Dissertações - Genética e Melhoramento Animal - FCAV

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  • ItemDissertação de mestrado
    Perfil de coexpressão de genes do músculo Longissimus thoracis associados a diferentes métodos de desmama de bezerros da raça Nelore.
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2023-08-03) Russo, Gustavo Henrique; Pereira, Guilherme Luis [UNESP]; Torrecilhas, Juliana Akamine; Curi, Rogério Abdallah
    A desmama precoce é um manejo nutricional de bezerros a muito tempo utilizado na bovinocultura, como estratégia para diminuir o intervalo entre partos principalmente em vacas primíparas e aumentar as taxas de concepção do rebanho, principalmente por ajudar na recuperação do balanço energético das fêmeas, porém, suas aplicações vão além da melhora no desempenho reprodutivo, e tem sido utilizada na pecuária de corte para melhorar a qualidade de características de carcaça de bezerros em conjunto com uma dieta de concentrado pós o desmame. O objetivo desse trabalho foi avaliar o perfil de coexpressão do transcriptoma completo, utilizando a técnica RNA-Seq, a partir de alíquotas do músculo Longissimus thoracis, de dois grupos de bezerros da raça Nelore, desmamados aos 120 dias (desmama precoce) e outro desmamado aos 210 dias (desmama convencional). Foram encontrados 16 módulos de genes coexpressos, os módulos 1, 2 e 3 foram significativamente enriquecidos para vias metabólicas KEGG na análise de enriquecimento funcional. O módulo 2 retornou vias metabólicas relacionadas ao metabolismo de carboidratos e via de sinalização PPAR, uma das principais vias envolvidas no metabolismo de lipídeos, na adipogênese, lipogênese bem como na deposição de gordura intramuscular. Foram também destacados dento do módulo 2 os genes Hub: PLIN1, CIDEC, RBP4, PPP1R1B e MAL2, os quais também são relacionados a lipogênese a adipogênese. Os resultados obtidos são um indicativo de que a desmama precoce seguida de dieta de concentrado em bezerros Nelore, pode regular positivamente a expressão de genes e vias metabólicas envolvidas, na hiperplasia e hipertrofia de adipócitos e, contudo, melhorar características de qualidade da carne e qualidade de carcaça.
  • ItemDissertação de mestrado
    Filogeografia da espécie Subulo gouazoubira (Mammalia: Cervidae) na Caatinga
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2023-03-31) Nunes Freire Lima, Isabel Luiza de Melo; Duarte, José Maurício Barbanti; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A Caatinga é um bioma exclusivamente brasileiro e apresenta a biodiversidade expressiva, contendo várias espécies endêmicas, e que sofrem com as variações climáticas e ações antrópicas que reduziram pela metade sua cobertura natural. A mastofauna nesta região não é bem conhecida devido à escassez de conhecimento científico fundamental, relacionado à sua taxonomia, história natural e distribuição. O bioma se distribui em sete ecoregiões e possui populações silvestres que sofrem com os impactos ambientais gerados pela fragmentação de habitat, caça e agravo dos processos de desertificação. Nesse contexto, o veado-catingueiro (Subulo gouazoubira), é o principal representante dos cervídeos neotropicais na Caatinga. A espécie que apresenta divergência recente em relação ao gênero Mazama, possui ancestrais com rápida diversificação (≅1,6 Ma) pela América do Sul. Dessa forma, o presente trabalho prospectou populações de veado-catingueiro nesta região do Nordeste, através de amostragem não invasiva, a fim de caracterizar a organização da sua genética populacional na diversidade ambiental do bioma. E desta forma, auxiliar na compreensão das distribuições das linhagens genéticas que ocorrem na Caatinga, entendendo seus perfis filogeográficos. Através de três marcadores mitocondriais (CIT B + ND2 + ND5) foram realizadas análises de genética populacional, demográficas, filogenética e filogeográficas. Os resultados demonstram que as subpopulações amostradas apresentam baixa diferenciação e que não há evidência de isolamento por distância na distribuição das linhagens, o que denota a manutenção de fluxo gênico entre elas. Uma baixa estruturação dentro de cada subpopulação e não entre elas, denota a diversidade haplotípica de cada subpopulação na demarcação filopátrica das fêmeas. Ademais, essas subpopulações detêm valores de diversidade haplotípica e nucleotídica baixas a moderadas. Análises demográficas apontam para um cenário de população em expansão, com oscilações demográficas causadas por gargalos populacionais seguidos de processos expansivos súbitos. A alta diversidade haplotípica da amostragem total é refletida numa rede de haplótipos únicos que demonstram relações genealógicas, convergindo com a hipótese dos grupamentos populacionais separados por barreiras ao fluxo gênico. Esta diversidade também está refletida na filogenia apresentada com presença de politomia entre alguns indivíduos amostrados, e são agrupados em um clado exclusivo dos demais espécimes de veado-catingueiro. Estes resultados abrem indícios para aprofundamento de estudos da possibilidade de uma Unidade Genética para a população. Além disso, apontam a necessidade de planejamento de conservação, preservando seu potencial adaptativo aliado a redução dos impactos ambientais.
  • ItemDissertação de mestrado
    Desempenho, características de carcaça, qualidade da carne e análise do proteoma de bovinos cruzados F1 Montana-Nelore suplementados com vitamina A
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2023-03-01) Scapol, Rayssa Santucci; Chardulo, Luis Artur Loyola [UNESP]; Baldassini, Welder Angelo; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    O presente trabalho objetivou descrever alterações na expressão de proteínas no tecido muscular e seus impactos sobre deposição de gordura intramuscular, características de carcaça e qualidade da carne de bovinos cruzados que receberam injeção instramuscular de vitamina A após o nascimento. Quarenta bezerros machos, cruzados (F1 Montana × Nelore) foram utilizados desde o nascimento até a fase de terminação em confinamento (vitamina A versus controle). No dia do nascimento, vinte bezerros do tratamento com vitamina A (vit.A) receberam uma dose de 300.000 Unidades Internacionais (UI) via injeção intramuscular. Após o desmame, aos 210 dias, os animais de ambos os tratamentos foram levados ao confinamento e alojados em baias individuais. O abate dos animais ocorreu após 180 dias de confinamento em frigorífico comercial. Foram mensuradas na carcaça peso da carcaça quente (PCq), rendimento total da carcaça quente (RCq), peso da carcaça fria (PCf) e rendimento de carcaça fria (RCf). O músculo Longissimus thoracis (LT) foi separado entre a 12ª e 13ª costelas da meia carcaça esquerda do restante da carcaça e antes de ser desossado foi avaliado a espessura de gordura subcutânea (EGS) e a área de olho de lombo (AOL). Na linha de abate (carcaça quente) foram coletadas amostras da meia carcaça esquerda de todos os animais entre a 12ª e 13ª costelas para as análises de biologia molecular (eletroforese bidimensional em gel de poliacrimida e espectrometria de massas). Após período de resfriamento em câmara fria (24h), também foram coletadas amostras do músculo LT de todos os animais entre as 12ª e 13ª costelas da meia carcaça esquerda para a condução de análises físico-químicas de qualidade como cor (L*, a*, b*), maciez (FC) e perdas por cocção (PPC). Não houve diferenças entre as características de carcaça de crescimento (PCQ e AOL) e acabamento (EGS) avaliadas (P > 0,05). As carnes dos animas que receberam vit.A apresentaram uma tendência (P = 0,07) de carne mais macia em comparação ao controle aos 3 dias de maturação. A cor e as PPC da carne não foram afetadas (P > 0,05). No tratamento vit.A versus controle foram observados maiores teores de gordura intramuscular (P < 0,05). Por meio de estudo de imagem dos géis, identificou-se 78 spots proteicos correspondentes a 17 proteínas diferencialmente expressas (P < 0,05) entre os tratamentos. Após a caracterização das proteínas e estudos de bioinformática, verificou-se que a injeção intramuscular com vit.A afetou o proteoma e a interação proteína-proteína no músculo LT. Observou-se maior abundância de proteínas do metabolismo energético (LDHA, MDH2, GAPDH, ENO3, TPI1, CKM e COX5A), contração muscular (ACTB, ACTC1, ACTG1, ACTG2, ACTA1, ACTA2, ACTN1, ACTN2, ACTN3, TPM1, TPM2, TPM3, MYH1, PDLIM3 e TNNT3), proteínas de choque térmico (DNAJC18), ligação proteica, transporte e sinalização (TUBA4A, VIM, TBA1B e EEF1A2) no tratamento com vit.A. Assim, a maior abundância dessas proteínas em resposta à injeção intramuscular de vit. A pós-natal contribuiu para melhores características de qualidade da carne em bovinos cruzados terminados em confinamento.
  • ItemDissertação de mestrado
    Efeito da suplementação na fase de cria sobre a expressão gênica, processos e vias relacionadas à adipogênese e lipogênese do músculo longissimus thoracis ao desmame em bovinos f1 angus-nelore
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2023-02-28) Ganga, Maria Júllia Generoso; Curi, Rogério Abdallah [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    Diferentes estratégicas têm sido utilizadas para aumentar a deposição de gordura intramuscular na carne produzida no Brasil, a partir, principalmente do Nelore (Bos indicus) e de seus cruzamentos, visando melhorar a qualidade do produto final e, dessa forma, atender mercados mais exigentes. Uma dessas estratégias é a suplementação na fase de cria por meio de creep feeding. Entretanto, são poucas as pesquisas que avaliaram o efeito do creep feeding sobre a expressão gênica no tecido muscular à desmama de bovinos Nelore e em seus cruzamentos com raças taurinas (Bos taurus). Assim, este estudo teve como objetivo identificar, a partir de análise do transcriptoma, genes diferencialmente expressos, processos biológicos e vias metabólicas relacionadas à adipogêneses e lipogênese em biópsias musculares colhidas à desmama de bovinos cruzados submetidos à diferentes dietas entre o nascimento e os 210 dias de vida. Foram utilizados 48 bovinos cruzados F1 Angus-Nelore machos, não castrados, meio-irmãos, mantidos a partir dos 30 dias de idade até o desmame sob dois diferentes tratamentos (n = 24/tratamento): grupo 1 (G1) – sem suplementação em creep feeding; e G2 – com suplementação em creep feeding. Os animais foram desmamados aos 210 dias, e, em seguida, foram confinados por 180 dias em baias coletivas (três animais/baia) recebendo dieta contendo 12,6% de volumoso e 87,4% de concentrado a base de milho. À desmama foi realizada coleta de alíquotas do músculo Longissimus thoracis (LT) por meio de biópsia. Ao longo do abate foram coletadas amostras (bifes de contra-filé) do LT entre as 12ª e 13ª costelas da meia-carcaça esquerda, a partir das quais foram determinados: área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), índice de marmorização (IMF), lipídeos totais/porcentagem de gordura (%G) e força de cisalhamento aos sete e 14 dias de maturação (SF7 e SF14). A partir das alíquotas do LT das biópsias foram analisadas diferenças na expressão gênica global entre os tratamentos (G1 vs G2 – 12 indivíduos/grupo) no momento da desmama por meio da técnica de sequenciamento do RNA mensageiro (RNA-Seq). Em relação à %G e IMF, os animais de G2 apresentaram valores maiores (4,95±0,20 vs 5,80±0,23; 321,50±13,65 vs 366,11±12,39, respectivamente) quando comparados com G1 (p<0,05). Foram identificados 947 genes diferencialmente expressos (DEGs) entre G1 e G2 à desmama, dos quais 443 foram regulados negativamente e 504 foram regulados positivamente no G2. As análises de enriquecimento funcional realizadas com os DEGs identificaram importantes genes, vias metabólicas (KEGG_PATHWAY) e processos biológicos (GOTERM_BP) relacionados à adipogênese e lipogênese (p<0,05), como: biossíntese de colesterol, sinalização de PPAR, metabolismo de ácidos graxos e biossíntese de ácidos graxos insaturados
  • ItemDissertação de mestrado
    Caracterização morfológica, citogenética e molecular de Mazama gouazoubira medemi Barriga-Bonilla, 1966 a partir de um topótipo atual
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2022-11-04) Moreno, Liss Maryori García; Duarte, José Maurício Barbanti; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A classificação taxonômica do gênero Mazama Rafinesque, 1817 é bastante controversa, devido à convergência morfológica e alta variação cariotípica intraespecífica. Por efeito do complexo processo evolutivo e os polimorfismos cromossômicos que as espécies do grupo apresentam, sua taxonomia vem sendo estudada com auxílio de ferramentas citogenéticas e moleculares, que se mostraram como informações essenciais no esclarecimento da classificação do grupo e sua consequente implicação nos programas de conservação de cervídeos na região Neotropical. O táxon Mazama gouazoubira medemi Barriga-Bonilla, 1966 foi alocado dentro da sinonímia de Mazama nemorivaga (Cuvier, 1817) por padrões morfológicos e distribuição geográfica, sem consenso sobre a validade deste táxon ou sua correta classificação. Desta forma, o presente trabalho buscou avaliar o posicionamento e o status de M. g. medemi Barriga-Bonilla, 1966 através da coleta de um espécime na localidade tipo na Colômbia. O exemplar foi caracterizado por técnicas morfológicas tradicionais (medidas cranianas, medidas biométricas e coloração da pele), análises citogenéticas (coloração convencional, banda G, banda C, coloração Ag-NOR e FISH), e por ferramentas moleculares (análise filogenética dos genes Cytb, ND5 e Dloop). Os resultados morfológicos e citogenéticos mostraram padrões consistentes com o descrito para a espécie Mazama nemorivaga (Cuvier, 1817). A caracterização molecular recuperou o topótipo num agrupamento com exemplares de M. nemorivaga do norte da Amazônia, se posicionando de forma externa às outras amostras do grupo, mas comprovando sua ligação filogenética, sugerindo o posicionamento de M. g. medemi como sinônimo júnior de M. nemorivaga.
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    Análise do pedigree e estimativas de parâmetros genéticos para características de importância econômica de bovinos da raça Senepol
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2022-07-27) Oliveira, Ana Carolina de Jesus; Munari, Danísio Prado [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A raça Senepol possui adaptabilidade ao clima tropical e resistência à ectoparasitas. O conhecimento da estrutura da população e dos parâmetros genéticos e fenotípicos de características de importância econômica pode auxiliar no direcionamento dos acasalamentos e nos processos de seleção da raça. Os objetivos do trabalho foram avaliar e descrever a estrutura da população e estimar parâmetros genéticos para peso ajustado aos 365 dias de idade (P365), consumo alimentar residual (CAR), ingestão de matéria seca (IMS), espessura de gordura subcutânea (EG), espessura de gordura subcutânea medida na garupa (EGP8) e área de olho de lombo (AOL) de bovinos da raça Senepol. Foram utilizados 4.053 registros de pedigree e fenótipos de 2.977 animais, cedidos pelo Programa ANCP Senepol (PAS) da Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Os parâmetros populacionais foram estimados a partir de registros de pedigree utilizando o programa computacional ENDOG. As estimativas dos parâmetros genéticos foram obtidas pelo método de máxima verossimilhança restrita, utilizando o modelo animal multicaracterística por meio do programa WOMBAT, e as tendências genéticas foram estimadas por meio de regressão linear de valores genéticos para cada característica em função do ano de nascimento. A variação dos valores fenotípicos de cada característica em função da variação dos coeficientes de endogamia dos indivíduos foi realizada por meio de regressão linear. Em relação a estrutura da população, o número de gerações completas, máxima e equivalente foram iguais a 3, 10 e 4,46 respectivamente. O número efetivo de fundadores (fe) foi igual a 50 e o número efetivo de ancestrais (fa) foi igual a 35, sendo a razão entre fe e fa de 1,42. O coeficiente de endogamia médio foi igual a 0,92%. Foi observado baixo tamanho efetivo da população e relação entre fe e fa, embora coeficientes de endogamia ainda se encontrem em níveis de menor magnitude e não foi observado perdas de desempenho fenotípico em função da variação dos coeficientes de endogamia. Sugere-se atenção quanto ao uso intensivo de reprodutores e monitoramento dos níveis endogâmicos para auxiliar nos acasalamentos dos rebanhos da raça. As estimativas de herdabilidade para as características estudadas variaram de 0,16(0,08) para CAR a 0,31(0,06) para AOL e EGP8. A partir das correlações genéticas, observou-se que a seleção para P365 pode favorecer animais com maior área de olho de lombo, entretanto a seleção para P365 está fortemente correlacionado com IMS (0,93±0,14), o que sugere atenção quanto a seleção de P365 devido influenciar em animais de maior consumo de matéria seca. A importância em controlar o aumento na IMS ao selecionar P365 se justifica pelo fato de que a correlação genética entre IMS e CAR positiva e desfavorável desde que animais de CAR positivo, ou seja, aqueles que consomem mais do que o esperado. As tendências genéticas foram significativas (p<0,001), para todas as características exceto AOL e EG. Entre as características apenas P365 e EGP8 tiveram progresso genético favorável aos objetivos de seleção, sendo que observou-se mudanças genéticas desfavoráveis para CAR e IMS significativas (p<0,001). Isto pode indicar que a seleção para P365 favoreceu indiretamente animais de maior mantença e que ingerem mais matéria seca e que por sua vez favorecem animais menos eficientes para CAR. Desde que CAR possa ser mensurado, sugere-se a inclusão desta característica no índice econômico da raça, uma vez que traz benefícios do ponto de vista ambiental e financeiro.
  • ItemDissertação de mestrado
    Corridas de homozigose em tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus): impacto dos critérios de detecção
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2022-08-24) Ferreira, Isabella Almeida; Carvalheiro, Roberto [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    Os objetivos com o presente trabalho foram: (i) avaliar o impacto de diferentes critérios na detecção de corridas de homozigose (ROH) e estimativas de endogamia genômica (FROH) em painéis de média densidade (50K) de tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus); (ii) apresentar o conjunto de valores dos critérios que fornecem estimativas de FROH mais plausíveis; (iii) discutir os níveis de FROH no cenário que apresenta os valores mais adequados para os critérios que determinam um segmento como ROH; e (iv) estimar a endogamia a partir de informações do pedigree (FPED) e comparar com FROH. Foram utilizados genótipos de 2.848 indivíduos de duas populações distintas (POP_A= 1.376 e POP_B= 1.472) usando um painel comercial de 50K SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). Como controle de qualidade, foram removidos marcadores com base no equilíbrio de Hardy-Weinberg (p-value<10⁻¹⁵) e taxa de genotipagem (call rate) menor que 0,95, totalizando 36.080 SNPs para as análises. A análise de ROH foi realizada com uso do pacote detectRUNS implementado no software R e o FROH foi calculado de acordo com a proporção autozigótica do genoma. Os parâmetros que tiveram seus critérios avaliados foram: tamanho de janela e número mínimo de SNPs (10, 15, 20 e 50 SNPs); número máximo de genótipos ausentes permitidos (1, 2, 3 e 5); número máximo de genótipos heterozigotos permitidos (0, 1, 2, 3 e 5); espaçamento máximo entre SNPs (GAP) (50, 125, 370, 500 e 1000 Kb); comprimento mínimo de ROH (350, 500 e 1000 Kb); e densidade mínima de SNP (1/25, 1/50, 1/75 e 1/100 SNP/Kb). A estimação da endogamia do pedigree foi realizada considerando 130.049 animais e o uso do programa BLUPF90. Os resultados dos diferentes cenários foram comparados utilizando estatísticas descritivas do número de segmentos de ROH e os valores estimados de FROH. Os resultados indicaram que, com exceção do critério número máximo de genótipos ausentes, todos os critérios tenderam a afetar tanto o número de ROH quanto as estimativas de FROH. O cenário controle foi o que apresentou estimativas de FROH mais plausíveis, na qual os resultados foram moderados (0,08233 para POP_A e 0,09107 para POP_B) e estão próximos do limite máximo aceitável para tilápias. As estimativas de FPED para a POP_A e POP_B foram iguais a 2,01% e 2,18% (respectivamente) e sugeriram que este coeficiente tende a subestimar a endogamia quando comparado ao FROH do cenário controle. Os resultados aqui apresentados indicam que os critérios utilizados para detectar as corridas de homozigose tem grande impacto nas análises, e consequentemente, nas estimativas de FROH devido a super ou subestimação dos segmentos em homozigose.
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    Estudos Genéticos e de interpretação de imagem de características morfométricas em peixes tambaqui (Colossoma macropomum)
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2022-03-10) Ataides, Kétuly da Silva; Carvalheiro, Roberto [UNESP]; Luciana, Shiotsuki; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    Para suprir a carência por programas de melhoramento genético para peixes nativos, faz-se necessário, entre outros, estudos que evidenciam as possibilidades de seleção das diferentes características morfométricas de interesse comercial e que auxiliem na elaboração de ferramentas que permitam uma melhor exploração de tais características. Com isso, no presente trabalho, objetivou-se: estudar a herdabilidade (h²) e o efeito de ambiente comum (c²) de características morfométricas de tambaqui; avaliar os morfotipos presentes na população; comparar as metodologias de morfometria geométrica (MG) e segmentação manual (SM) para obtenção de medidas corporais do tambaqui; identificar os critérios que devem ser seguidos para melhor obtenção das imagens a serem trabalhadas em tais metodologias e avaliar as imagens segmentadas, visando a composição de um banco de imagens para estudos morfométricos futuros e automatizados. Para o primeiro objetivo, foram considerados registros fotográficos e dados de criação e peso dos animais que compõem o banco de dados da população base do programa de melhoramento genético da Embrapa Pesca e Aquicultura. O banco completo continha 19 famílias de irmãos completos, sendo 3.964 animais na identificação e com média de cinco meses de idade, 3.569 animais na biometria 1, com média de seis meses de idade e 3.273 animais com média de doze meses de idade (biometria 2). Para os demais objetivos, apenas os dados referentes à biometria 2 foram considerados. Para estimar os componentes de variância, h² e c² foram realizadas análises uni-características, por Máxima Verossimilhança Restrita, utilizando o modelo animal. O teste de adequacidade dos modelos foi seguindo os critérios de Akaike – AIC e as estimações de interesse foram obtidas com a utilização do software AIREMLF90. A identificação dos morfotipos da população na biometria 2, ocorreu através da análise de componentes principais. Para aplicação da MG foram utilizados softwares para fixação de landmarks, e por fim, o Excel. Já para a SM, além do uso de softwares que permitiram a segmentação foi necessário a elaboração de um algoritmo em Python. Para ambas as metodologias, foram considerados 400 animais com média de 12 meses de idade. Na biometria 1, ao considerar o c², as estimativas de h² tenderam à zero e em modelos sem o c² as h² estimadas ficaram próximas à 1, evidenciando confundimento entre o efeito de ambiente comum e genético aditivo. Na biometria 2, as estimativas de h² apresentaram baixa a moderada magnitude. Foram identificados diferentes morfotipos, sendo que o único componente principal significativo (critério de KAISER) contrastava animais grandes e pesados de animais pequenos e leves. Avaliando-se as metodologias para obtenção de medidas, tem-se que ambas retornam resultados condizentes com a literatura, sendo que a SM é mais precisa devido a todos os pixels estarem associados à uma classe. A SM também é a metodologia que apresenta maiores possibilidades de automatização nos estudos morfométricos. A MG se destaca ao permitir estudo de medidas que não possuem bordas visíveis à olho nu e facilidade de obtenção. Para obter as medidas, recomenda-se, controle de luminosidade, presença de objeto de medida conhecida, background de cor contrastante com o peixe e padronização da posição e localização do mesmo na iv foto. Tais resultados indicam que somente aos 12 meses não houve grande impacto do c² e recomenda-se, em programas de melhoramento genético, a adoção de medidas que visam a redução desse efeito. Em relação ao morfotipo, nenhum dos identificados foram significativos. Os resultados obtidos com as imagens segmentadas manualmente indicam que essas podem vir a compor um banco de imagens para testes futuros de automatização e com potencial de atender a objetivos que extrapolam as medições corporais.Para suprir a carência por programas de melhoramento genético para peixes nativos, faz-se necessário, entre outros, estudos que evidenciam as possibilidades de seleção das diferentes características morfométricas de interesse comercial e que auxiliem na elaboração de ferramentas que permitam uma melhor exploração de tais características. Com isso, no presente trabalho, objetivou-se: estudar a herdabilidade (h²) e o efeito de ambiente comum (c²) de características morfométricas de tambaqui; avaliar os morfotipos presentes na população; comparar as metodologias de morfometria geométrica (MG) e segmentação manual (SM) para obtenção de medidas corporais do tambaqui; identificar os critérios que devem ser seguidos para melhor obtenção das imagens a serem trabalhadas em tais metodologias e avaliar as imagens segmentadas, visando a composição de um banco de imagens para estudos morfométricos futuros e automatizados. Para o primeiro objetivo, foram considerados registros fotográficos e dados de criação e peso dos animais que compõem o banco de dados da população base do programa de melhoramento genético da Embrapa Pesca e Aquicultura. O banco completo continha 19 famílias de irmãos completos, sendo 3.964 animais na identificação e com média de cinco meses de idade, 3.569 animais na biometria 1, com média de seis meses de idade e 3.273 animais com média de doze meses de idade (biometria 2). Para os demais objetivos, apenas os dados referentes à biometria 2 foram considerados. Para estimar os componentes de variância, h² e c² foram realizadas análises uni-características, por Máxima Verossimilhança Restrita, utilizando o modelo animal. O teste de adequacidade dos modelos foi seguindo os critérios de Akaike – AIC e as estimações de interesse foram obtidas com a utilização do software AIREMLF90. A identificação dos morfotipos da população na biometria 2, ocorreu através da análise de componentes principais. Para aplicação da MG foram utilizados softwares para fixação de landmarks, e por fim, o Excel. Já para a SM, além do uso de softwares que permitiram a segmentação foi necessário a elaboração de um algoritmo em Python. Para ambas as metodologias, foram considerados 400 animais com média de 12 meses de idade. Na biometria 1, ao considerar o c², as estimativas de h² tenderam à zero e em modelos sem o c² as h² estimadas ficaram próximas à 1, evidenciando confundimento entre o efeito de ambiente comum e genético aditivo. Na biometria 2, as estimativas de h² apresentaram baixa a moderada magnitude. Foram identificados diferentes morfotipos, sendo que o único componente principal significativo (critério de KAISER) contrastava animais grandes e pesados de animais pequenos e leves. Avaliando-se as metodologias para obtenção de medidas, tem-se que ambas retornam resultados condizentes com a literatura, sendo que a SM é mais precisa devido a todos os pixels estarem associados à uma classe. A SM também é a metodologia que apresenta maiores possibilidades de automatização nos estudos morfométricos. A MG se destaca ao permitir estudo de medidas que não possuem bordas visíveis à olho nu e facilidade de obtenção. Para obter as medidas, recomenda-se, controle de luminosidade, presença de objeto de medida conhecida, background de cor contrastante com o peixe e padronização da posição e localização do mesmo na iv foto. Tais resultados indicam que somente aos 12 meses não houve grande impacto do c² e recomenda-se, em programas de melhoramento genético, a adoção de medidas que visam a redução desse efeito. Em relação ao morfotipo, nenhum dos identificados foram significativos. Os resultados obtidos com as imagens segmentadas manualmente indicam que essas podem vir a compor um banco de imagens para testes futuros de automatização e com potencial de atender a objetivos que extrapolam as medições corporais.
  • ItemDissertação de mestrado
    Avaliação de características de eficiência alimentar e crescimento em ovinos dorper
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2022-07-01) Lopes, José Eduardo da Silva; Silva, Josineudson Augusto II de Vasconcelos; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    RESUMO - O custo da produção animal ainda é elevado, particularmente relacionado a alimentação dos animais, sendo imprescindível a melhora da eficiência na utilização do alimento. Nesse contexto, objetivou-se avaliar o potencial de utilização do alimento em ovinos Dorper, classificados em relação ao consumo alimentar residual (CAR) e consumo e ganho residual (CGR), correlacionando-a com características de interesse zootécnico. Foram utilizados 24 ovinos (12 machos e 12 fêmeas), com idade e peso inicial médio de 144±12,5 dias e 32,79±5,54 kg, alojados em baias individuais e submetidos ao teste de eficiência alimentar com duração total de 70 dias (14 dias de adaptação e 56 dias de teste efetivo). Os animais foram alimentados de forma ad libitum duas vezes ao dia, na forma de dieta total, constituída de 35% volumoso e 65% concentrado, mantendo a sobra de alimento fornecido diariamente em 10%. Ao final do teste os animais foram classificados em eficientes (n = 7), intermediário (n = 10) e menos eficientes (n = 7) ao CAR e eficientes (n= 8), intermediários (n = 9) e menos eficientes (n = 7) para CGR. Comparações de médias entre as classes definidas de CAR e CGR foram realizadas pelo teste Tukey-Kramer, para as características de eficiência alimentar, desempenho, morfométricas e carcaça. O coeficiente de correlação de Pearson (ajustada ao sexo) foi estimado entre o CAR e CGR e todas as características estudadas. Significância menor que 0,05 foi considerada nas análises estatísticas. A diferença média na ingestão de matéria seca (IMS) entre as classes eficientes e menos eficientes ao CAR foi de 0,210 kg MS/dia (1,22 vs. 1,43 kg MS/dia), observando diferença de 17,2% no consumo diário entre as classes (p<0,05). Entre as classes de CGR não foram observadas diferenças no consumo (p>0,05). As características de carcaça avaliadas por ultrassonografia foram semelhantes entre as classes de CAR e CGR (p>0,05), demonstrando que o acabamento da carcaça não é alterado devido a eficiência alimentar. O CAR exibiu correlação positiva com a IMS (0,49, p<0,05) e IMS expressa em peso corporal e peso metabólico (0,69 e 0,83, respectivamente) e correlação negativa com ganho médio diário residual (GMDR), GGR e índice corporal (IC) (-0,47, -0,86 e -0,42, respectivamente). O CGR exibiu correlação positiva com eficiência alimentar bruta (EAB) e GMDR (0,55, 0,86, respectivamente) e negativa com IMS expressa em peso metabólico, conversão alimentar (CA) e CAR (-0,47, -0,55 e -0,86, respectivamente). Ovinos eficientes da raça Dorper ao CAR apresentam significativa redução na ingestão de matéria seca. Os animais eficientes tanto ao CAR quanto ao CGR apresentaram desempenho satisfatórios em ganho de peso e sem alterações na estrutura física e nas características de carcaça avaliadas por ultrassonografia.
  • ItemDissertação de mestrado
    Estimativas de parâmetros genéticos para características de crescimento, de carcaça e da carne em bovinos cruzados terminados em confinamento
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-02-12) Gatti, Maurício [UNESP]; Alencar, Maurício Mello de [UNESP]; Munari, Danísio Prado [UNESP]; Tholon, Patricia; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A qualidade da carcaça e da carne de bovinos é cada vez mais importante para o setor produtivo, portanto estudos com características de crescimento, de carcaça e da carne de animais cruzados são fundamentais, pois o cruzamento permite explorar diferenças genéticas entre raças para atender os aspectos de qualidade do produto. Este trabalho teve como objetivo avaliar a viabilidade de utilização de raças exóticas em cruzamento com a raça Nelore, por meio de estimativas de efeitos aditivos diretos e heteróticos individuais e a viabilidade de seleção em população composta de animais cruzados, por meio de estimativas de parâmetros genéticos para as características peso ao final (PFIN; peso de abate) de confinamento, ganho de peso diário no confinamento (GPD), tempo de confinamento (TCON), consumo diário de matéria seca (CMS), peso de carcaça fria (PCF), rendimento de carcaça fria (RCF = PCF/PFIN), espessura de gordura subcutânea (EGAOL), área de olho de lombo (AOL) e as características da carne força de cisalhamento (FC), capacidade de retenção de água (CRA), pH e perda por cocção (PPC). Foram utilizados dados de animais Nelore e cruzados de Nelore com raças taurinas adaptadas (Bonsmara e Senepol), britânicas (Angus e Hereford) e continentais (Charolesa, Limousin, Pardo Suíço tipo carne e Simental) e as raças sintéticas Brangus (5/8 Angus + 3/8 Zebu) e Canchim (5/8 Charolês + 3/8 Zebu). Os grupos genéticos foram classificados de acordo com sua composição de taurino adaptado (Ta), taurino britânico (Tb), taurino continental (Tc) e zebuíno (Zb). Foram estimados os efeitos aditivos diretos e heteróticos individuais dos vários grupos de raças envolvidos e obtidas estimativas de herdabilidade e de correlação genética para as características. Os efeitos aditivos diretos de raças taurinas adaptadas, britânicas e continentais, em relação ao Nelore, bem como seus efeitos heteróticos individuais em combinação com a raça Nelore e entre si, sugerem a utilização dessas raças no sistema de produção em cruzamento com a raça Nelore. As estimativas de herdabilidade foram iguais a 0,53 ± 0,06; 0,39 ± 0,07; 0,57 ± 0,06; 0,31 ± 0,08; 0,57 ± 0,06; 0,51 ± 0,06; 0,37 ± 0,06; 0,59 ± 0,07; 0,09 ± 0,05; 0,43 ± 0,07; 0,29 ± 0,06 e 0,19 ± 0,07, para PFIN, TCON, GPD, CMS, PCF, RCF, EGAOL, AOL, FC, CRAC, pH e PPC, respectivamente, indicando a possibilidade de obtenção de progresso genético pela seleção para todas essas características, exceto FC. As correlações genéticas variaram de média a alta para PFIN com GPD (0,46), PCF (0,95) e FC (-0,60), GPD com PCF (0,59), RCF (0,57), AOL (0,34) e FC (-0,37), PCF com RCF (0,33), AOL (0,82) e FC (-0,80), RCF com AOL (0,52) e FC (-0,56), EGAOL com FC (-0,52) e AOL com FC (-0,38), indicando a possibilidade de resposta à seleção correlacionada para essas características.
  • ItemDissertação de mestrado
    Genomic study for female sexual precocity, carcass, and meat quality traits in Nellore cattle
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2022-02-24) Arikawa, Leonardo Machestropa; Albuquerque, Lucia Galvão de [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    O Brasil é o maior exportador de carne bovina do mundo e o país com o maior rebanho bovino comercial. O Nelore é a principal raça de gado de corte do país; entretanto, os animais desta raça tendem a produzir carcaças e carne de qualidade inferior às raças Bos taurus. Além disso, as características de carcaça obtidas no post-mortem e a qualidade da carne são atributos de expressão tardia e de difícil mensuração e, consequentemente, são difíceis de selecionar pelos métodos convencionais. Em termos reprodutivos, os zebuínos atingem a puberdade tardiamente e essas características, principalmente as observadas nas fêmeas, são altamente influenciadas por fatores ambientais. Assim, o uso de abordagens genômicas torna-se uma alternativa para contornar esses desafios. Nesse contexto, os objetivos deste estudo foram: i) estimar parâmetros genéticos para características de precocidade sexual de fêmeas, carcaça e qualidade da carne, utilizando informação genômica; ii) conduzir um estudo de associação genômica ampla (GWAS) para características de carcaça e qualidade da carne em bovinos Nelore. A base de dados utilizada é composta por informações de características de carcaça obtidas no post-mortem (AOL: área de olho de lombo, EGS: espessura de gordura subcutânea e PCQ: peso da carcaça quente); qualidade da carne (MAC: maciez, MARM: marmoreio e LIP: teor de lipídios); e precocidade sexual (IPP: idade ao primeiro parto e PE: perímetro escrotal). No Capítulo 2, o conjunto de dados utilizado para estimação de parâmetros genéticos foi de 602.122 registros para características de precocidade sexual e 6.910 para características de carcaça/carne, e registros genotípicos de 15.000 animais Nelore genotipados ou imputados com o Illumina Bovine HD Beadchip. Os componentes de (co)variância e os parâmetros genéticos foram obtidos considerando a abordagem single-step (ssGBLUP) por dois métodos: 1) para características de carcaça e qualidade de carne, um modelo multi-característica e inferência bayesiana foram aplicados usando o software GIBBS2F90, e o peso ao sobreano (PS) foi incluído na análise como característica âncora; 2) modelos bi-característica e inferência frequentista foram adotados utilizando o software AIREMLF90 para estimar as correlações genéticas entre as características de precocidade sexual com as de carcaça e qualidade da carne. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,13 a 0,34 para as características de carcaça e qualidade de carne, e foram de 0,06 e 0,45 para IPP e PE, respectivamente. Correlações genéticas favoráveis foram estimadas entre PS–PCQ (0,79±0,03), PS–AOL (0,28±0,05), PCQ-AOL (0,44±0,05), MARM–LIP (0,90±0,07), MAC–LIP (-0,20±0,11), EGS–MARM (0,29±0,08), EGS–LIP (0,22±0,09), PCQ–MAC (-0,22±0,09) e EGS–IPP (-0,26±0,11). No Capítulo 3, um total de 6.910 animais Nelore fenotipados e 25.000 genotipados foram utilizados para o estudo de GWAS. Os efeitos dos SNP foram estimados com base na abordagem weighted single-step GBLUP (WssGBLUP). As 10 principais regiões genômicas explicaram 8,79%, 12,06% e 9,01% da variância genética aditiva e abrigaram um total de 134, 158 e 93 genes candidatos posicionais para AOL, EGS e PCQ, respectivamente. Para as características de qualidade da carne, as janelas de maior efeito foram responsáveis por 14,72%, 14,79% e 14,13% da variância aditiva, e 137, 163 e 89 genes candidatos foram encontrados para MAC, MARM e LIP, respectivamente. Entre os genes candidatos encontrados, estão PPARGC1A, AQP3, AQP7, MYLK2, PLAGL2, PLAG1, XKR4, MYOD1, KCNJ11, WWOX, CARTPT, RAC1, PSAP, PLA2G16 e PLCB3, genes que foram anteriormente associados a diversas características produtivas, como de crescimento, carcaça, qualidade da carne, ingestão alimentar e reprodutivas em Nelore e outras raças de bovinos.
  • ItemDissertação de mestrado
    Estudo de Associação Genômica Ampla dos Níveis de Infestação por Rhipicephalus microplus e Infecção por Babesia bigemina e Babesia bovis em Bovinos da Raça Angus.
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-12-20) David, Gabriela; Oliveira, Henrique Nunes de [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    O Brasil está entre os principais produtores de carne. Animais taurinos são utilizados puros ou em cruzamentos em busca de maior produtividade e qualidade da carne e da carcaça. Entretanto, animais taurinos são mais suscetíveis à infestação por carrapatos. O Rhipicephalus microplus transmite os agentes patogênicos Anaplasma marginale, Babesia bigemina e Babesia bovis, que constituem a Tristeza Parasitária Bovina (TPB). Animais taurinos também são mais vulneráveis às infecções. Assim, além dos prejuízos causados, carrapato e babesiose bovina representam um entrave na intensificação da bovinocultura de corte. O presente estudo avaliou as características de níveis de infestação por R. microplus (Icar), por meio da contagem de carrapatos, infecção por B. bigemina (Ibig) e infecção B. bovis (Ibov), determinados por meio da técnica de Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (qPCR). Essas características são economicamente importantes e complexas e há dificuldade em selecionar animais resistentes pelo método BLUP tradicional. Foram estimados parâmetros genéticos e foi conduzido um estudo de associação genômica ampla (GWAS) para proporcionar maior entendimento da base genética dessas características, com o objetivo de auxiliar a seleção de animais resistentes. Foram realizadas análises para Icar (624 animais, n= 1246), Ibig (786 animais, n=1312) e Ibov (677 animais, n=980) utilizando 770 fêmeas genotipadas com painel de aproximadamente 150.000 marcadores do tipo SNP. Os componentes de variância foram obtidos por inferência bayesiana em um modelo tri-característica. A estimativa de herdabilidade para Icar foi de baixa magnitude (0,17), sugerindo que a seleção pelo fenótipo de contagem dos carrapatos trará respostas a longo prazo. Para Ibig e Ibov as estimativas foram próximas de zero, indicando maior influência ambiental. As repetibilidades de Icar (0,24), Ibig (0,12) e Ibov (0,12) também foram de baixa magnitude, evidenciando que as variações nos níveis de infestação e infecção podem ser atribuídas principalmente a fatores ambientais. As estimativas de correlações genética e fenotípica entre o Icar e níveis de infecção sugerem que não há relação entre níveis de infestação e infecção e a seleção para uma característica não afetaria significativamente a seleção para a outra, visto que, todas foram próximas de zero. A correlação genética entre Ibig e Ibov foi alta e negativa (-0,69). A correlação fenotípica também foi negativa (-0,10) e embora tenha apresentado valor de baixa magnitude, fortaleceu a associação inversa entre as características. Para o estudo de GWAS, foi empregado o método WssGBLUP, utilizando análises univariadas e realizando três iterações, as variâncias das soluções dos SNPs foram usadas como ponderadores. As 15 janelas com maior variação explicaram 30,84%, 54,30% e 47,63% da variância genética de Icar, Ibig e Ibov, respectivamente. Após análise funcional, diversos genes candidatos foram identificados nas 15 janelas de cada característica, contribuindo para a detecção de regiões promissoras para futuros estudos visando identificar genes diretamente envolvidos na resistência dos animais.
  • ItemDissertação de mestrado
    Seleção genômica para contagem de células somáticas e características relacionadas a produção de leite em bubalinos
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-10-23) Sandoval, Amanda Fernandes; Tonhati, Humberto [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A lucratividade da atividade bubalina é altamente dependente da produção de leite, da qualidade microbiológica e de seu potencial para produzir derivados. Portanto este estudo teve como objetivo estimar componentes de variância para produção de leite (PL), produção de mozzarella (PM) e score de células somáticas (SCS) incorporando a informação genômica de búfalos Murrah usando modelos de regressão aleatória; e estimar o ganho e a tendência genética para as características estudadas. Foram utilizados registros de controles leiteiros de 4.588 búfalas de primeira lactação da raça Murrah, oriundos do banco de dados de bubalinos leiteiros mantido pelo Departamento de Zootecnia, FCAV/UNESP, Campus de Jaboticabal-SP. Além disso, 978 animais genotipados usando o 90K Axiom Buffalo Genotyping (Thermo Fisher Scientific, Santa Clara, CA) foram utilizados. As estimativas médias diárias de herdabilidade foram 0,25 ± 0,02 para PL, 0,31 ± 0,03 para a PM e 0,16 ± 0,03 para SCS. As estimativas de correlação genética entre SCS e PL variaram de 0,03 (DIM 186-215) à 0,41 (DIM 66-95), a correlação genética entre SCS e PM variou entre -0,07 (DIM 156-185) à 0,35 (DIM 66-95). As estimativas de ganho genético obtidos para PL, PM e SCS foram 3,90 kg/ano , 0,60 kg/ano e 10,60 score/ano, respectivamente. As tendências genéticas para PL, SCS e PM, foram iguais a 9,71 kg/ano 1,56 score/ano e 0,68/ano respectivamente. Tais dados contribuem para um melhor entendimento sobre a genética das características estudadas e reforçam a importância de uma boa coleta de dados nas fazendas para incrementar as informações contidas nos bancos de dados como o utilizado no presente trabalho.
  • ItemDissertação de mestrado
    Análise multivariada de características de eficiência alimentar, crescimento e carcaça em touros nelore em teste de desempenho
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-11-22) Lopes, Matheus Rodrigues; Silva, Josineudson Augusto II de Vasconcelos; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    O objetivo do trabalho foi aplicar análises multivariadas em características de eficiência alimentar, crescimento e carcaça de touros Nelore em teste de desempenho, com intuito de compreender a associação das características e como incluí-las em programas de melhoramento animal. Foram utilizadas informações de 1294 touros Nelore oriundos de fazendas participantes do Programa de Melhoramento Nelore Qualitas e submetidos ao teste de eficiência alimentar entre os anos de 2010 a 2020, selecionados em cada safra com base no índice de seleção. As características avaliadas foram separadas em três grupos: características morfométricas, que consistia em altura de garupa (AG), altura de cernelha (AC), comprimento corporal (COMP), perímetro torácico (PT) e circunferência escrotal (CE); características de carcaça, que considerou área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea no lombo (EGS), espessura de gordura subcutânea na garupa (EGS8) e marmoreio (MARM); características de crescimento, com o peso vivo final (PESOF), peso vivo metabólico (PMET), consumo (CONS), conversão (CONV), consumo alimentar residual (CAR) e ganho médio diário residual (GMDR). A estrutura de associação das características foi verificada utilizando o método Análise de Componentes Principais (ACP) para extrair novas variáveis por meio do software estatístico SAS®. Na correlação entre as características morfométricas AG e AC se mostraram fortemente associadas. O Componente Principal 1 (CP1) das características de carcaça reteve 50,28% da variância total e mostrou associação entre AOL, EGS e EGS8, o CP2 mostrou contraste da característica MARM em relação a EGS, EGS8 e AOL. No CP1 das características de crescimento PESOF, PMET e CONS mostraram altos valores de ponderação o que indicou relação entre estas características e o CP1. Através da matriz de correlação das características de crescimento três CPs explicaram 89,34% da variância total. Valores próximo a zero entre CAR e GMDR com PESOF, PMET, AOL, EGS, EGS8 e PT foram estimados. As características de eficiência alimentar devem ser priorizadas pois não apresentaram correlação com as demais e são importantes na produção animal. Os resultados obtidos com análise de componentes principais, a viabilidade da aplicação e diminuição das variáveis em análise, mostraram a possibilidade de incorporação das características para critério de seleção.
  • ItemDissertação de mestrado
    Prospecção de regiões informativas do genoma mitocondrial de Cervidae
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-10-22) Ricoldi, Marina Cabral [UNESP]; Duarte, José Maurício Barbanti; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A tribo Odocoileini é o grupo mais heterogêneo, com maiores problemas e controvérsias taxonômicas dos cervídeos. Ela é dividida em duas subtribos bem suportadas: Odocoileina e Blastocerina. Todos os cervídeos da região Neotropical são da tribo Odocoileini e suas espécies representantes destacam-se pela ampla variedade morfológica e de habitats. Dentre as espécies tem Mazama gouazoubira (veado-catingueiro) a qual possui uma grande amplitude em sua distribuição geográfica e na diversidade de habitats que ocupa. No Brasil pode ocupar quase todos os biomas, exceto a Amazônia. O veado-catingueiro apresenta ainda variações regionais, ecológicas e individuais de coloração, além de uma alta diversidade haplotípica. Por essa razão análises genéticas são importantes, já que, fornecem informações valiosas para taxonomia e para determinação da existência de estruturação populacional e, consequentemente, unidades evolutivamente significativas distintas. Para tanto, primers foram confeccionados a partir das sequências existentes (Genbank) e das produzidas no presente projeto em uma análise in silico das sequências das regiões Citocromo B, ND5, ND2 e D-loop (região controle) do DNA mitocondrial, visto que já se conhece o mitogenoma da espécie. As sequências foram alinhadas com as várias existentes para a mesma espécie e de espécies distintas, buscando-se áreas polimórficas flanqueadas por regiões conservadas. Prospectamos primers que permitam amplificação de pequenos fragmentos (150-250pb) informativos das diferentes regiões. Os primers foram utilizados para amplificação do mtDNA em amostras de fezes de veado-catingueiro, sendo testada a eficiência de amplificação para os diferentes marcadores. Também foram realizadas duas análises Máxima Verossimilhança e a Inferência Bayesiana para confirmação dos sinais filogenéticos e uma rede de haplotipos para analises intrapopulacionais das matrizes dos fragmentos separados e concatenadas. Nossos resultados mostraram que os marcadores testados possuem sinal filogenético relevante para estudos filogenéticos preliminares, identificação de gêneros e populações, principalmente quando a amostra contém pouco DNA de qualidade. Os fragmentos das regiões podem apresentar resultados de diversidade genética similares ao da região completa, a diversidade depende do local da região onde fragmento se encontra. Os amplicons menores tem maior facilidade de amplificação no material fecal e que sua concatenação pode gerar um marcador de importância para análises filogenéticas em cervídeos.
  • ItemDissertação de mestrado
    Expressão gênica de TLR2, TLR4 e WC1 associada aos níveis de infecção em bovinos naturalmente infectados pelos agentes da tristeza parasitária
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-08-05) Gomes, Hayala Caroline Silva Ferreira; Oliveira, Henrique Nunes de [UNESP]; Oliveira, Marcia Cristina de Sena; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A babesiose bovina é uma doença infecciosa causada pelos protozoários Babesia bovis e Babesia bigemina, parasitas intraeritrocitários que induzem à anemia hemolítica intravascular. A anaplasmose, por sua vez, é causada pela rickettsia Anaplasma marginale, e envolve, principalmente, a manifestação de anemia seguida de hemólise massiva. A ocorrência dessas infecções segue a dispersão do carrapato Rhipicephalus microplus e, quando em ação concomitante, forma o complexo de doenças intitulado Tristeza Parasitária Bovina (TPB), reconhecido por acarretar perdas econômicas na pecuária devido, por exemplo, à redução na produção de leite e carne, e à infertilidade temporária. Neste cenário, estudos de expressão gênica focados na avaliação da resposta imune se mostram uma alternativa na determinação de bases genéticas voltadas para a seleção de bovinos resistentes a essas enfermidades e, por consequência, implicam na melhoria do fenótipo quanto à qualidade e à produtividade do rebanho. Neste trabalho objetivou-se avaliar as flutuações de expressão gênica de receptores toll-like 2 e 4, receptores de células T γδ WC1 e nível de infecção pelos hemoparasitas em amostras de sangue de 46 bezerros da raça Canchim, desde o nascimento até os quatro meses e meio de idade, totalizando dez colheitas, por meio da Reação em Cadeia da Polimerase Quantitativa (qRT-PCR). Os dados obtidos mostraram variações na expressão gênica ao longo do tempo e associações entre estas variações e os níveis de infecção pelos agentes da tristeza parasitária bovina apresentaram efeitos de colheita e de classe de precedência significativos. Este estudo apresenta flutuação dos níveis de expressão desses genes frente às infecções estudadas e sugere que, apesar das oscilações de expressão ao longo do estudo, há participação desses receptores durante o desenvolvimento da imunidade contra as infecções pelos hemoparasitas. Conclui-se que este trabalho pode ser o ponto de partida para os estudos dos genes TLR2, TLR4 e WC1 como marcadores genéticos de resistência/suscetibilidade em bovinos infectados com os agentes da tristeza parasitária.
  • ItemDissertação de mestrado
    Caracterização morfológica, citogenética e molecular de Mazama rondoni Miranda-Ribeiro, 1914
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-09-01) Vacari, Gabrielle Queiroz [UNESP]; Duarte, José Mauricio Barbanti [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A espécie Mazama rondoni Miranda-Ribeiro, 1914 tem sido posicionada dentro da sinonímia de Mazama nemorivaga (Cuvier, 1817), pertencendo ao grupo de veados cinzas que ocupa a região Amazônica. A classificação taxonômica de M. nemorivaga apresenta inconsistências que sugerem a presença de mais de uma espécie dentro do táxon. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo contribuir com a taxonomia do gênero Mazama, mediante a indicação de um topotipo de M. rondoni, e sua caracterização morfológica, citogenética e molecular, permitindo assim sua comparação com outros espécimes, a fim de conhecer diferenças entre eles e revisar a taxonomia do grupo. Para tanto, amostras de osso e pele foram obtidas no Museu Nacional do Rio de Janeiro do holótipo e parátipo de M. rondoni para extração e amplificação de DNA mitocondrial. Um exemplar também foi coletado na localidade tipo de M. rondoni (Vilhena-RO, Brasil) com o auxílio de caçadores locais. O topótipo foi caracterizado por técnicas de morfologia tradicional (medidas crânio-mandibulares, medidas biométricas, coloração da pele), assim como análises citogenéticas (Banda G, Banda C, coloração convencional de Giemsa, coloração Ag-NOR e FISH) e moleculares (análises filogenéticas de genes mitocondriais). Os resultados morfológicos posicionam o topótipo junto com os pequenos Mazama. O animal possui os cromossomos semelhantes ao topótipo de M.nemorivaga, porém com sistema sexual múltiplo. Por fim, os resultados da caracterização molecular, mostraram o agrupamento do topótipo de M. rondoni com exemplares da região do Amazônia ocidental (Rondônia), ajudando em um correto posicionamento do táxon para possível validação da espécie Mazama rondoni.
  • ItemDissertação de mestrado
    Estimativas de parâmetros genéticos e fenotípicos para características associadas ao comportamento ingestivo e eficiência alimentar em bovinos Nelore
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-10-25) Schuchmann, Rafaela Kava; Rey, Fernando Sebástian Baldi [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    Objetivou-se com o presente estudo estimar parâmetros genéticos e fenotípicos em bovinos da raça Nelore (Bos taurus indicus) entre características de eficiência alimentar (CAR: consumo alimentar residual e IMS: ingestão de matéria seca) e de comportamento ingestivo (FR: frequência de refeição; MDR: média da duração da refeição; MCR: média de consumo por refeição; DR: duração da refeição; CR: critério de refeição; e TXC: taxa de consumo). Além disso, objetivou-se entender se o comportamento ingestivo do animal influencia na eficiência alimentar e verificar se as medidas de comportamento podem ser preditivas para CAR e IMS. Foram utilizados registros fenotípicos de 4.840 animais, com uma idade média de 13,5±4,15 meses. Os animais foram testados para eficiência alimentar entre os anos de 2011 e 2018 em 39 fazendas localizadas em quatro regiões brasileiras. O banco de dados contendo as informações de pedigree de 58.374 animais foi disponibilizado pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP, Ribeirão Preto, Brasil). A estimação dos componentes de (co)variância foi realizada em análises multi- características através da metodologia da máxima verossimilhança restrita. Foram estimadas as herdabilidades e correlações genéticas e fenotípicas entre todas as características de eficiência alimentar e comportamento ingestivo. As estimativas de herdabilidade foram de 0,24±0,01 (CAR), 0,30±0,01 (IMS), 0,63±0,01 (FR), 0,47±0,01 (MDR), 0,24±0,02 (MCR), 0,75±0,01 (DR), 0,49±0,01 (CR) e 0,87±0,00 (TXC). A DR apresentou as maiores correlações genéticas e fenotípicas estimadas com CAR (0,60±0,02 e 0,67±0,01, respectivamente) e fenotípica com IMS (0,78±0,01). Entre as características de comportamento ingestivo, a maior correlação genética foi observada entre MDR e DR (0,87±0,01) e fenotípica entre MCR e MDR (0,88±0,01). As características que tiveram melhor eficiência relativa de seleção com CAR foram CR, FR, MCR e DR, sendo DR a característica de eleição devido a sua estimativa de herdabilidade alta e maior correlação genética com CAR. Para IMS, os resultados indicaram que a resposta à seleção direta para essa característica foi superior a seleção indireta através das características de comportamento ingestivo. Concluiu-se que o comportamento ingestivo tem alta influência na eficiência alimentar dos animais e, portanto, pode ser incluído em programas de melhoramento genético. Além disso, as características de comportamento ingestivo também podem ser utilizadas para predizer o CAR e IMS, diminuindo os custos com mensuração e facilitando a identificação de bovinos da raça Nelore superiores para eficiência alimentar.
  • ItemDissertação de mestrado
    Caracterização de homologias entre sondas de BACs de bovino (Bos taurus) e cromossomos de veado-catingueiro (Mazama gouazoubira): novas perspectivas em estudos intra e interespecíficos do gênero Mazama.
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-09-01) Bernegossi, Agda Maria [UNESP]; Duarte, José Mauricio Barbanti [UNESP]; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    A família Cervidae é reconhecida por uma acentuada diversidade cariotípica, reflexo de sua elevada taxa de evolução cromossômica. Os cervídeos neotropicais do gênero Mazama destacam-se por um expressivo polimorfismo cromossômico. Embora as espécies desse gênero demonstrem uma elevada variação nos valores de seus números diploides (2n), elas são morfologicamente semelhantes e estão intimamente relacionadas. Por consequência, o grupo é cercado de incertezas taxonômicas. A evolução cromossômica das espécies do gênero a partir do cariótipo hipotético ancestral, retido pelo veado-catingueiro (Mazama gouazoubira, 2n = 70), é pouco compreendida e carece de análise citogenética molecular. Dessa forma, o presente estudo caracterizou as homologias cromossômicas entre bovino (Bos taurus, 2n = 60) e M. gouazoubira usando uma combinação de clones cromossomos artificiais de bactéria (BAC) derivados do genoma bovino. Por hibridização in situ fluorescente, foi construído um mapa citogenético com 106 novos marcadores para os 34 pares de autossomos e para o cromossomo X do veado-catingueiro. As sondas de BACs de bovino mostraram-se satisfatórias para o estabelecimento de marcadores cromossômicos em cervídeos. Foi demonstrado que as diferenças evolutivas entre o cariótipo de B. taurus e os cromossomos do M. gouazoubira incluem 5 fissões e uma fusão em tandem em bovino. Cada grupo de sondas de BACs derivadas dos pares cromossômicos 1, 2, 5, 6, 8 e 9 apresentaram sinais de hibridização em dois cromossomos diferentes, enquanto os pares 28 e 26 estão fusionados em tandem em um único cromossomo acrocêntrico em M. gouazoubira. Para os demais cromossomos, as BACs derivadas do mesmo autossomo bovino apresentaram sinais em um único par cromossômico no veado-catingueiro. Além disso, as análises detectaram que os homólogos aos pares do autossomo 1 e do cromossomo X apresentaram rearranjos intracromossômicos no M. gouazoubira. Sendo assim, espera-se que os estudos futuros usando os marcadores produzidos resultem em um grande conhecimento taxonômico e reprodutivo para o gênero os cervídeos neotropicais.
  • ItemDissertação de mestrado
    Seleção genômica para precocidade sexual de machos da raça Nelore
    (Universidade Estadual Paulista (Unesp), 2021-08-10) Felipe, Ester Ferreira [UNESP]; Alencar, Mauricio Mello de [UNESP]; Espigolan, Rafael; Universidade Estadual Paulista (Unesp)
    O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicação de diferentes modelos e testar diferentes cenários de treinamento e validação para a predição de valores genômicos para Idade à Puberdade de Machos (IPM), em bovinos da raça Nelore. O conjunto de dados utilizado pertence às fazendas participantes do Programa Nelore Brasil, da Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP), sendo dados de 11.095 animais fenotipados para IPM e 37.146 animais genotipados com o painel CLARIFIDE® Nelore 3.0 contendo 27.821 marcadores do tipo single nucleotide polymorphisms (SNP). Os efeitos dos marcadores foram estimados a partir dos dados genômicos, considerando diferentes distribuições a priori para os efeitos e variâncias dos SNPs. Os modelos estudados foram: Bayes A, Bayes B, Bayes C, Bayesian LASSO, GBLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) e ssGBLUP (single-step Genomic Best Linear Unbiased Prediction). A habilidade de predição das diferentes metodologias foi comparada testando diferentes cenários de treinamento e validação e por meio das correlações entre os pseudo-fenótipos (EBV (valor genético estimado) e Y* (fenótipo ajustado para os efeitos fixos)) e o valor genômico direto predito (DGV). Este trabalho teve como objetivo avaliar a aplicação dos modelos Bayesianos, GBLUP e ssGBLUP e testar diferentes cenários de treinamento e validação. Não houve diferença na habilidade de predição e sobretudo no viés, entre os modelos bayesianos, e estes são mais vantajosos para realizar a seleção genômica para IPM quando comparados ao GBLUP, sendo menos viesados e possuindo maior habilidade de predição. Não houve diferença na habilidade de predição entre os modelos bayesianos e o ssGBLUP, entretanto os modelos Bayes A, Bayes B e Bayes C apresentaram DGVs menos viesados. A metodologia mais adequada para predizer os valores genômicos da IPM foi a validação cruzada.