Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource

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dc.contributor.authorVieira, Luiz Gonzaga Esteves
dc.contributor.authorAndrade, Alan Carvalho
dc.contributor.authorColombo, Carlos Augusto
dc.contributor.authorMoraes, Ana Heloneida de Araújo
dc.contributor.authorMetha, Ângela
dc.contributor.authorOliveira, Angélica Carvalho de
dc.contributor.authorLabate, Carlos Alberto
dc.contributor.authorMarino, Celso Luis [UNESP]
dc.contributor.authorMonteiro-Vitorello, Claúdia de Barros
dc.contributor.authorMonte, Damares de Castro
dc.contributor.authorGiglioti, Éder
dc.contributor.authorKimura, Edna Teruko
dc.contributor.authorRomano, Eduardo
dc.contributor.authorKuramae, Eiko Eurya [UNESP]
dc.contributor.authorLemos, Eliana Gertrudes Macedo [UNESP]
dc.contributor.authorAlmeida, Elionor Rita Pereira de
dc.contributor.authorJorge, Érika C.
dc.contributor.authorAlbuquerque, Érika V. S.
dc.contributor.authorSilva, Felipe Rodrigues da
dc.contributor.authorVinecky, Felipe
dc.contributor.authorSawazaki, Haiko Enok
dc.contributor.authorDorry, Hamza Fahmi A.
dc.contributor.authorCarrer, Helaine
dc.contributor.authorAbreu, Ilka Nacif
dc.contributor.authorBatista, João A. N.
dc.contributor.authorTeixeira, João Batista
dc.contributor.authorKitajima, João Paulo
dc.contributor.authorXavier, Karem Guimarães
dc.contributor.authorLima, Liziane Maria de
dc.contributor.authorCamargo, Luis Eduardo Aranha de
dc.contributor.authorPereira, Luiz Filipe Protasio
dc.contributor.authorCoutinho, Luiz Lehmann
dc.contributor.authorLemos, Manoel Victor Franco [UNESP]
dc.contributor.authorRomano, Marcelo Ribeiro
dc.contributor.authorMachado, Marcos Antonio
dc.contributor.authorCosta, Marcos Mota do Carmo
dc.contributor.authorSá, Maria Fátima Grossi de
dc.contributor.authorGoldman, Maria Helena S.
dc.contributor.authorFerro, Maria Inês T. [UNESP]
dc.contributor.authorTinoco, Maria Laine Penha
dc.contributor.authorOliveira, Mariana C.
dc.contributor.authorVan Sluys, Marie-Anne
dc.contributor.authorShimizu, Milton Massao
dc.contributor.authorMaluf, Mirian Perez
dc.contributor.authorEira, Mirian Therezinha Souza da
dc.contributor.authorGuerreiro Filho, Oliveiro
dc.contributor.authorArruda, Paulo
dc.contributor.authorMazzafera, Paulo
dc.contributor.authorMariani, Pilar Drummond Sampaio Correa
dc.contributor.authorOliveira, Regina L.B.C. de
dc.contributor.authorHarakava, Ricardo
dc.contributor.authorBalbao, Silvia Filippi
dc.contributor.authorTsai, Siu Mui
dc.contributor.authorMauro, Sonia Marli Zingaretti di [UNESP]
dc.contributor.authorSantos, Suzana Neiva
dc.contributor.authorSiqueira, Walter José
dc.contributor.authorCosta, Gustavo Gilson Lacerda
dc.contributor.authorFormighieri, Eduardo Fernandes
dc.contributor.authorCarazzolle, Marcelo Falsarella
dc.contributor.authorPereira, Gonçalo Amarante Guimarães
dc.contributor.institutionIAPAR Laboratório de Biotecnologia Vegetal
dc.contributor.institutionInstituto Agronômico (IAC)
dc.contributor.institutionUniversidade de São Paulo (USP)
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.institutionUniversidade Federal de São Carlos (UFSCar)
dc.contributor.institutionEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)
dc.contributor.institutionUniversidade de Mogi das Cruzes
dc.contributor.institutionInstituto Biológico de São Paulo
dc.date.accessioned2014-05-20T13:13:27Z
dc.date.available2014-05-20T13:13:27Z
dc.date.issued2006-03-01
dc.description.abstractO café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em <A HREF=http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe>http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.pt
dc.description.abstractCoffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa, representing specific stages of cells and plant development that after trimming resulted in 130,792, 12,381 and 10,566 sequences for each species, respectively. The ESTs clustered into 17,982 clusters and 32,155 singletons. Blast analysis of these sequences revealed that 22 % had no significant matches to sequences in the National Center for Biotechnology Information database (of known or unknown function). The generated coffee EST database resulted in the identification of close to 33,000 different unigenes. Annotated sequencing results have been stored in an online database at <A HREF=http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe>http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Resources developed in this project provide genetic and genomic tools that may hold the key to the sustainability, competitiveness and future viability of the coffee industry in local and international markets.en
dc.description.affiliationIAPAR Laboratório de Biotecnologia Vegetal
dc.description.affiliationEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Recursos Genéticos e Biotecnologia Núcleo de Biotecnologia-NTBio
dc.description.affiliationInstituto Agronômico de Campinas
dc.description.affiliationUSP Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Genética
dc.description.affiliationUSP Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Zootecnia
dc.description.affiliationUSP Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Entomologia, Fitopatologia e Zoologia Agrícola
dc.description.affiliationUSP Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Ciências Biológicas
dc.description.affiliationUNESP Instituto de Biociências Departamento de Genética
dc.description.affiliationUniversidade Federal de São Carlos (UFSCar) Centro de Ciências Agrárias
dc.description.affiliationUSP Instituto de Ciências Biomédicas
dc.description.affiliationUNESP Faculdade de Ciências Agronômicas Departamento de Defesa Fitossanitária
dc.description.affiliationUNESP Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Departamento de Tecnologia
dc.description.affiliationUNESP Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Departamento de Biologia Aplicada à Agropecuária
dc.description.affiliationUSP Instituto de Química Departamento de Bioquímica
dc.description.affiliationUNICAMP Instituto de Biologia Departamento de Fisiologia Vegetal
dc.description.affiliationUNICAMP Faculdade de Engenharia Química Instituto da Computação
dc.description.affiliationUNICAMP Instituto da Computação Laboratório de Bioinformática
dc.description.affiliationEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Café IAPAR
dc.description.affiliationIAC Centro APTA de Citros Sylvio Moreira
dc.description.affiliationUSP Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto Departamento de Biologia
dc.description.affiliationUSP Instituto de Biociências Departamento de Botânica
dc.description.affiliationUSP Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Café Instituto Agronômico de Campinas
dc.description.affiliationEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Café Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Recursos Genéticos e Biotecnologia Núcleo de Biotecnologia-NTBio
dc.description.affiliationUNICAMP Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética
dc.description.affiliationUniversidade de Mogi das Cruzes Núcleo Integrado de Biotecnologia
dc.description.affiliationInstituto Biológico de São Paulo Centro de Sanidade Vegetal
dc.description.affiliationUSP Centro de Energia Nuclear na Agricultura
dc.description.affiliationUNICAMP Instituto de Biologia Laboratório de Genômica e Expressão
dc.description.affiliationUnespUNESP Instituto de Biociências Departamento de Genética
dc.description.affiliationUnespUNESP Faculdade de Ciências Agronômicas Departamento de Defesa Fitossanitária
dc.description.affiliationUnespUNESP Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Departamento de Tecnologia
dc.description.affiliationUnespUNESP Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Departamento de Biologia Aplicada à Agropecuária
dc.format.extent95-108
dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1590/S1677-04202006000100008
dc.identifier.citationBrazilian Journal of Plant Physiology. Brazilian Journal of Plant Physiology, v. 18, n. 1, p. 95-108, 2006.
dc.identifier.doi10.1590/S1677-04202006000100008
dc.identifier.fileS1677-04202006000100008.pdf
dc.identifier.issn1677-0420
dc.identifier.lattes7179273060624761
dc.identifier.lattes7587208482384059
dc.identifier.lattes0165348738208319
dc.identifier.orcid0000-0003-4524-954X
dc.identifier.scieloS1677-04202006000100008
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/1230
dc.language.isoeng
dc.publisherBrazilian Journal of Plant Physiology
dc.relation.ispartofBrazilian Journal of Plant Physiology
dc.relation.ispartofsjr0,123
dc.rights.accessRightsAcesso aberto
dc.sourceSciELO
dc.subjectCoffeaen
dc.subjectcDNAen
dc.subjectESTen
dc.subjectTranscriptomeen
dc.subjectCoffeapt
dc.subjectcDNApt
dc.subjectESTpt
dc.subjectTranscritomapt
dc.titleBrazilian coffee genome project: an EST-based genomic resourceen
dc.title.alternativeProjeto Genoma Brasileiro Café: recursos genômicos baseados em ESTspt
dc.typeArtigo
unesp.author.lattes7179273060624761
unesp.author.lattes7587208482384059
unesp.author.lattes0165348738208319[8]
unesp.author.orcid0000-0003-4524-954X[8]
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (Unesp), Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Jaboticabalpt
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (Unesp), Faculdade de Ciências Agronômicas, Botucatupt
unesp.departmentProteção Vegetal - FCApt
unesp.departmentBiologia - FCAVpt
unesp.departmentTecnologia - FCAVpt

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