Identificação de novos microRNAs em tecido testicular de bovinos Bos indicus

Abstract

Os consórcios de anotação genômica funcional fornecem um recurso valioso para pesquisadores no mundo todo. A subespécie Bos indicus tem importância econômica relevante devido sua adaptação a climas tropicais e seu genoma requer melhor anotação. Os microRNAs são pequenos RNAs endógenos que atuam na regulação da expressão gênica através da repressão pós-transcricional, ligando-se ao RNA mensageiro de seus genes alvo, levando-os à degradação. O presente trabalho investigou a ocorrência de novos microRNAs em tecido testicular de bovinos Bos indicus. Identificamos 85 novos possíveis miRNA em 27 cromossomos sendo 48,24% expressos na cauda do epidídimo, 21,18% no caput do epidídimo e 17,65% no parênquima testicular, dos quais 14 apresentaram similaridade com 19 miRNAs anotados em outras espécies. Os novos miRNAs ocorreram em 978 regiões de QTL, sendo que 12,68% destas regiões estão relacionadas com reprodução e fertilidade. A predição de ligação dos novos miRNAs com seus genes alvo identificou 10 hub miRNAs dos quais 8 tiveram vias enriquecidas para seus genes alvo. O presente estudo descreveu novos miRNAs em tecido testicular e acrescenta informações para o genoma de animais Bos indicus fornecendo caminhos para formulação de novas hipóteses e elucidação de processos biológicos, possivelmente relacionados com a fertilidade e reprodução.

Functional genomic annotation consortia provide a valuable resource for researchers worldwide. The Bos indicus subspecies has relevant economic importance due to its adaptation to tropical climates, and its genome requires better annotation. MicroRNAs are small endogenous RNAs that act in the regulation of gene expression by post-transcriptional repression, binding to the messenger RNA of their target genes and leading them to degradation. This study investigated the occurrence of new microRNAs in Bos indicus bovine testicular tissue. We identified 85 new possible miRNAs on 27 chromosomes, of which 48.24% were found in the epididymal tail, 21.18% in the epididymal caput, and 17.65% in the testicular parenchyma. Fourteen of these new miRNAs showed similarity with 19 miRNAs annotated in other species. The new miRNAs occurred in 978 QTL regions, of which 12.68% were related to reproduction and fertility. Prediction of the target genes for the new miRNAs identified 10 hub miRNAs. Out of these 8 hub miRNAs had enriched pathways for their target genes. This study described new miRNAs in testicular tissue and added information to the Bos indicus genome, providing paths for formulating new hypotheses and elucidating biological processes, potentially related to fertility and reproduction.