Estudo genético e soroepidemiológico da infecção por SARS-COV-2 no município de Bauru-SP

Abstract

O SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) é o vírus causador da COVID-19 (Coronavirus Disease 2019). O alcance e o impacto negativo do SARS-CoV-2 em todo o mundo, colocam a pandemia causada por ele entre as mais notórias que já foram registradas na história da humanidade. Esse estudo teve por objetivo constituir um biorrepositório e um banco de dados em COVID-19 que possam ser compartilhados para o avanço no entendimento da doença e da sua epidemiologia na cidade de Bauru-SP; além de realizar estudos soroepidemiológico e genético em pacientes com COVID-19 residentes em Bauru-SP e seus contatos. Participaram do estudo 974 indivíduos, sendo 233 casos índices e 741 contatos familiares, no período de julho a novembro de 2020. Os contatos foram avaliados por meio do teste rápido COVID-19 Ag ECO Test e/ou RT-PCR logo após o diagnóstico do paciente índice. O uso do teste rápido baseado na detecção de proteínas do SARS-CoV-2 foi validado em 121 indivíduos usando RT-PCR como padrão-ouro. Além disso, 30 dias após, os casos e contatos foram avaliados quanto à presença de anticorpos dos tipos IgM e IgG contra o coronavírus. A sensibilidade, especificidade e os valores preditivos positivo e negativo do teste rápido foram de 70,2%, 95,3%, 93,0% e 78,2%, respectivamente, com uma precisão diagnóstica de 83,3%. Foram encontrados 333 casos de COVID-19 entre os contatos familiares (44,9%). Houve uma correlação positiva (1.06; IC: 1.01-1.16) entre o tempo decorrido desde o início dos sintomas até o teste de COVID-19 dos pacientes índice e o número de contatos familiares infectados por SARS-CoV-2. Nossos resultados salientam a importância da celeridade no diagnóstico da COVID-19 para contenção da transmissão e demonstram a relevância do contágio intrafamiliar.

COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) is an infectious disease caused by the SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2). The spread and harmful impact of SARS-CoV-2 across the world has established it among the most notorious pandemics that have ever been recorded in human history. This study aimed to create a biorepository and a database on COVID-19 that can be shared to advance the understanding of the disease and its epidemiology in the city of Bauru-SP; and conduct a seroepidemiological and genetic studies in patients with COVID-19 residing in Bauru-SP and their contacts. The study sample included 974 individuals, with 233 index patients and 741 household contacts, from July to November 2020. Familiar contacts were evaluated by using the rapid test COVID-19 Ag ECO Test or RT-PCR shortly after the positive diagnosis of the index patient. The use of the antigen-based rapid test was validated in 121 individuals using RT-PCR as the gold standard. Furthermore, 30 days later, the index cases and contacts were evaluated for the presence of IgM and IgG antibodies against SARS-CoV-2. The sensitivity, specificity, and positive and negative predictive values of the COVID-19 Ag ECO test were found to be 70.2%, 95.3%, 93.0%, and 78.2%, respectively, with a diagnostic accuracy of 83.3%. We found 333 cases of COVID-19 among household contacts (44.9%). A positive correlation (1.06; IC: 1.01-1.16) was observed between the time elapsed from symptoms onset to COVID-19 testing of index patients and the number of household contacts infected by SARS-CoV-2. Our results highlight the importance of early diagnosis of COVID-19 in order to contain dissemination and demonstrate the relevance of intra-family transmission.