Análise do transcriptoma da interação Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C e plantas cítricas

dc.contributor.advisorFerro, Jesus Aparecido [UNESP]
dc.contributor.advisorBelasque Júnior, José [UNESP]
dc.contributor.authorSilva, Claudênia Ferreira da [UNESP]
dc.contributor.institutionUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.date.accessioned2016-09-27T13:40:01Z
dc.date.available2016-09-27T13:40:01Z
dc.date.issued2015-12-07
dc.description.abstractThe bacterium Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii type C (XAC) is the causative agent of cancrose C, which affects only acid lime 'Galego' (Citrus aurantifolia (Christm) Swingle). The main phenotypic characteristic of this disease is the hyperplasia and hypertrophy of the affected tissue, leading to the formation of erupescentes characteristic lesions, and responsible for the abnormal cell growth is a transcription activator-like (TAL) effector family (also called the avrBs3/pthA family), which is injected into the plant by the type type III secretion system (T3SS) and is translocated to the nucleus, where it interacts with UPA-box regions (up-regulated by AvrBs3) and acts as a transcriptional activator. The sweet orange varieties are resistant, and when inoculated with XauC show strong hypersensitive response (HR), causing local programmed cell death (apoptosis) and abscission of affected leaves. The mechanisms that give the acid lime 'Galego' susceptibility to XauC is not known. This study aimed to identify, through next-generation sequencing (NGS), plant differentially expressed transcripts involved in host-pathogen interaction in pathosystems XauC-orange 'Hamlin' (species resistant) and XauC-acid lime 'Galego' (species susceptible). Leaves from 'Hamlin' and acid lime 'Galego' were inoculated with XauC suspension at a concentration of 106 cfu/mL (experimental) or sterile water (control) and collected at 5 and 7 days after inoculation (dai). Total RNA was extracted and used for transcriptome analysis by RNA-seq. The transcripts obtained from sequencing were normalized and redundancies removed. A single bank of genomic data and citrus transcripts was assembled, which was called CitSeqDB and is the junction of 6 public banks: AFFYM, NCBI Unigene, USDA, CITRUSGDB and PHYTOZOME. Transcripts that proved to be differentially expressed relative to controls were confronted with the bank and functional annotation was performed using ...en
dc.description.abstractA bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C (XauC) é o agente causal da cancrose C, que afeta apenas lima ácida 'Galego' (Citrus aurantifolia (Christm) Swingle). A principal característica fenotípica desta doença é a hiperplasia e hipertrofia do tecido afetado, que leva à formação de lesões erupescentes características, sendo que o responsável pela proliferação celular desordenada é um efetor tipo TAL da família AvrBs3/PthA, que é injetado na planta pelo sistema de secreção tipo III (SST3) da bactéria e é translocado até o núcleo, onde interage com regiões UPA-box (up-regulated by AvrBs3) e funciona como um ativador transcricional. As variedades de laranja doce são resistentes à cancrose C e, quando inoculadas com XauC apresentam forte reação de hipersensibilidade (HR), causando morte celular programada local (apoptose) e abscisão das folhas afetadas. O(s) mecanismo(s) que confer(em) à lima ácida 'Galego' susceptibilidade à XauC não é(são) conhecido(s). Este estudo teve como objetivo identificar, através de sequenciamento de nova geração (NGS), transcritos de plantas diferencialmente expressos envolvidos na interação patógeno-hospedeiro nos patossistemas XauC-laranja 'Hamlin' (espécie resistente) e XauC-lima ácida 'Galego' (espécie susceptível). Para isso, folhas de laranja 'Hamlin' e lima ácida 'Galego' foram inoculadas com suspensão de XauC a uma concentração de 106 ufc/mL, sendo que o controle foram folhas inoculadas com água estéril. Essas folhas foram coletadas nos tempos de 5 e 7 dias após inoculação (dai) e o RNA total foi extraído e utilizado para a análise dos transcrissomas por RNA-seq. Os transcritos obtidos do sequenciamento foram normalizados e as redundâncias foram removidas. Foi montado um banco único de dados genômicos e de transcritos de citros...pt
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes)
dc.format.extentv, 89 p. : il.
dc.identifier.aleph000867476
dc.identifier.capes33004102070P6
dc.identifier.citationSILVA, Claudênia Ferreira da. Análise do transcriptoma da interação Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C e plantas cítricas. 2015. v, 89 p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, 2015.
dc.identifier.file000867476.pdf
dc.identifier.lattes0147241723612464
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11449/144058
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.rights.accessRightsAcesso aberto
dc.sourceAleph
dc.subjectCítricospt
dc.subjectFrutas citricas - Doenças e pragaspt
dc.subjectXanthomonaspt
dc.subjectBacterias fitopatogenicaspt
dc.subjectGenetica vegetalpt
dc.subjectCitruspt
dc.titleAnálise do transcriptoma da interação Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C e plantas cítricaspt
dc.typeTese de doutorado
unesp.author.lattes0147241723612464
unesp.campusUniversidade Estadual Paulista (Unesp), Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Jaboticabalpt
unesp.graduateProgramMicrobiologia Agropecuária - FCAVpt
unesp.knowledgeAreaBiologia molecular, bioquímica e expressão gênicapt
unesp.researchAreaExpressão gênica, transcriptoma e cancrosept

Arquivos

Pacote Original

Agora exibindo 1 - 1 de 1
Carregando...
Imagem de Miniatura
Nome:
000867476.pdf
Tamanho:
1.66 MB
Formato:
Adobe Portable Document Format