Avaliação da Variabilidade de uma Biblioteca de Anticorpos construída a partir de sangue de pacientes com Hepatite C Crônica com diferentes Graus de Fibrose

Abstract

A progressão da fibrose hepática somada à infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) tem sido associada à resposta imunológica permanente. O estudo no repertório de anticorpos Anti-VHC na progressão da fibrose hepática foi explorado através de ferramentas de sequenciamento em larga escala (NGS) possibilitando uma análise de repertórios altamente variáveis como as porções variáveis VH (cadeia pesada) e Vk (cadeia leve) das imunoglobulinas, e a determinação de famílias e subfamílias dos genes V-D-J associadas à resposta humoral encontrada nas diferentes fases da doença proporcionam uma ferramenta importante no entendimento da resposta imune frente à infecção viral pelo VHC. As porções VH e Vk das imunoglobulinas foram obtidas a partir da amplificação de RNA de sangue de paciente VHC positivos e com diferentes graus de fibrose, e sequenciadas na plataforma Illumina® Miseq, fornecendo uma grande variabilidade de sequências que foram pré-processadas por ferramentas de bioinformática e analisadas em dois bancos de anticorpos diferentes: IgBlast (NCBI) e IMGT® quanto às famílias e subfamílias mais expressas. A expressão restrita de algumas famílias e subfamílias: IGHV1, IGHV3, IGHV4 e subfamílias já descritas em vários estudos associados ao VHC corrobora com nossos achados de que existe uma tendência do uso de algumas subfamílias como: IGHV1-2, IGHV1-8, IGVH1-69, IGHV3-11, IGHV3-21, IGHV3-23, IGVH3-30, IGHV4-4, IGHV4-34 IGHV4-39 na cadeia pesada; assim como IGkV3-15 e IGkV3-20 na cadeia leve, porém as subfamílias: IGHV1-8, IGHV3-11, IGHV4-39, IGkV1-5, IGkV1-12, IGkV1-39 também estavam entre as mais expressas, indicando que estas subfamílias também podem estar relacionadas a expressão preferencial induzida pelo vírus em detrimento de outras; como encontramos na família IGVH3 que estava menos expressa no grupo F3/F4 de fibrose avançada; resultado esse inovador na literatura relacionada ao VHC o sugere uma mudança no padrão de resposta imunológica à medida que a doença progride.

The progression of hepatic fibrosis in the hepatitis C virus (HCV) infection has been linked with permanent immune response. The study in the repertoire of Anti-HCV antibodies in the progression of hepatic fibrosis was analysed for large-scale sequencing (NGS) tools enabling a highly variable analysis such as the VH (heavy chain) and Vk (light chain) portions of immunoglobulins and the determination of families and subfamilies of the V-D-J genes in the humoral response found in the different phases of the disease, a great tool in the understanding of the immune response to HCV viral infection. The VH and V portions of the immunoglobulins were obtained from the amplification of HCV positive HCV patient blood with different degrees of fibrosis and sequenced on the Illumina® Miseq platform, providing a large sequence variability that was preprocessed by tools of bioinformatics and analyzed in two different antibody banks: IgBlast (NCBI) and IMGT® for the most expressed families and subfamilies. The restricted expression of some families: IGHV1, IGHV3, IGHV4 and subfamilies already described in several HCV-related studies confirm our findings that there is a tendency to use some subfamilies, such as: IGHV1-2, IGHV1-8, IGVH1- 69, IGHV3-11, IGHV3-21, IGHV3-23, IGVH3-30, IGHV4-4, IGHV4-34 IGHV4-39 in the heavy chain; as well as IGkV3-15 and IGkV3-20 in the light chain, but the subfamilies: IGHV1-8, IGHV3-11, IGHV4-39, IGkV1-5, IGkV1-12, IGkV1-39 were also among the most expressed, indicating that these subfamilies may also be related to preferential expression induced by the virus over others; as found in the IGVH3 family, which was less expressed in the advanced fibrosis group F3/F4; result this groundbreaking finding in the HCV literature suggests a change in the pattern of immune response as the disease progresses.