Publicação: Diversidade genética do gene HLA-DRA em populações mundiais e busca de polimorfismos funcionais
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Data
Autores
Orientador
Castelli, Erick da Cruz 
Coorientador
Pós-graduação
Patologia - FMB
Curso de graduação
Título da Revista
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Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Tipo
Dissertação de mestrado
Direito de acesso
Acesso aberto
Resumo
A molécula de HLA-DR, alvo do presente estudo, é um heterodímero de superfície celular responsável pela apresentação de peptídeos de origem exógena aos linfócitos T CD4. HLA-DR é composta por duas cadeias: α, codificada pelo gene HLA-DRA, e β, codificada principalmente pelo gene HLA-DRB1. Enquanto HLA-DRA é pouco polimórfico, HLA-DRB1 é bastante variável e influencia diretamente o perfil de peptídeos apresentados. Os genes HLA se originaram por duplicação gênica e possuem elevada similaridade entre si. Por conta disso, a análise de sequências geradas por estratégias de sequenciamento massivo paralelo se torna um grande desafio, necessitando de ferramentas especializadas que corrigem alinhamentos e detectam adequadamente as variantes genéticas e haplótipos. Este estudo utilizou uma metodologia computacional desenhada exclusivamente para os genes HLA-DRA e HLA-DRB1 e avaliou a diversidade desses genes em cerca de 5000 amostras de diferentes populações, de todos os continentes, incluindo o Brasil. O gene HLA-DRA demonstrou-se pouco variável em suas regiões exônicas, com mutações não-sinônimas apresentando apenas 3 proteínas distintas. Dessas, apenas duas são frequentes: DRA*01:01 (67%) e DRA*01:02 (29%). No entanto, há uma grande quantidade de polimorfismos em íntrons (168 SNPs), muitos deles bastante frequentes, com Minor Allele Frequence (MAF) maior do que 1%.
Descrição
Palavras-chave
HLA-DRA, Variabilidade, Polimorfismos, NGS
Idioma
Português
