Variantes germinativas identificadas por sequenciamento total de exoma em famílias de pacientes portadores de carcinomas de mama e colorretal

Abstract

Introdução: Estima-se que 5 a 10% de pacientes com câncer são portadores de uma Síndrome de Predisposição Hereditária ao Câncer (SPHC). Embora uma parcela desses pacientes preencha os critérios clínicos clássicos das SPHC, vários não apresentam mutações nos principais genes já descritos nestas síndromes. Objetivo: Identificar variantes germinativas em pacientes com câncer de mama e colorretal com história pessoal e/ou familiar destes tumores. Pacientes e Métodos: O sequenciamento total do exoma foi utilizado para investigar alterações germinativas em seis pacientes que preenchem os critérios da síndrome do câncer de mama e ovário hereditário (HBOC), cinco deles também apresentaram câncer colorretal. Sete parentes de três famílias também foram incluídos no estudo. As variantes detectadas foram anotadas e filtradas usando o programa VarSeq v.2.2.2 (Golden Helix, Bozeman, MT). Variantes raras (< 1% em bancos de dados) que passaram pelos controles de qualidade e que não foram classificadas como benignas ou possivelmente benignas foram selecionadas para análises subsequentes. Foram também investigadas variantes no número de cópias (CNVs) de DNA raras (p <0,001). Os achados foram comparados com as alterações germinativas já descritas em cânceres no COSMIC (https://cancer.sanger.ac.uk/census). Resultados: Foram identificadas seis variantes patogênicas (P), cinco provavelmente patogênicas (LP), 2121 variantes de significado incerto (VUS) e 1848 CNVs. ZDHHC11B (c.780C>G) (P) e XPC c.2348C>T (VUS) presentes em membros da família 1 podem ter papel na predisposição hereditária ao câncer. Na família 2 não foram identificadas variantes candidatas à predisposição hereditária. Contudo, dois membros desta família apresentaram CNVs em BCL3 (19q13) e CARD11 (7p22.2), coincidentes com regiões de sítios frágeis. Todos os indivíduos testados da família 3 apresentaram a variante LP em NOS3 (p.Pro115Glyfs*3), um gene candidato ao risco de câncer nesta família. A probanda da família 3 apresentou uma perda heterozigota nos genes ROBO1 e ROBO2, os quais foram previamente descritos na síndrome do câncer de mama e colorretal hereditários. A irmã gêmea da probanda da família 3 (não afetada) apresentou perda heterozigota em MUTYH (patogênica), um gene associado ao risco aumentado de desenvolver câncer colorretal e pólipos adenomatosos. Os membros da Família 3 apresentaram deleções em regiões de sítios frágeis (MACROD2, LRP1B, DMD, PTPRD). Dois probandos (pacientes 11 e 13) apresentaram deleção heterozigota no gene PMS2, o qual está associado à Síndrome de Lynch, e ganhos em POLE2, um gene associado à predisposição hereditária ao câncer colorretal. A paciente 13 também era portadora da variante PTCH1(c.140G>T), previamente associada a HBOC. A paciente 12 apresentou a variante WRN c.95A>G (VUS), um candidato à predisposição hereditária ao câncer. Seis probandos apresentaram variantes em genes descritos como alvos para terapia ou associados ao prognóstico. Conclusão: Foram identificadas variantes e CNVs germinativas com potencial de risco ao desenvolvimento de SPHC, além de alterações em genes já descritos como marcadores prognósticos e/ou alvos acionáveis de tratamento.

Introduction: It is estimated that 5 to 10% of cancer patients carry a hereditary predisposition to cancer syndromes (HCPS). Though a set of these patients fulfill the classic clinical criteria of HCPS, several do not present mutations in the main genes already described in these syndromes. Objective: Identify germline variants in patients with breast and colorectal cancer with family and/or personal history of these tumors. Patients and Methods: whole exome sequencing was used to investigate germline alterations in six patients that fulfill the criteria of hereditary breast and ovarian cancer (HBOC). Five patients also presented colorectal cancer. Seven relatives of three families were also included in the study. The detected variants were annotated and filtrated using the VarSeq v.2.2.2 software (Golden Helix, Bozeman, MT). Rare variants (<1% in databases) that underwent quality control and that were not classified as benign or possibly benign were selected for subsequent analyses. Rare copy number variants (CNVs) (p <0,001) were also investigated. The findings were compared with germline alterations described in cancers on COSMIC (https://cancer.sanger.ac.uk/census). Results: Six variants were pathogenic (P), alongside five probably pathogenic variants (LP), 2121 variants of uncertain significance (VUS) and 1848 CNVs. ZDHHC11B (c.780C>G) (P) e XPC c.2348C>T (VUS) present in Family 1 members may have a role in hereditary cancer predisposition. In Family 2, no candidate variants to hereditary cancer predisposition were identified. However, two members of this Family presented CNVs in BCL3 (19q13) and CARD11 (7p22.2), coinciding with fragile site regions. All tested individuals of Family 3 presented the LP variant in NOS3 (p.Pro115Glyfs*3) a candidate gene to cancer risk in this Family. The Family 3 proband presented a heterozygote loss in ROBO1 and ROBO2 genes, which have been previously described in breast and colorectal hereditary cancer syndrome. The twin sister of family 3’s proband (not affected) presented heterozygote loss in MUTYH (P), a gene associated with a higher risk of developing colorectal cancer and adenomatous polyps. Family 3 members presented deletions in fragile site regions (MACROD2, LRP1B, DMD, PTPRD). Two probands (patients 11 and 13) presented heterozygous deletion in PMS2 gene, which is associated with Lynch Syndrome, and gains in POLE2, a gene associated with hereditary colorectal cancer. Patient 13 also carried variant PTCH1(c.140G>T), previously associated with HBOC. Patient 12 presented variant WRNc.95A>G (VUS), a candidate gene to hereditary cancer predisposition. Six probands presented variants in genes described as targets therapy or associated to prognosis. Conclusion: Germline variants and CNVs with a potential risk of developing SPHC were identified. Additionally, alterations in genes previously described as prognostic markers and/or actionable treatment targets were also identified.