GHap: An R package for genome-wide haplotyping

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dc.contributor.authorUtsunomiya, Yuri T. [UNESP]
dc.contributor.authorMilanesi, Marco [UNESP]
dc.contributor.authorUtsunomiya, Adam T. H. [UNESP]
dc.contributor.authorAjmone-Marsan, Paolo
dc.contributor.authorGarcia, José F. [UNESP]
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.institutionCollaborating Centre on Animal Genomics and Bioinformatics
dc.contributor.institutionUniversitá Cattolica del Sacro Cuore
dc.date.accessioned2018-12-11T17:07:11Z
dc.date.available2018-12-11T17:07:11Z
dc.date.issued2016-09-15
dc.description.abstractThe GHap R package was designed to call haplotypes from phased marker data. Given user-defined haplotype blocks (HapBlock), the package identifies the different haplotype alleles (HapAllele) present in the data and scores sample haplotype allele genotypes (HapGenotype) based on HapAllele dose (i.e. 0, 1 or 2 copies). The output is not only useful for analyses that can handle multi-allelic markers, but is also conveniently formatted for existing pipelines intended for bi-allelic markers.en
dc.description.affiliationDepartamento de Medicina Veterinária Preventiva e Reprodução Animal UNESP - Univ. Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
dc.description.affiliationInternational Atomic Energy Agency (IAEA) Collaborating Centre on Animal Genomics and Bioinformatics
dc.description.affiliationDepartamento de Apoio Produção e Saúde Animal UNESP - Univ. Estadual Paulista Faculdade de Medicina Veterinária de Araçatuba
dc.description.affiliationIstituto di Zootecnica Universitá Cattolica del Sacro Cuore
dc.description.affiliationUnespDepartamento de Medicina Veterinária Preventiva e Reprodução Animal UNESP - Univ. Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
dc.description.affiliationUnespDepartamento de Apoio Produção e Saúde Animal UNESP - Univ. Estadual Paulista Faculdade de Medicina Veterinária de Araçatuba
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
dc.format.extent2861-2862
dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw356
dc.identifier.citationBioinformatics, v. 32, n. 18, p. 2861-2862, 2016.
dc.identifier.doi10.1093/bioinformatics/btw356
dc.identifier.file2-s2.0-84992202517.pdf
dc.identifier.issn1460-2059
dc.identifier.issn1367-4803
dc.identifier.scopus2-s2.0-84992202517
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/173672
dc.language.isoeng
dc.relation.ispartofBioinformatics
dc.relation.ispartofsjr6,140
dc.rights.accessRightsAcesso aberto
dc.sourceScopus
dc.titleGHap: An R package for genome-wide haplotypingen
dc.typeArtigo

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