Publicação: Avaliação da performance de ferramentas de alinhamento de sequências curtas na análise da diversidade genética do complexo NKG2
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Data
Orientador
Castelli, Erick da Cruz 
Coorientador
Pós-graduação
Curso de graduação
Ciências Biomédicas - IBB
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Tipo
Trabalho de conclusão de curso
Direito de acesso
Acesso aberto
Resumo
Resumo (português)
As células Natural Killer (NK) são células com capacidade citolítica e fazem parte do
sistema imunológico inato. A atividade das células NK é regulada por uma série de receptores
de superfície, que incluem os receptores da família NKG2. Os receptores NKG2 possuem
ação inibitória ou ativadora, a depender de sua conformação e de seus ligantes. Os principais
ligantes dos receptores NKG2 são as moléculas do Sistema de Antígenos Leucocitários
Humano (HLA) expressas na maioria das células somáticas. Os genes que codificam os
receptores NKG2 são codificados em um cluster no cromossomo 12 e apresentam elevada
similaridade entre si. Esta similaridade de sequência, alinhada com a provável presença de
polimorfismos, pode prejudicar o alinhamento de sequências originadas em estudos de
sequenciamento de segunda geração, ou NGS. Neste estudo, avaliamos a capacidade dos
alinhadores tradicionais, como o BWA MEM, de alinhar corretamente sequências oriundas
dos genes NKG2, por meio de simulação de sequenciamentos do tipo paired-end e
rastreamento do local de alinhamento de cada read e do gene que deu origem a esta
sequência. Os resultados apontam problemas de alinhamento principalmente nos genes
KLRC2/NKG2C e KLCR3/NKG2E (alinhamento cruzado) e KLRC4/NKG2F (perda de reads).
Portanto, para uma correta genotipagem desses genes, será necessário utilizar uma
metodologia que considera todas as sequências conhecidas para cada gene (alinhamento
multi-referenciado), assim como a utilizada para os genes HLA.
Resumo (inglês)
Natural Killer (NK) cells are cells with cytolytic capabilities and are part of the innate immune system. The activity of NK cells is regulated by a series of surface receptors, which include receptors of the NKG2 family. NKG2 receptors have either inhibitory or activating action, depending on their conformation and their ligands. The main ligands of the NKG2 receptors are the Human Leukocyte Antigen (HLA) system molecules expressed on most somatic cells. The genes that encode NKG2 receptors are encoded in a cluster on chromosome 12 and show high sequence similarity to each other. This sequence similarity, aligned with the likely presence of polymorphisms, can impair the alignment of sequences originated in second-generation sequencing, or NGS, studies. In this study, we evaluate the ability of traditional aligners, such as BWA MEM, to correctly align sequences originated from NKG2 genes by simulating paired-end sequencing and tracking the alignment site of each read and the gene that originated this sequence. The results point to alignment problems mainly in genes KLRC2/NKG2C and KLCR3/NKG2E (cross-alignment) and KLRC4/NKG2F (loss of reads). Therefore, for a correct genotyping of these genes, it will be necessary to use a methodology that considers all known sequences for each gene (multi referenced alignment), as well as the one used for the HLA genes.
Descrição
Palavras-chave
NKG2, HLA, NGS, Alinhamento de sequências (bioinformática), Bioinformática
Idioma
Português
