Publicação: Vigilância epidemiológica e molecular e caracterização de vírus de veiculação hídrica em diferentes etapas do tratamento de esgoto na cidade de São José do Rio Preto – SP
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Data
Orientador
Rahal, Paula 
Coorientador
Calmon, Marília de Freitas
Pós-graduação
Microbiologia - IBILCE
Curso de graduação
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Tipo
Tese de doutorado
Direito de acesso
Acesso restrito
Resumo
Resumo (português)
O esgoto é uma fonte de diversos patógenos, incluindo vírus, que são importantes transmissores de doenças, como gastroenterite e hepatite. Este estudo teve como objetivo geral monitorar os vírus entéricos, como os enterovírus (EV), o Aichi vírus (AiV), o vírus da Hepatite A (VHA) e o vírus da Hepatite E (VHE) em três fases do tratamento de esgoto em São José do Rio Preto, SP. Para isso, foram coletadas três amostras semanais (esgoto bruto (EB), pós-tratamento biológico anaeróbio (PTBA) e pós-tratamento químico (PTQ)) pelo Serviço Autônomo Municipal de Água e Esgoto (SeMAE), ao longo de um ano, totalizando 156 amostras. A metodologia aplicada incluiu a concentração de partículas virais por ultracentrifugação, extração de RNA com TRIzol, síntese de cDNA, PCR, Semi-Nested PCR, Nested PCR e qPCR para detecção, e ainda esse último também para quantificação. Adicionalmente, foram realizados testes de inibição e eficiência de recuperação, teste de infectividade viral para AiV, sequenciamento e análise filogenética, e análise dos dados, correlacionando com dados epidemiológicos das respectivas doenças reportadas na cidade de São José do Rio Preto -SP e parâmetros do esgoto. Das 156 amostras analisadas, 52 de cada etapa do tratamento, sendo EB, PTBA e PTQ, foram encontrados resultados positivos para cada fase e vírus, respectivamente: EV (98,1%, 88,5% e 42,3%), AiV (90,4%, 78,8% e 71,1%), VHA (25,0%, 23,1% e 13,5%) e VHE (5,8%, 3,8% e 0,0%). As quantificações médias para cada ponto foram: EV (3,36, 2,78 e 1,02 log10 Cópias Genômicas (CG)/mL), AiV (2,63, 1,98 e 0,39 log10 CG/mL), VHA (0,90, 0,85 e 0,47 log10 CG/mL), enquanto para VHE não foi possível realizar a quantificação. A análise filogenética revelou que 94 amostras eram do genótipo A do AiV, 1 amostra do genótipo IA do VHA e 2 amostras do genótipo III do VHE. Para o EV, 21 amostras foram positivas para o genótipo A e 8 para o genótipo B, por meio de Semi-Nested PCR. O isolamento viral do AiV revelou que o vírus estava infeccioso nas três fases do tratamento de esgoto. Não houve diferenças significativas (p > 0,05) para a detecção dos vírus e suas respectivas doenças reportadas na cidade, embora tenham sido observadas algumas correlações entre os parâmetros do esgoto, estações do ano e as cargas virais dos vírus estudados nos diferentes pontos de tratamento do esgoto. Em conclusão, o monitoramento de patógenos nas águas residuais é crucial para complementar os dados epidemiológicos, entender a disseminação de doenças e prever surtos.
Resumo (inglês)
Sewage is a source of various pathogens, including viruses, which are important transmitters of diseases such as gastroenteritis and hepatitis. This study aimed to monitor enteric viruses, such as Enteroviruses (EV), Aichi virus (AiV), Hepatitis A virus (HAV), and Hepatitis E virus (HEV) in three phases of sewage treatment in São José do Rio Preto, SP. To achieve this, three weekly samples (raw sewage (RS), post-anaerobic biological treatment (PABT), and postchemical treatment (PCT)) were collected by the Serviço Autônomo Municipal de Água e Esgoto (SeMAE) over the course of one year, totaling 156 samples. The methodology included viral particle concentration by ultracentrifugation, RNA extraction using TRIzol, cDNA synthesis, PCR, Semi-Nested PCR, Nested PCR and qPCR for detection, and with the latter also for quantification. Additionally, inhibition and recovery efficiency tests, viral infectivity tests for AiV, sequencing, phylogenetic analysis, and data analysis were performed, correlating the results with epidemiological data for the respective diseases reported in São José do Rio Preto and sewage parameters. Out of the 156 samples analyzed, with 52 from each treatment stage (RS, PABT, and PCT), positive results for each phase and virus were observed as follows: EV (98.1%, 88.5%, and 42.3%), AiV (90.4%, 78.8%, and 71.1%), HAV (25.0%, 23.1%, and 13.5%), and HEV (5.8%, 3.8%, and 0.0%). The average quantifications for each point were: EV (3.36, 2.78 and 1.02 log10 Genomic Copies (GC)/mL), AiV (2.63, 1.98 and 0.39 log10 GC/mL), HAV (0.90, 0.85 e 0.47 log10 GC/mL), while HEV quantification was not possible. Phylogenetic analysis revealed that 94 samples were of AiV genotype A, 1 sample was of HAV genotype IA, and 2 samples were of HEV genotype III. For EV, 21 samples were positive for genotype A and 8 for genotype B, through Semi-Nested PCR. The viral isolation of AiV revealed that the virus was infectious in all three phases of sewage treatment. There were no significant differences (p > 0.05) in the detection of viruses and their respective diseases reported in the city, although some correlations were observed between the sewage parameters, seasons of the year and the viral concentrations of the viruses studied at different wastewater treatment points. In conclusion, the monitoring of pathogens in wastewater is crucial for complementing epidemiological data, understanding disease dissemination, and predicting outbreaks.
Descrição
Palavras-chave
Virologia molecular, Águas residuais microbiologia, Vírus de RNA, Gastroenterite, Molecular virology, Wastewater microbiology, RNA viruses, Gastroenteritis
Idioma
Português
Como citar
NASCIMENTO, Mariah Cristina Antunes do. Vigilância epidemiológica e molecular e caracterização de vírus de veiculação hídrica em diferentes etapas do tratamento de esgoto na cidade de São José do Rio Preto – SP. (Doutorado em Microbiologia ). 2025. Universidade Estadual Paulista (Unesp), Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas (Ibilce), São José do Rio Preto, 2025.
