Montagem, anotação e comparação do genoma parcial de um isolado brasileiro de Cryptosporidium serpentis

Abstract

A infecção por Cryptosporidium serpentis em répteis causa gastrite hipertrófica crônica, regurgitação e mortalidade. Este estudo tem como objetivo a montagem, anotação e comparação do genoma parcial de um isolado brasileiro de C. serpentis, obtido do sequenciamento do DNA proveniente de oocistos de cobras-do-milho (Pantherophis guttatus) naturalmente infectadas. O sequenciamento foi feito na plataforma Ion Torrent. A pré-montagem de novo foi realizada com o uso do SPAdes, seguida de montagem híbrida com o RagTag, usando como referência o genoma de Cryptosporidium muris. A qualidade da montagem foi avaliada pelo QUAST, e a anotação de genes foi realizada pelo AUGUSTUS, após comparação com os genomas de Plasmodium falciparum e Cryptosporidium hominis. A montagem gerou 84 scaffolds guiados por referência, com ~9,46 Mb, N50 de 738.026 pb, L50 de 5 scaffolds e GC de 28,11%, métricas que são compatíveis com Cryptosporidium spp. A validação foi realizada por comparação das sequências genéticas de C. serpentis deste estudo com as sequências de publicadas de Cryptosporidium spp. Os resultados foram sólidos e compatíveis com o genoma de C. serpentis.

Infection by Cryptosporidium serpentis in reptiles causes chronic hypertrophic gastritis, regurgitation, and mortality. This study aims to perform the assembly, annotation, and comparison of a partial genome of a Brazilian C. serpentis isolate, obtained from the sequencing of DNA extracted from oocysts isolated from corn snakes (Pantherophis guttatus). Sequencing was conducted on the Ion Torrent platform. De novo preassembly was performed using SPAdes, followed by hybrid assembly with RagTag, using the Cryptosporidium muris genome as a reference. Assembly quality was assessed with QUAST, and gene annotation was performed using AUGUSTUS, comparing with the genomes of Plasmodium falciparum and Cryptosporidium hominis. The assembly generated 84 reference-guided scaffolds, with ~9.46 Mb, N50 of 738,026 bp, L50 of 5 scaffolds, and GC content of 28.11%. The obtained metrics are consistent with those available for Cryptosporidium spp. Genome validation wasconducted by comparing the gene sequences of C. serpentis from this study with the published sequences of Cryptosporidium spp. The results were consistent and compatible with the genome of C. serpentis.