Análise in silico indica similaridade da expressão gênica na rede de interação do receptor de vitamina D na síndrome clinicamente isolada e esclerose múltipla
Loading...
Date
Advisor
Souza, Doralina Guimarães Brum 
Coadvisor
Graduate program
Undergraduate course
Ciências Biomédicas - IBB
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Type
Undergraduate thesis
Access right
Acesso aberto
Abstract
Abstract (english)
The aim of the study was to create a vitamin D receptor (VDR) network. Additionally, to verify the pattern of gene expression in multiple sclerosis (MS) and clinical isolated syndrome (CIS) Methods: Gene expression GEO database of MS and CIS patients was identified and selected. GALANT was used to analyze this data Results: The VDR network identified a total of 102 genes and 1501 transcriptional, physical and metabolic interactions among them. Analyses of gene expression with GALANT created three images after comparing MS and CIS, CIS and control, MS and control. Conclusion: Similar areas of gene expression in MS and CIS corroborates there is trait of disease. Additionally, our findings suggested GALANT can be a potential tool to discover more about pathogenic mechanism of the disease. Functional genomics studies is necessary to validate these findings
Abstract (portuguese)
Criar rede de interação do receptor de vitamina D e verificar o padrão de expressão gênica de seus constituintes em pacientes com esclerose múltipla (EM) e pacientes que apresentaram episódio isolado de disfunção neurológica sugestivo de mecanismo desmielinizante, clinical isolated syndrome (CIS). Metodologia: A rede de interação do VDR foi criada a partir de bancos de dados específicos para interações físicas, metabólicas e transcricionais. Paralelamente, foram realizadas busca na base de dados GEO DataSets empregando os descritores multiple sclerosis e vitamin D. Dois artigos envolvendo pacientes com EM, CIS e controles foram selecionados. Apenas os dados de expressão desses grupos foram utilizados para aplicação do método. O GALANT projeção os dados de expressão sobre a rede criada, resultando em mapas funcionais, no qual o perfil de expressão de CIS e EM foi reproduzido segundo uma escala de cores. Resultados: A rede de interação do VDR totalizou 102 genes e 1501 interações físicas, metabólicas e transcricionais. Três analises resultaram da relação entre CIS versus Controles, EM versus Controles e EM versus CIS. Em todas as análises, encontramos sete áreas indicando hiperexpressão dos genes correspondentes na rede. Conclusão: A criação de uma rede de interações especifica do VDR e a aplicação do GALANT para análise dos dados de expressão gênica de pacientes com EM evidenciaram-se ferramentas com potencial de identificar novos genes relacionados com o mecanismo da doença
Description
Keywords
Esclerose multipla, Vitamina D, Bioinformática, Expressão gênica, Multiple sclerosis, Vitamin D
Language
Portuguese
Citation
OLIVEIRA, Alexia Dimitra Zarbinati de. Análise in silico indica similaridade da expressão gênica na rede de interação do receptor de vitamina D na síndrome clinicamente isolada e esclerose múltipla. 2014. 1 CD-ROM. Trabalho de conclusao de curso (bacharelado - Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências de Botucatu, 2014.
