Publication: Diversidade genética do gene MICA em populações mundiais
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Date
Advisor
Castelli, Erick da Cruz 
Castro, Camila Ferreira Bannwart
Coadvisor
Graduate program
Patologia - FMB
Undergraduate course
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Type
Master's thesis
Access right
Acesso restrito
Abstract
Abstract (portuguese)
O gene MICA codifica glicoproteínas expressas em situações de estresse celular, como no caso de infecções, câncer e estresse oxidativo. Quando MICA é expresso na membrana, a molécula interage com o receptor ativador NKG2D presente na superfície de células Natural Killer (NK), linfócitos Tαβ CD8 e linfócitos Tγδ, levando a morte das células-alvo. Porém, essa proteína pode ser liberada na forma solúvel, quando isso acontece, ela interage com o mesmo receptor ativador NKG2D, mas leva a regulação negativa das células NK. O gene MICA é altamente polimórfico, com mais 531 alelos descritos até o momento, alguns desses polimorfismos apresentam impacto funcional descritos. MICA também pode estar ausente em alguns indivíduos, devido a uma deleção de 100pb que acontece entre os genes HLA-B e MICB, deletando toda a região de MICA, dessa forma, não há produção da molécula de MICA. Assim, este trabalho utilizou um pipeline de bioinformática utilizando o hla-mapper para trabalhar com os polimorfismos dos genes MICA e criamos uma estratégia específica para analisar a deleção do gene. Analisamos a diversidade de MICA em mais de 5.000 amostras de populações do mundo todo, incluindo amostras brasileiras, população altamente miscigenada. Encontramos MICA*del em todas as populações analisadas, exceto na Oceania, com maior frequência na população asiática e americana, especialmente em amostras com ancestralidade nativo americanas. A maioria das amostras com a deleção de MICA, são heterozigotas e apresentam ao menos uma cópia funcional da molécula de MIC, porém encontramos duas amostras com a deleção completa de MICA e MICB nulo, sugerindo que outros mecanismos devem compensar a ausência das moléculas MIC.
Abstract (english)
The MICA gene encode glycoproteins expressed in situations of cellular stress, such as in the case of infections, tumor cells, oxidative stress, among others. MICA is expressed on the membrane, the molecule interacts with the activating receptor NKG2D present on the surface of NK cells, Tαβ CD8 cells and Tγδ cells, leading to the death of the target cells. However, this protein can be released in soluble isoform, when this happens, it interacts with the same activating receptor NKG2D, but leads to negative regulation of NK cells. The MICA gene is highly polymorphic, with over 531 alleles described to date, some of these polymorphisms have described functional impact. MICA may also be absent in some individuals, due to a 100pb deletion that occurs between the HLA-B and MICB genes, deleting the entire MICA region, thus, there is no production of the MICA molecule. Thus, this study used a specific methodology to work with MICA gene polymorphisms and we created a specific strategy to analyze gene deletion. We analyzed MICA diversity in more than 5,000 samples from populations around the world, including Brazilian samples (highly mixed population). We found MICA*del in all analyzed populations, except in Oceania, more frequently in the Asian and American population, especially in samples with Native American ancestry. Most samples with MICA deletion are heterozygous and have at least one functional copy of the MIC molecule, but we found two samples with complete MICA deletion and null MICB, suggesting that another mechanism must compensate for the absence of MIC molecules.
Description
Keywords
MICA, MICA*del, Diversidade, NGS, Diversity
Language
Portuguese
