Draft genome of Thermomonospora sp. CIT 1 (thermomonosporaceae) and in silico evidence of its functional role in filter cake biomass deconstruction

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dc.contributor.authorOmori, Wellington P. [UNESP]
dc.contributor.authorPinheiro, Daniel G. [UNESP]
dc.contributor.authorKishi, Luciano T. [UNESP]
dc.contributor.authorFernandes, Camila C. [UNESP]
dc.contributor.authorFernandes, Gabriela C. [UNESP]
dc.contributor.authorGomes-Pepe, Elisângela S. [UNESP]
dc.contributor.authorPavani, Claudio D. [UNESP]
dc.contributor.authorLemos, Eliana G. de M. [UNESP]
dc.contributor.authorde Souza, Jackson A. M. [UNESP]
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.date.accessioned2019-10-06T16:35:19Z
dc.date.available2019-10-06T16:35:19Z
dc.date.issued2019-01-01
dc.description.abstractThe filter cake from sugar cane processing is rich in organic matter and nutrients, which favors the proliferation of microorganisms with potential to deconstruct plant biomass. From the metagenomic data of this material, we assembled a draft genome that was phylogenetically related to Thermomonospora curvata DSM 43183, which shows the functional and ecological importance of this bacterium in the filter cake. Thermomonospora is a gram-positive bacterium that produces cellulases in compost, and it can survive temperatures of 60 ºC. We identified a complete set of biomass depolymerizing enzymes in the draft genome of Thermomonospora sp. CIT 1, such as α-amylase, catalase-peroxidases, β-mannanase, and arabinanase, demonstrating the potential of this bacterium to deconstruct the components of starch, lignin, and hemicellulose. In addition, the draft genome of Thermomonospora sp. CIT 1 contains 18 genes that do not share identity with five other species of Thermomonospora, suggesting that this bacterium has different genetic characteristics than those present in genomes reported so far for this genus. These findings add a new dimension to the current understanding of the functional profile of this microorganism that inhabits agro-industrial waste, which may boost new gene discoveries and be of importance for application in the production of bioethanol.en
dc.description.affiliationFaculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.description.affiliationDepartamento de Tecnologia Laboratório de Bioinformática Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.description.affiliationLaboratório Multiusuário Centralizado para Sequenciamento de DNA em Larga Escala e Análise de Expressão Gênica (LMSeq) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.description.affiliationDepartamento de Biologia Aplicada à Agropecuária Laboratório de Genética Aplicada Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.description.affiliationUnespFaculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.description.affiliationUnespDepartamento de Tecnologia Laboratório de Bioinformática Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.description.affiliationUnespLaboratório Multiusuário Centralizado para Sequenciamento de DNA em Larga Escala e Análise de Expressão Gênica (LMSeq) Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.description.affiliationUnespDepartamento de Biologia Aplicada à Agropecuária Laboratório de Genética Aplicada Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidade Estadual Paulista (UNESP)
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
dc.description.sponsorshipConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
dc.format.extent145-150
dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1590/1678-4685-gmb-2017-0376
dc.identifier.citationGenetics and Molecular Biology, v. 42, n. 1, p. 145-150, 2019.
dc.identifier.doi10.1590/1678-4685-gmb-2017-0376
dc.identifier.fileS1415-47572019000100145.pdf
dc.identifier.issn1678-4685
dc.identifier.issn1415-4757
dc.identifier.scieloS1415-47572019000100145
dc.identifier.scopus2-s2.0-85067393605
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/189269
dc.language.isoeng
dc.relation.ispartofGenetics and Molecular Biology
dc.rights.accessRightsAcesso aberto
dc.sourceScopus
dc.subjectActinobacteria
dc.subjectCrystalline cellulose
dc.subjectHemicellulose
dc.subjectOrthologous genes
dc.subjectPectin
dc.titleDraft genome of Thermomonospora sp. CIT 1 (thermomonosporaceae) and in silico evidence of its functional role in filter cake biomass deconstructionen
dc.typeArtigo

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