma análise comparativa intercontinental(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-12-20) Silva, Camila Moreira; Neves, Gilmar Perbiche ; Sousa, Francisco Diogo Rocha ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) Este estudo teve como objetivo analisar a diversidade, distribuição e biogeografia de microcrustáceos, com foco em Cladocera e Copepoda em diferentes escalas. Foram apresentados três capítulos: 1. Novos dados sobre a morfologia de Kurzia longirostris (Daday, 1898) (Crustacea, Branchiopoda) com base em populações da Bacia do Rio Congo; 2. Diversidade e dinâmica de microcrustáceos na Bacia do Rio Congo; 3. Distribuição, diversidade e biogeografia de Cladocera e Copepoda em escala intercontinental. Foi possível observar variações morfológicas nas populações africanas da espécie Kurzia longirostris, visualizadas detalhadamente por meio de ilustrações e imagens, sugerindo um possível complexo de espécies. Em relação ao estudo abrangente sobre os microcrustáceos (Cladocera e Copepoda) na Bacia do Rio Congo, foi possível registrar 66 espécies, das quais 24 eram registros inéditos para a Bacia. O estudo destacou variações espaciais e sazonais na distribuição dessas espécies, com destaque para a importância das tributárias no ecossistema. Por fim, o último capítulo, que ampliou para uma análise em escala continental, comparando a distribuição de microcrustáceos na África, América do Sul e América do Norte, revelou que que as Américas apresentam maior similaridade taxonômica entre si, enquanto as regiões tropicais (como a África e a América do Sul) possuem maior diversidade. O estudo também destacou como fatores biogeográficos, como barreiras geográficas, dispersão e gradientes latitudinais, podem influenciar a distribuição das espécies.PublicaçãoDissertação de mestrado 
Acesso Aberto Variações na composição de guildas tróficas de peixes: estudo de caso no reservatório de Batalha (alto Paraná) e no Complexo Hidrelétrico Anta/Simplício (Paraíba do Sul)(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-11-29) Ramos, Julia Kaori Kuriyama; Ramos, Igor Paiva ; Silveira, Alexandre Ninhaus ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) A formação de reservatórios de usinas hidrelétricas causa diversos impactos negativos no ambiente, afetando todos os tipos de ecossistemas. Ainda, os impactos podem ser diferentes, dependendo do tipo da configuração dos sistemas hidrelétricos. Os estudos sobre alterações na estrutura das guildas tróficas, especialmente das assembleias de peixes, têm sido utilizados como ferramenta para avaliar os impactos ambientais de sistemas hidrelétricos. Assim, o objetivo desta pesquisa foi analisar se houve alterações na estrutura das guildas tróficas das assembleias de peixes do complexo hidrelétrico de Anta/Simplício e do reservatório de Batalha, em escala temporal e espaço-temporal, antes e após o funcionamento dos sistemas. Esperava-se observar, em ambos as áreas, aumento na abundância das guildas piscívoras, carnívoras (insetívoras, invertívora) e onívoras, devido à alta surgência de nutrientes causada pela formação do reservatório, e pelas condições de ambientes lênticos a montante das barragens, e a diminuição de guildas detritívoras pela queda na disponibilidade e qualidade dos nutrientes associados aos sedimentos, principalmente a jusante das barragens. Foram utilizados dados dos monitoramentos ictiofaunísticos realizados pela Eletrobras, em quatro pontos de coleta para Anta/Simplício: montante, jusante e Trecho de Vazão Reduzida-TVR (2 pontos) e quatro pontos para Batalha: montante (3 pontos) e jusante, em períodos pré (2009-2011 (Anta/Simplício), 2010-2012 (Batalha)) e pós (2016-2022 (Anta/Simplício), 2014-2022 (Batalha)) enchimento dos reservatórios. Cada espécie de peixe amostrada foi categorizada em uma guilda trófica de acordo com literatura especializada. Para as espécies do complexo Anta/Simplício classificou-se em quatro guildas tróficas (herbívora, carnívora, onívora e detritívora), enquanto para as espécies do reservatório de Batalha classificou-se em cinco guildas tróficas (herbívora, piscívora, onívora, detritívora e invertívora). Para cada guilda utilizou-se a análise GLMM para verificar variações da abundância entre os períodos e entre pontos de coleta. Para verificar possíveis alterações na composição das guildas tróficas entre as fases realizou-se a PERMANOVA. Para explorar e ordenar a distribuição da composição da estrutura trófica entre os períodos foi realizado uma nMDS. No complexo Anta/Simplício verificou-se variação temporal na abundância da guilda herbívora, e variação espaço-temporal nas abundâncias das guildas herbívora e carnívora. Mas não se observou variação temporal na composição das guildas tróficas. Pela nMDS observou-se menor relação da guilda herbívora com as demais guildas, com maior relação dessa guilda com o ponto montante. Já no reservatório de Batalha verificou-se variação temporal para a guilda onívora, e variação espaço-temporal para as guildas detritívora, piscívora, onívora e invertívora. Além disso, houve variação na composição das guildas tróficas após o enchimento e essa alteração está relacionada às diferentes guildas tróficas que compõem cada período. Pela nMDS observou-se maior relação da guilda piscívora com os pontos a montante após o enchimento. Ambas as áreas de estudos demonstraram alteração na estrutura das guildas tróficas após o enchimento, mas com distintas respostas. As alterações podem estar relacionadas à disponibilidade de recursos, que é influenciada pelas condições ambientais formadas após o enchimento. A análise das guildas tróficas forneceu uma abordagem eficiente para avaliar os impactos ambientais, destacando a importância dessa ferramenta para a gestão e conservação de ambientes aquáticos.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Avaliação da biodiversidade da ictiofauna em ecossistemas estuarinos do litoral de São Paulo utilizando DNA ambiental e RNA ambiental metabarcoding como biomarcadores(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-11-29) Nitzsche, Natascha Mozaner; Pinhal, Danillo ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) A avaliação da distribuição e abundância das espécies é imprescindível para estudos sobre a biodiversidade e para o desenvolvimento de políticas voltadas para sua conservação, especialmente em ambientes vulneráveis como os estuários. Nesse contexto, o DNA ambiental (eDNA) e o RNA ambiental (eRNA) metabarcoding surgem como técnicas não-invasivas para o levantamento de espécies, a partir de ácidos nucleicos isolados de amostras ambientais. O presente trabalho se propõe a avaliar a aplicabilidade de eDNA e eRNA em estudos metabarcoding para o levantamento de espécies de peixes em duas regiões de estuário do litoral norte paulista, do rio Escuro (Ubatuba) e do rio Juqueriquerê (Caraguatatuba). Coletamos amostras de água a partir de um gradiente de salinidade em três porções de cada estuário nos meses de agosto de 2023 (inverno) e fevereiro de 2024 (verão), filtrando parte do conteúdo para eRNA e parte para eDNA. Para obtenção dos ácidos nucleicos, DNA e RNA, todo o material passou por etapas de extração de material genético, purificação, amplificação do gene de rRNA 12S e posteriormente encaminhados para sequenciamento Illumina. Obtivemos sucesso de sequenciamento de 18 amostras, sendo 10 do rio Juqueriquerê (eDNA) e 8 do rio Escuro (eDNA e eRNA), com a identificação total de 93 espécies considerando ambos os rios, incluindo peixes, mamíferos, anfíbios e aves. A partir dos principais parâmetros de diversidade avaliados, o rio Escuro apresentou uma maior abundância de espécies quando comparado ao rio Juqueriquerê, com informações principalmente fornecidas pelos dados de eDNA. No rio Juqueriquerê também houve a identificação de espécies invasoras como a tilápia-do-nilo e o bagre-africano. A partir de nossas análises, constatamos que o eRNA e o eDNA tem potencial de serem amplamente utilizados como ferramentas para o monitoramento de fauna, e o uso combinado de métodos, incluindo os tradicionais, diminui as limitações de cada técnica e representam de forma acurada a composição de espécies, principalmente com eRNA e sua detecção de organismos ativos, representando um retrato fiel da fauna viva em determinado espaço-tempo.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Desenvolvimento de fibra prebiótica derivada do subproduto da cadeia agrícola brasileira: polpa do coffea arabica (café)(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2025-01-15) Petry, Julia da Costa Aguiar; Di Stasi, Luiz Claudio ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) O Brasil ocupa hoje a posição de maior produtor mundial de café. Nesse sentido, tudo o que é produzido para o consumo do grão, é também desperdiçado no que diz respeito ao restante da planta. A polpa do café é um resíduo alimentar e com amplo potencial de ser utilizado como alimento funcional, por sua ação prebiótica. O consumo de alimentos prebióticos está principalmente associado à fermentação da microbiota intestinal e, portanto, à produção de ácidos graxos de cadeia curta (AGCCs). Os estudos realizados até o momento por nosso grupo de pesquisa mostram que o resíduo de café arábica possui grande quantidade de fibras em sua constituição, substrato principal para a fermentação pela microbiota. Desta forma, o projeto analisou o comportamento de doze bactérias da microbiota intestinal, assim como a produção de acetato, propionato e butirato após a administração do resíduo de café arábica. Foram realizados estudos in vitro, através da fermentação de diferentes concentrações do produto, e estudos in vivo, por meio da administração de resíduo de café em camundongos C57/Bl6. Nos estudos in vitro, a utilização do resíduo do café na concentração 100 mg/ml promoveu resultados promissores sobre a produção dos três AGCCs analisados, alcançando níveis iguais ou superiores aos de inulina, padrão ouro de prebióticos no mercado. Para os estudos in vivo, não houve modulação na produção de AGCCs, no entanto, principalmente o gênero Bifidobacterium foi modulado de maneira significativa. Os resultados que demonstram a ação prebiótica do resíduo do café, sugerem maiores investigações sobre sua ação em modelos experimentais de doenças associadas à microbiota intestinal.PublicaçãoDissertação de mestrado Competição interespecífica entre o siri nativo Callinectes danae e o siri invasor Charybdis hellerii em um cenário de aumento de temperatura(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-12-06) Cirillo, Leonardo; Costa, Tânia Marcia ; Miayi, Caio Akira ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) Climate change and biological invasions are two major drivers contributing to biodiversity loss. Once established, invasive species overlap ecological niches with native species, frequently monopolizing resources due to their aggressiveness during direct competition. Temperature plays a critical role in the physiology and behaviors of marine ectothermic species, with invasive species exhibiting greater resistance to abiotic stressors compared to native species, potentially intensifying competitive exclusion under future climate change scenarios. This study evaluates whether temperature affects agonistic interaction and resource acquisition between native and invasive swimming crab’s species during food resource competition. Similar-sized individuals of the native blue crab Callinectes danae were exposed to the similar niche invasive swimming crab Charybdis hellerii in a competition situation for a single food item (Perna perna mussel) under control (27.1°C) and climate scenario RCP 8.5 (+4,3°C; 31.4°C). Our results suggest that future climate change scenario temperatures may not significantly alter interactions with the invasive species. However, higher temperatures decreased non-contact aggressions, indicating a quicker escalation of fights regardless of the competitor’s present. Physical aggressions were significantly more intense with conspecifics competitor than with invasive competitors. The lower intensity of fights with invasive species may be attributed to the threat posed by the invasive's larger weapon size (cheliped) relative to the native species. Food acquisitions were also not affected by temperature or by the invasive species presence, despite the conspecific competitor led to a reduction in the native species food monopolization time. While the invasive species exhibited slower feeding initiation than the native species, it maintained similar food holding time. These findings suggest that projected climate change scenarios are unlikely to substantially alter the competitive dynamics between C. danae and C. hellerii.PublicaçãoDissertação de mestrado Modulação da expressão gênica de marcadores de disfunções da pele e de doenças neurodegenerativas a partir da dienta enriquecida com o subproduto do café (Coffea arabica)(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-12-05) Garozzo, Mariana Nakabara; Di Stasi, Luiz Claudio ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) O café é uma planta de alto valor econômico e cultural devido a bebida que se prepara a partir de sua semente. Do plantio à bebida, partes do seu fruto como casca e polpa, tornam-se descarte e muitos compostos bioativos são desperdiçados. Na busca de diminuir este desperdício e o impacto ambiental gerado pelo descarte, a indústria farmacêutica é vista como grande potencial na pesquisa para a transformação desse resíduo em um subproduto de valor agregado na área da saúde. Neste contexto, o subproduto do café torna-se material de estudos a partir da sua implementação na dieta, e a sua digestão é avaliada em dois eixos do organismo que estão diretamente ligados ao intestino: eixo Intestino-Pele e eixo Intestino-Cérebro. Para que os estudos sobre a interferência do subproduto do café, por meio da digestão, interagissem nos eixos citados, foram utilizadas amostras de intestino, pele e cérebro de camundongos e análises de expressão gênica de genes previamente selecionados com atividades conhecidas em processos inflamatórios e disfuncionais da pele e em processos neurodegenerativos no cérebro. Dos 368 genes avaliados, 16 apresentaram resultados estatísticos significativos, sendo 8 no intestino, Cldn4, Pax3, Psen2, Jun, Prss8, Sirt1, Tgm1 e Tyr; 4 na pele: Hsp90aa1, Panx3, Cdk11 e Muc1; e 4 no cérebro, Acss2, IL-6, Tgm1 e Tgm5. Destes resultados, o subproduto do café demonstrou uma atividade mais benéfica em relação ao cérebro e a marcadores de doenças neurodegenerativas do que nos marcadores dermatológicos e intestinais.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Matriz polimérica extracelular bacteriana: explorando a decomposição enzimática por glicosidases em biofilmes de Escherichia coli(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-08-01) Porfirio, Julia Caroline; Oliveira Neto, Mario de ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) Atualmente, a resistência bacteriana demonstra-se como um grande problema para a saúde pública, isso ocorre uma vez que, as bactérias anteriormente suscetíveis aos tratamentos por antibióticos, não respondem mais a esses agentes. Considerando apenas a resistência antimicrobiana, o número estimado de mortes poderá aumentar para mais de 10 milhões de mortes/ano até 2050. Os microrganismos multirresistentes são capazes de criar mecanismos que interrompem a ação de antibióticos, entre eles, destaca-se o grupo intitulado ESKAPEE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp. e Escherichia coli). O biofilme bacteriano é uma arquitetura complexa onde os patógenos florescem e propagam-se na forma aderida à superfície. As bactérias nestes arranjos aproveitam-se de diversos benefícios como a proteção contra sinais ambientais (oxigênio, pH e temperatura) e agentes nocivos. Como foco deste projeto, foi realizado o estudo de enzimas com potencial na degradação de exopolissacarídeos de biofilmes de Escherichia coli 042. As enzimas identificadas com altas porcentagens na degradação e também na prevenção da formação de biofilmes, foram combinadas com o antibiótico ampicilina. Para a metodologia utilizou-se 3 enzimas diferentes, sendo elas: (i) Beta glicosidase da família GH1, proveniente do organismo Saccharophagus degradans (SdBgl1b); (ii) dispersina B pertencente a família GH20, proveniente do organismo Actinobacillus actinomycetemcomitans (DspB) e (iii) a protease papaína. A utilização das enzimas em conjunto com o antibiótico demonstrou valores reduzidos na caracterização do biofilme de Escherichia coli 042 através da técnica de unidades formadoras de colônia (CFU), esse resultado representa-se como algo positivo para o estudo, o mesmo sugere que as enzimas foram capazes de deteriorar o biofilme de E. coli permitindo assim a ação do antibiótico. Para a análise através da coloração de cristal violeta, a papaína comercial apresentou uma degradação de 93% na concentração de 1 mg/ml e a enzima DspB uma inibição de 89% na concentração de 0,03125 mg/ml.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Avaliação da eficácia de RNAs de interferência para o manejo de pragas(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-11-29) Affonso, Pedro Henrique de Andrade; Souza-Neto, Jayme Augusto de ; Velini, Edivaldo Domingues ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) O manejo de pragas é essencial para garantir não somente a produtividade e a qualidade dos cultivos agrícolas, mas também a biodiversidade nativa, uma vez que também é utilizado para o controle de espécies invasoras. No Brasil, visando um maior custo-benefício à curto prazo, utiliza-se massivamente o controle químico como principal forma de manejo de pragas. Este controle consiste na aplicação de químicos, como inseticidas, herbicidas e fungicidas. No entanto, o uso excessivo de agroquímicos pode levar, a longo prazo, ao surgimento de pragas cada vez mais resistentes, além de causar impactos negativos na saúde humana e no meio ambiente. Apesar das formas controle alternativas como o controle biológico e mecânico sejam ambientalmente mais sustentáveis, ainda não são capazes de substituir integralmente o método de controle químico, principalmente em culturas extensivas. A partir dessa problemática, recentemente tem crescido uma nova abordagem. A via de RNAi, é conservada em todos os eucariontes e é normalmente utilizada pelo próprio organismo como uma forma de regular a expressão de genes. Como forma de manejo, baseia-se no reconhecimento de moléculas efetoras desta via, os siRNAs ou dsRNAs, construídos especificamente para atingir a expressão de genes que resultem na diminuição populacional da espécie-alvo. O objetivo dessa dissertação é, portanto, encontrar e avaliar potenciais transcritos-alvos relacionados com a sobrevivência de pragas vegetais e na degradação de agroquímicos em Spodoptera frugiperda. O estudo utilizou Glycine max como espécie modelo pragas vegetais, trazendo como alvo dois genes, GmA1 e GmA2, comuns á indústria de herbicidas. O silenciamento do gene GmA1, contraintuitivamente resultou em sua superexpressão nos dois dias avaliados. Enquanto GmA2 demonstrou alta suscetibilidade ao silenciamento durante o mesmo período. Já os resultados de translocação em plantas, indicaram que o efetor de dsRNA não foi capaz de se translocar para tecidos aos quais ele não foi aplicado, como caule, raízes e folhas secundárias. Por fim, para os ensaios com Spodoptera frugiperda, foram idealizados cinco alvos relacionados a detoxificação de diferentes classes de defensivos agroquímicos, SfA1, SfA2, SfA3, SfA4 e SfA5. Entretanto, apenas a expressão basal do gene SfA2 foi alta o suficiente para permitir a continuidade do silenciamento. O gene SfA2, apresentou altos níveis de modulação negativa durante o primeiro dia pós-microinjeção dos dsRNAs, seguida por modulações divergentes, a depender do instar larval, até o quarto dia, quando a sua expressão retornou aos níveis basais. O comportamento de silenciamento das expressões de GmA2 em Glycine max e SfA2 em Spodoptera frugiperda, sugerem se tratar de genes com um alto potencial para esta abordagem, visando o manejo integrado em pragas; ainda que, haja a necessidade de estudos mais aprofundados em excipientes e coadjuvantes que confiram maior propriedades de absorção, resistência a degradação, entre outras características, para viabilizar sua aplicação prática em campo e no desenvolvimento comercial de produtos.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Distribuição espaço-temporal da espécie limnoperna fortunei (Dunker, 1857) (mexilhão-dourado) nos reservatórios hidrelétricos da bacia do rio Paranapanema (SP/PR)(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-08-30) Silva, Savio de Oliveira; Nogueira, Marcos Gomes ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) As invasões biológicas estão entre as maiores causas de perda de biodiversidade no mundo atualmente e trata-se, basicamente, da introdução de espécies não-nativas em comunidades fora do seu local de origem. Seus impactos podem ser facilmente perceptíveis em ecossistemas aquáticos continentais, por serem ambientes com alto grau de endemismos, facilidade de dispersão e variações hidrodinâmicas, o que os tornam sensíveis à processos de invasão. Uma das espécies de grande importância ambiental atualmente, é o bivalve Limnoperna fortunei, popularmente conhecido como mexilhão-dourado, que desde a década de 1990, invadiu diversos rios da América do Sul. O objetivo geral deste estudo foi avaliar a dinâmica populacional dessa espécie nos oito maiores reservatórios hidrelétricos, em um sistema de cascata, do rio Paranapanema, entre os estados brasileiros de São Paulo e Paraná. Para isso, amostras de indivíduos larvais, medições de variáveis físico-químicas referentes à limnologia/qualidade de água e dados hidrodinâmicos foram obtidos em trechos lóticos, semi-lóticos e lênticos de cada reservatório nos meses de fevereiro e outubro, que consistem em períodos com picos reprodutivos da espécie em águas neotropicais, entre os anos de 2013 e 2022, e submetidos a testes estatísticos. Os dados indicam que a espécie estudada se encontra totalmente estabelecida na bacia do rio Paranapanema, sendo encontrada em todos os anos e em todos os reservatórios. Sua dinâmica é complexa, apresentando uma elevada e rápida variabilidade espaço-temporal. Ao longo dessa série histórica, foram encontradas densidades médias larvais semelhantes nos dois períodos sazonais amostrados. Reservatórios do tipo acumulação apresentaram concentrações médias um pouco mais elevadas que os de fio d’água. Já em relação aos compartimentos de cada reservatório, não foi observado padrão e todos os trechos apresentaram densidades semelhantes em todo período. Todavia, os maiores picos totais de larvas ocorreram nos trechos lóticos. As análises estatísticas evidenciaram que, para a área estudada, as variáveis condutividade elétrica, pH, transparência da água, quantidade de cianobactérias, nível altimétrico, volume de reservatório e vazão defluente estão correlacionadas negativamente com as populações de L. fortunei, enquanto nível e tempo de residência tiveram relação positiva.PublicaçãoDissertação de mestrado Miologia comparada de representantes do gênero Amphisbaena Linnaeus, 1758 (Squamata, Amphisbaenidae)(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 0024-08-30) Lima, Ingrid Lima e; Silva Filho, Ivan Sergio Nunes ; Martins, Angele dos Reis ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) Dentre os Squamata, a subordem Amphisbaenia possui indivíduos que apresentam diversas adaptações para o modo de vida fossorial, atualmente sendo representada por 202 espécies divididos em seis famílias. Apesar do recente aumento no interesse e progresso acerca do grupo, ainda nos deparamos com a falta de diversos tipos de dados. Sendo assim, devido ao número limitado de descrições miológicas conduzidas neste grupo taxonômico, o presente estudo visa fornecer uma descrição da anatomia muscular cefálica de quatro espécies de Amphisbaena – Amphisbaena dubia, Amphisbaena darwinii, Amphisbaena munoai e Amphisbaena microcephala. Além disso, incorporamos dados de espécies com descrições musculares previamente documentadas na literatura para fornecer uma comparação mais abrangente. Foram descritas variações na musculatura associada ao complexo mandibular e alterações na estrutura dos tendões que sustentam esses músculos. Além disso, foram identificadas variações na forma, origem e inserções do m. adductor mandibulae externus superficialis, medialis e profundus, na disposição das fibras do m. retractor anguli oris e do m. depressor mandibulae. Ademais, novas percepções sobre o sistema glandular das espécies, com a descrição de uma glândula rictal ainda não registrada para este grupo, juntamente com a criação de 24 de caracteres baseados nessas variações, foram fornecidas. Tais resultados traduzidos em caracteres podem ser utilizados para refinar e aprimorar futuras investigações filogenéticas, esclarecendo a evolução do grupo e suas adaptações morfológicas.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Otimização do Sequence Slider: um método de elucidação de estruturas cristalográficas provenientes de fontes naturais(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2022-10-21) Bruno, João Paulo Ballerini; Fontes, Marcos Roberto de Mattos ; Borges, Rafael Junqueira ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) A cristalografia desempenha papel essencial na elucidação dos mecanismos de ação de proteínas, por oferecer dados em nível atômico. Para elucidar a estrutura de uma macromolécula é fundamental o conhecimento da exata composição do seu cristal, o que geralmente é o caso de proteínas obtidas de forma recombinante. Porém, em diversas áreas de estudos, como na toxinologia, as amostras são geralmente obtidas através da purificação direta de fontes naturais, como por exemplo veneno de serpentes, onde propriedades físico-químicas semelhantes de isoformas podem dificultar seu isolamento. Na incapacidade de determinar uma única sequência em um cristal e na ausência de dados cristalográficos à resolução atômica, não existem métodos que auxiliem na elucidação destas estruturas ab initio. O método SEQUENCE SLIDER foi desenvolvido para avaliar diferentes possibilidades de cadeias laterais em um modelo cristalográfico no âmbito do faseamento no software ARCIMBOLDO e da incerteza da sequência na toxinologia. Nesta última finalidade, SLIDER integra dados de cristalografia, espectrometria de massa e análises filogenéticas. Assim, o objetivo deste trabalho foi otimizar SLIDER através da técnica de aprendizado de máquinas supervisionado eXtreme Gradient Boosting (XGBoost) sobre dados de análise de densidade eletrônica e do ambiente físico-químico de cada resíduo para estimar a atribuição do amino ácido correto. Foram utilizadas 41 estruturas cristalográficas de fosfolipases A2, 15 de receptores de porina e 149 metaloproteases, obtidas de fonte recombinante cuja sequência é conhecida para treinamento e teste da metodologia. Resultados obtidos apresentam acurácia de 94.3% a 98.4% para 16.919 resíduos. É esperado que a aplicação deste método a dados inéditos provenientes de proteínas purificadas a partir de fontes naturais com sequência desconhecida possa melhor caracterizar seus componentes e, consequentemente, auxiliar na compreensão de seus mecanismos de ação e estratégias de inibição. SLIDER ainda poderá auxiliar outros cristalógrafos e biologistas estruturais ao ser disponibilizado à comunidade científica e, utilizado em diferentes sistemas biológicos obtidos de fontes naturais.PublicaçãoDissertação de mestrado Produção experimental de partículas virais infectantes do PCV2b a partir de genomas sintéticos(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-06-27) Vieira, Larissa Baldo; Araújo Júnior, João Pessoa ; Magro, Angelo José ; Cruz, Taís Fukuta ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) O Circovírus suíno (PCV) é prevalente na população mundial de suínos e é notável por ser o menor vírus conhecido em termos de genoma e estrutura. Além disso, possui a capacidade de replicação autônoma, o que o torna um modelo interessante para estudos in vitro. Entre as diferentes espécies desse vírus, o PCV2 se destaca por estar associado à Síndrome da Circovirose Suína (SCS), um conjunto de sinais clínicos que afetam vários órgãos, sendo a manifestação mais comum a perda dos índices zootécnicos, levando os animais infectados ao definhamento e a outras lesões. O PCV2 apresenta uma molécula alvo importante, a proteína Cap, que constitui seu capsídeo e está diretamente relacionada à resposta imunológica do hospedeiro. A espécie PCV2b circula com particular relevância no Brasil. O monitoramento e a prevenção dessa infecção, bem como a melhor compreensão de aspectos essenciais à estrutura viral, podem ajudar a evitar perdas econômicas significativas aos produtores e contribuir com o melhoramento do bem-estar animal. Com isso, este trabalho teve como objetivo principal a padronização e execução de procedimentos para induzir a replicação viral autônoma do PCV2b em cultura de células a partir de um genoma viral construído artificialmente com base em um genoma viral selvagem sequenciado. Assim, o genoma viral sintético foi transfectado em células de linhagem de testículo suíno (ST), esta cultura de células foi mantida sob condições ideais e submetida a passagens para acomodar o crescimento e a renovação celular. O DNA viral desta cultura de células foi quantificado por qPCR em intervalos de 24 horas. A produção da proteína do capsídeo foi analisada por ELISA. Um ensaio de infecção em cultivo celular foi realizado com o sobrenadante das células transfectadas e mantidas. O DNA viral foi detectado em todos os intervalos de coleta, tanto nas células submetidas aos ensaios de transfecção quanto nas de infecção. A quantificação da carga viral mostrou uma relação direta à confluência celular. A presença da proteína Cap foi confirmada por ELISA. A estrutura externa das partículas virais sintéticas foi visualizada a partir de microscopia eletrônica de transmissão com coloração negativa. Portanto, a produção experimental de partículas virais infectantes do PCV2b a partir de genomas sintéticos tem como vantagem a realização de estudos experimentais com mutações específicas. A padronização da produção de partículas virais sintéticas permite a obtenção de partículas virais a partir do genoma viral desenhado com quaisquer alterações de interesse. É possível explorar alterações baseadas em simulações computacionais, o que abre caminho para pesquisas futuras que explorarão aspectos essenciais da montagem e estabilidade do capsídeo desse vírus e pode, por exemplo, nortear o desenvolvimento de futuras vacinas ou outros produtos biotecnológicos.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Examinando os efeitos de estressores climáticos na motivação de forrageamento e comunicação química em crustáceos decápodes(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-07-19) Martins, Carolina Guardino; Costa, Tânia Marcia ; De Grande, Fernando Rafael ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) Os ambientes do entremarés são considerados ricos em diversidade e são frequentemente influenciados por variáveis bióticas e abióticas. Nesses habitats, as poças de maré em costões rochosos passam por variações significativas nas condições abióticas devido aos ciclos alternados de submersão e emersão. Em razão do seu tamanho reduzido, essas poças possuem baixa inércia térmica e respondem rapidamente às mudanças de temperatura, pH e níveis de oxigênio durante as marés baixas. Isso pode resultar em altas temperaturas, queda de pH e condições de hipóxia, criando ambientes próximos aos limites de sobrevivência para os organismos que as habitam. Considerando o cenário atual de mudanças do clima, é de suma importância entender como que os organismos que habitam esses ambientes irão responder a intensificação dessas variáveis. Apesar das poças de maré serem ambientes menores em relação à extensão total dos costões rochosos, é importante ressaltar que a dinâmica que ocorrem nesse habitat pode nos auxiliar no entendimento da relação entre as espécies e variáveis ambientais em diferentes níveis de complexidade dos organismos. As oscilações drásticas das variáveis abióticas fazem com que os organismos que habitam as poças de maré sejam um ótimo modelo para testarmos a interferência de estressores climáticos. As interferências negativas dessas relações podem gerar efeitos em cascata no ambiente, podendo ter impactos em níveis ecossistêmicos colocando em risco a diversidade biológica.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Efeitos de heatwaves na percepção química do peixe predador Bathygobius soporator(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-07-19) Borges, Jaqueline Santos; Costa, Tânia Marcia ; De Grande, Fernando Rafael ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) No ambiente marinho um eficiente mecanismo de interação entre os organismos é através da comunicação química, usada para identificar potencial perigo, parceiro reprodutivo ou alimento. No entanto, as mudanças do clima podem alterar esse mecanismo, o que pode acarretar efeitos nocivos nas diferentes interações ecológicas. Poças de maré são bons modelos para avaliar os efeitos de eventos extremos, uma vez que apresentam grandes variações abióticas e desempenham funções ecológicas importantes. Nosso estudo teve o objetivo de avaliar como as consequências de heatwaves irão afetar as interações ecológicas entre consumidores e presas. Primeiramente foi feita a caracterização ambiental, através de coletas de dados abióticos em poças de maré. Em laboratório, foi avaliado se a percepção química do predador Bathygobius soporator aos estímulos químicos da presa Pachygrapsus transversus foi afetada pelo evento de heatwave, em um experimento com quatro tratamentos: presença e ausência de estímulo químico da presa, nas temperaturas de 31°C (controle) e 35°C (cenário SSP3-7.0, IPCC, 2021). O tempo de latência foi maior nos indivíduos expostos à heatwave (35°C) e o comportamento de forrageamento foi maior nos indivíduos expostos à temperatura controle (31°C). Na etapa de alimentação do predador, na temperatura controle (31°C), os tratamentos com e sem estímulo químico da presa, ingeriram maior quantidade de alimento, em comparação à temperatura de heatwave (35°C). Nossos resultados mostraram que B. soporator é responsivo ao estímulo químico de P. transversus e que seu comportamento de predação será afetado negativamente em cenários de heatwaves.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Diversidade de espécies de Kingsleya Ortmann 1897, (Crustacea: Decapoda: Pseudothelphusidae) no nordeste brasileiro: implicações filogenéticas(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-01-26) Lupino, Lívia Martins; Santana, William Ricardo Amancio ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) Na região Neotropical, as florestas úmidas e os ecossistemas aquáticos apresentam uma grande diversidade biológica. Entre a fauna de ambientes de água doce estão os caranguejos da seção Eubrachyura (caranguejos verdadeiros), que se dividem em duas grandes famílias, sendo Kingsleyinae considerada a divisão oriental, devido à sua endemicidade na América do Sul. Kingsleyinae compreende 15 géneros, incluindo Kingsleya Ortmann, 1897, com 11 espécies válidas. Estas espécies são encontradas na região amazônica e em áreas relictuais do nordeste do Brasil, tornando crucial o entendimento dos padrões de distribuição geográfica e isolamento destas espécies. Nosso objetivo foi realizar análises filogenéticas e taxonômicas, utilizando dados moleculares e morfológicos, a fim de compreender as relações entre as espécies de Kingsleya e preencher lacunas de informação sobre este grupo. As sequências obtidas neste estudo foram combinadas com publicações anteriores, juntamente com sequências externas da base de dados GenBank. As análises filogenéticas validaram o monofiletismo de Kingsleya. Além disso, 75% das relações intra-específicas deste género foram claramente evidenciadas. Além disso, foi possível identificar uma nova espécie do Piauí. A convergência de evidências morfológicas e moleculares dá suporte aos padrões de distribuição delineados neste estudo.PublicaçãoDissertação de mestrado Acesso Aberto Papel da sinalização TGF-β no nicho espermatogonial de zebrafish(Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2018-12-20) Costa, Daniel Fernandes da; Nóbrega, Rafael Henrique ; Universidade Estadual Paulista (UNESP) A via de sinalização TGF-β está presente em todos os metazoários, regulando diversas etapas do desenvolvimento embrionário e da resposta imunológica, além de estar envolvida no processo carcinogênico e regulação da espermatogênese. A espermatogênese é um processo altamente organizado, cujo funcionamento adequado garante a sobrevivência das espécies. Maiores estudos que auxiliem na compreensão dos mecanismos endócrinos e parácrinos responsáveis pelo refinamento dos processos que ocorrem no nicho espermatogonial são necessários. Visto isso, a via de TGF-β por mediar processos celulares fundamentais para a função testicular (auto-renovação e diferenciação), se torna de grande relevância para uma compreensão mais ampla do processo espermatogênico. Uma abordagem muito valiosa para o entendimento da função testicular é a utilização de inibidores específicos de vias de sinalização. Dito isso, com o intuito de avaliar o papel da subfamília TGF-β no nicho espermatogonial de zebrafish, foi utilizado o inibidor A83-01, bloqueador da ativação da subfamília TGF- β (TGF-β, Inibina, Actina e Nodal). Também, foi avaliado o papel do Fsh na via de sinalização TGF-β, de forma a agregar aspectos importantes sobre essa sinalização e sua influência no nicho espermatogonial de teleósteos. Nossos resultados mostram que o inibidor potencializou os efeitos de pró-diferenciação do Fsh, favorecendo diferenciação excessiva e reduzindo os estoques de espermatogônias tronco. Desta forma, conclui-se que os resultados aqui encontrados indicam que a subfamília TGF-β atua como fator pró-proliferação, promovendo auto-renovação espermatogonial.PublicaçãoDissertação de mestrado O papel dos hidrolisados proteicos extraídos do bycatch na fisiologia do camarão Macrobrachium rosenbergii(Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2024-07-30) Siqueira, Ana Carolina Louzã; Augusto, Alessandra da Silva ; Universidade Estadual Paulista (Unesp) A pesca de arrasto é uma atividade de baixa seletividade e responsável por 25% das devoluções de animais mortos no mar. As devoluções são chamadas de bycatch ou fauna acompanhante, e são definidas como organismos não-alvos que são pescados com espécimes de interesse econômico. O presente trabalho buscou testar hidrolisados proteicos com potencial antioxidante extraído do bycatch do litoral de São Paulo na dieta de uma espécie importante para a aquicultura. Tal aproveitamento do bycatch pode agregar desenvolvimento econômico e social aos pescadores e à aquicultura. Os hidrolisados proteicos com potencial antioxidante foram obtidos das duas espécies de peixes (Paralonchurus brasiliensis e Micropogonias furnieri) mais abundantes do bycatch da pesca de arrasto de camarão do litoral paulista por membros do nosso grupo de pesquisa. Este estudo visa analisar a viabilidade da introdução deste hidrolisado proteico na dieta do camarão de água doce Macrobrachium rosenbergii e avaliar seu papel antioxidante em animais expostos à elevada concentração de amônia. No primeiro capítulo desta dissertação avaliamos se a inclusão de diferentes concentrações do hidrolisado proteico (0%, 2.5%, 5% e 10%) na dieta de M. rosenbergii afeta a sobrevivência, crescimento e fisiologia. Nós avaliamos a sobrevivência e uma malha de mecanismos fisiológicos (crescimento, ingestão, defecação, reservas energéticas, metabolismo e excreção). O uso do hidrolisado não afetou variáveis importantes para a aquicultura, como sobrevivência, crescimento e ingestão alimentar, embora tenha reduzido o consumo e a excreção de amônia. No segundo capítulo, investigamos os efeitos da exposição aguda a concentração de 25 mg/L de amônia total na sobrevivência, fisiologia (metabolismo, excreção de amônia, O/N, índice hepatossomático) e morfologia branquial de M. rosenbergii. Nós também testamos se a inclusão de 2,5% de hidrolisado proteico extraído do bycatch na dieta de M. rosenbergii reduz os prováveis efeitos negativos da exposição à amônia. Observamos que os efeitos da exposição à amônia incluem reduções no consumo de oxigênio e na excreção de amônia e que a inclusão do hidrolisado proteico na dieta oferece uma possível redução do efeito da amônia na estrutura branquial dos animais. Visto que as brânquias são órgãos multifuncionais e responsáveis pela respiração, excreção, osmorregulação e regulação do pH, sugerimos que tal efeito seja estudado de maneira aprofundada durante longos períodos de exposição ao poluente, pois temos indícios da sua funcionalidade na redução de efeitos negativos.