Sequenciamento de genoma completo como ferramenta para determinação do papel das cadeias de produção convencional e alternativa de carne de frango na promoção de resistência aos antibióticos em Salmonella spp., Escherichia coli e Enterococcus spp.

Abstract

O presente estudo se propôs a investigar os perfis fenotípico e genotípico de resistência a antimicrobianos de Salmonella spp., Escherichia coli e Enterococcus spp. em cortes de frango provenientes de cadeias convencionais e antibiotic-free, adquiridos em estabelecimentos comerciais na região de Botucatu, São Paulo, Brasil. Ao total, 284 amostras de cortes de frangos foram coletados, sendo 141 de cadeia convencional e 143 de cadeia antibiotic-free, foram submetidos a análises diagnósticas para detectar a presença dos três microrganismos mencionados, seguindo protocolos específicos para cada. Para Salmonella spp., 10,9% das amostras foram positivas, sendo 26 (18,18%) provenientes do sistema convencional e 5 (3,5%) do sistema antibiotic-free. Quanto a Escherichia coli, foram encontradas 63 (22,1%) amostras positivas, com 29 (20,28%) originárias do sistema convencional e 34 (24,11%) do sistema antibiotic-free. Para Enterococcus spp., 154 (93,9%) amostras foram positivas, sendo 76 provenientes do sistema convencional e 78 do sistema antibiotic-free. Além das análises de resistência, o estudo revelou que 90% dos 210 isolados analisados apresentaram genes de resistência antimicrobiana. Na cadeia livre de antibióticos, 94% dos isolados carregavam genes de resistência, em comparação com 84,9% na cadeia convencional. Entre os isolados de E. coli, foram identificados 41 genes de resistência, dos quais 61% foram compartilhados entre as cadeias. Salmonella spp. apresentou 20 genes de resistência na cadeia convencional e apenas 8 na cadeia livre de antibióticos. Enterococcus spp. apresentou 28 genes de resistência, com 22 na cadeia convencional e 19 na cadeia livre de antibióticos. Os mecanismos de resistência predominantes foram as bombas de efluxo em Salmonella spp. e E. coli, e as alterações no local de ação em Enterococcus spp. O compartilhamento de genes entre E. coli e Salmonella spp., especialmente na cadeia convencional, destaca o risco de transferência horizontal de genes. Estes resultados evidenciam que a simples adoção de sistemas de produção livre de antibióticos pode não ser suficiente para conter a resistência antimicrobiana, sublinhando a necessidade de estratégias multifacetadas para enfrentar esse problema crescente.

The present study aimed to investigate the phenotypic and genotypic antimicrobial resistance profiles of Salmonella spp., Escherichia coli, and Enterococcus spp. in chicken cuts from conventional and antibiotic-free production chains, purchased from retail stores in the Botucatu region, São Paulo, Brazil. A total of 284 chicken samples were collected, with 141 from the conventional chain and 143 from the antibiotic-free chain, and were subjected to diagnostic analyses to detect the presence of the three mentioned microorganisms, following specific protocols for each. For Salmonella spp., 10.9% of the samples were positive, with 26 (18.18%) from the conventional system and 5 (3.5%) from the antibiotic-free system. For Escherichia coli, 63 (22.1%) samples were positive, with 29 (20.28%) from the conventional system and 34 (24.11%) from the antibiotic-free system. For Enterococcus spp., 154 (93.9%) samples were positive, with 76 from the conventional system and 78 from the antibiotic-free system. In addition to resistance analyses, the study revealed that 90% of the 210 isolates analyzed harbored antimicrobial resistance genes. In the antibiotic-free chain, 94% of the isolates carried resistance genes, compared to 84.9% in the conventional chain. Among E. coli isolates, 41 resistance genes were identified, 61% of which were shared between the chains. Salmonella spp. displayed 20 resistance genes in the conventional chain and only 8 in the antibiotic-free chain. Enterococcus spp. presented 28 resistance genes, with 22 in the conventional chain and 19 in the antibiotic-free chain. The predominant resistance mechanisms were efflux pumps in Salmonella spp. and E. coli, and target site alterations in Enterococcus spp. The sharing of genes between E. coli and Salmonella spp., especially in the conventional chain, highlights the risk of horizontal gene transfer. These results underscore that simply adopting antibiotic-free production systems may not be sufficient to