Desenvolvimento de funções de suporte à análises genéticas/genômicas para o sistema R
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Data
2022-12-15
Autores
Gonela, Renan Fabrício
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Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Resumo
Nos programas de Melhoramento Genético Animal, estimação de parâmetros genéticos e valores genéticos aditivos são rotina e um passo muito importante para o processo de seleção e construção de estratégias de acasalamentos. Entretanto, para que os ganhos genéticos sejam significativos, essas estimativas precisam ser feitas com qualidade. Nesse sentido, é fundamental trabalhar a consistência dos dados, a formação consciente de novas variáveis como grupos de contemporâneos e a formatação correta do arquivo de dados para entrada em programas de avaliação genética. Essas análises preliminares, de modo geral, tomam muito tempo e não seguem um padrão básico. O uso de pacotes computacionais facilitam, poupam tempo e aumentam a eficiência das análises, minimizando erros durante o processo. Assim, nosso objetivo foi dar início a criação de um pacote para ser utilizado no software R que possuem funções que automatizam a avaliação dos dados, e geram informações estratégicas ao usuário. Neste trabalho foi utilizado o software R para a elaboração de funções para consistência de dados, formação de grupo de contemporâneos e formatação dos dados para o software de avaliações genéticas Wombat. Todas as funções foram colocadas dentro de um pacote denominado LZ13.
In Animal Genetic Improvement programs, patterns of genetic patterns and additive genetic values are routine and a very important step in the process of selection and construction of mating strategies. However, for the genetic gains to be experienced, these estimates need to be done with quality. In this sense, working on data consistency, the conscious formation of new variables such as contemporary groups and the correct formatting of the data file for input into genetic evaluation programs, is fundamental. These preliminary analyzes generally take a long time and do not follow a basic pattern. The use of computational packages facilitates, saves time and increases the efficiency of the analysis, minimizing errors during the process. Thus, our goal was to start creating a package to be used in the R software that has functions that automate data evaluation and generate strategic information for the user. In this work, the R software was used to create functions for data consistency, formation of contemporaneous groups and data formatting for the Wombat genetic estimation software. All functions were placed inside a package called LZ13.
In Animal Genetic Improvement programs, patterns of genetic patterns and additive genetic values are routine and a very important step in the process of selection and construction of mating strategies. However, for the genetic gains to be experienced, these estimates need to be done with quality. In this sense, working on data consistency, the conscious formation of new variables such as contemporary groups and the correct formatting of the data file for input into genetic evaluation programs, is fundamental. These preliminary analyzes generally take a long time and do not follow a basic pattern. The use of computational packages facilitates, saves time and increases the efficiency of the analysis, minimizing errors during the process. Thus, our goal was to start creating a package to be used in the R software that has functions that automate data evaluation and generate strategic information for the user. In this work, the R software was used to create functions for data consistency, formation of contemporaneous groups and data formatting for the Wombat genetic estimation software. All functions were placed inside a package called LZ13.
Descrição
Palavras-chave
Melhoramento genético animal, Software R, Consistência de dados, Formatação de dados, Funções para o R, Pacotes para o R, Animal genetic improvement, R software, Data consistency, Data formatting, Functions for R, Packages for R