Publicação:
Análise in silico indica similaridade da expressão gênica na rede de interação do receptor de vitamina D na síndrome clinicamente isolada e esclerose múltipla

Carregando...
Imagem de Miniatura

Data

2014-07-10

Orientador

Souza, Doralina Guimarães Brum

Coorientador

Pós-graduação

Curso de graduação

Ciências Biomédicas - IBB

Título da Revista

ISSN da Revista

Título de Volume

Editor

Universidade Estadual Paulista (Unesp)

Tipo

Trabalho de conclusão de curso

Direito de acesso

Acesso abertoAcesso Aberto

Resumo

Resumo (inglês)

The aim of the study was to create a vitamin D receptor (VDR) network. Additionally, to verify the pattern of gene expression in multiple sclerosis (MS) and clinical isolated syndrome (CIS) Methods: Gene expression GEO database of MS and CIS patients was identified and selected. GALANT was used to analyze this data Results: The VDR network identified a total of 102 genes and 1501 transcriptional, physical and metabolic interactions among them. Analyses of gene expression with GALANT created three images after comparing MS and CIS, CIS and control, MS and control. Conclusion: Similar areas of gene expression in MS and CIS corroborates there is trait of disease. Additionally, our findings suggested GALANT can be a potential tool to discover more about pathogenic mechanism of the disease. Functional genomics studies is necessary to validate these findings

Resumo (português)

Criar rede de interação do receptor de vitamina D e verificar o padrão de expressão gênica de seus constituintes em pacientes com esclerose múltipla (EM) e pacientes que apresentaram episódio isolado de disfunção neurológica sugestivo de mecanismo desmielinizante, clinical isolated syndrome (CIS). Metodologia: A rede de interação do VDR foi criada a partir de bancos de dados específicos para interações físicas, metabólicas e transcricionais. Paralelamente, foram realizadas busca na base de dados GEO DataSets empregando os descritores multiple sclerosis e vitamin D. Dois artigos envolvendo pacientes com EM, CIS e controles foram selecionados. Apenas os dados de expressão desses grupos foram utilizados para aplicação do método. O GALANT projeção os dados de expressão sobre a rede criada, resultando em mapas funcionais, no qual o perfil de expressão de CIS e EM foi reproduzido segundo uma escala de cores. Resultados: A rede de interação do VDR totalizou 102 genes e 1501 interações físicas, metabólicas e transcricionais. Três analises resultaram da relação entre CIS versus Controles, EM versus Controles e EM versus CIS. Em todas as análises, encontramos sete áreas indicando hiperexpressão dos genes correspondentes na rede. Conclusão: A criação de uma rede de interações especifica do VDR e a aplicação do GALANT para análise dos dados de expressão gênica de pacientes com EM evidenciaram-se ferramentas com potencial de identificar novos genes relacionados com o mecanismo da doença

Descrição

Idioma

Português

Como citar

OLIVEIRA, Alexia Dimitra Zarbinati de. Análise in silico indica similaridade da expressão gênica na rede de interação do receptor de vitamina D na síndrome clinicamente isolada e esclerose múltipla. 2014. 1 CD-ROM. Trabalho de conclusao de curso (bacharelado - Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências de Botucatu, 2014.

Itens relacionados

Financiadores

Unidades

Departamentos

Cursos de graduação

Programas de pós-graduação