Análise da dispersão temporal e epidemiológica das variantes do SARS-CoV-2 no período de pré-vacinação em massa na cidade de Botucatu-SP

Abstract

Após a circulação das Variantes de Preocupação (VOC) do SARS-CoV-2, Alpha, Beta, Gamma, Delta e a atual predominante Ômicron, e a ampla cobertura vacinal, houve uma drástica redução nos números de óbitos por Covid-19. Em maio de 2021, o município de Botucatu-SP foi palco de uma pesquisa que avaliou a efetividade da Vacina COVID-19 Recombinante/Fiocruz® contra variantes do SARS-CoV-2, possibilitando a imunização de mais de 60 mil pessoas em um único dia. Objetivos: O objetivo central do presente estudo foi avaliar a dispersão temporal e epidemiológica das variantes do SARS-CoV-2 antes da vacinação massiva que ocorreu em Botucatu, além de relacioná-las às características clínicas da doença. Metodologia: Foram selecionadas aleatoriamente 400 amostras positivas para SARS-CoV-2, referentes as 4 Semanas Epidemiológicas (SE 16, 17, 18 e 19 de 2021) que antecederam o dia da vacinação. O Sequenciamento de Nova Geração foi utilizado para produzir as sequências e determinar as variantes. Resultados: Foram geradas 371 sequências de alta qualidade. Dessas sequências, 98,4% eram da VOC Gamma, enquanto 1,3% eram da VOC Alpha e 0,3% eram da Variante de Interesse Zeta. Durante as 4 SE as linhagens de Gamma P.1 e P.1.14 foram as mais frequentes. A linhagem P.1 foi mais frequente tanto em homens quanto em mulheres e nas pessoas mais jovens e nos adultos (0-59 anos). Não houve correlação entre as variantes e a presença de comorbidades, tampouco entre elas e os quadros clínicos moderados e graves da Covid-19 ou óbito. Entretanto, P.1 foi mais frequente do que P.1.14 em pessoas que apresentaram algum sintoma da Covid-19. Não houve diferença entre os valores de PCR em tempo real (CT) para essas linhagens. Nas análises filogenéticas, foi possível observar um pequeno agrupamento de 9 amostras de P.1.14 contendo as mutações em ORF1a: M584V e A3620V, até então, não encontradas em nenhuma sequência dessa sublinhagem. Conclusão: A alta predominância de P.1 e P.1.14 em um cenário pré-vacinação em massa pode nos fornecer insights sobre a evolução e a epidemiologia molecular do SARS CoV-2 e suas VOCs. Dessa forma ressaltamos a importância da vigilância genômica do SARS-CoV-2, que pode ajudar a subsidiar as tomadas de decisões dos setores públicos e manejo da Covid-19.

After the circulation of the Variants of Concern (VOC) of SARS-CoV-2, Alpha, Beta, Gamma, Delta and the current predominant Ômicron, and the wide vaccine coverage, there was a drastic reduction in the numbers of deaths by Covid-19. In May 2021, the municipality of Botucatu-SP was the scene of a survey that evaluated the effectiveness of the Vaccine COVID-19 Recombinant/Fiocruz® against variants of SARS-CoV-2, enabling the immunization of more than 60,000 people in a single day. Objectives: The main objective of the present study was to evaluate the temporal and epidemiological dispersion of the SARSCoV-2 variants before the massive vaccination that took place in Botucatu, in addition to relating them to the clinical characteristics of the disease. Methodology: 400 samples positive for SARS-CoV-2 were randomly selected, referring to the 4 Epidemiological Weeks (SE 16, 17, 18 and 19 of 2021) that preceded the day of vaccination. Next Generation Sequencing was used to generate the sequences and determine the variants. Results: 371 high quality sequences were generated. Of these sequences, 98.4% were from VOC Gamma, while 1.3% were from VOC Alpha and 0.3% were from Variant of Interest Zeta. During the 4 SEs, the Gamma P.1 and P.1.14 strains were the most frequent. Lineage P.1 was more frequent in both men and women and in younger people and adults (0-59 years). There was no correlation between the variants and the presence of comorbidities, nor between them and the moderate and severe clinical conditions of Covid-19 or death. However, P.1 was more frequent than P.1.14 in people who had some symptoms of Covid-19. There was no difference between real-time PCR (CT) values for these strains. In the phylogenetic analyses, it was possible to observe a small grouping of 9 P.1.14 samples containing the mutations in ORF1a: M584V and A3620V, until then, not found in any sequence of this subline. Conclusion: The high prevalence of P.1 and P.1.14 in a pre-mass vaccination scenario may provide us with insights into the evolution and molecular epidemiology of SARS-CoV-2 and its VOCs. In this way, we emphasize the importance of SARS-CoV-2 genomic surveillance, which can help support public sector decision-making and the management of Covid-19.