Análise da dispersão temporal e epidemiológica das variantes do SARS-CoV-2 no período de pré-vacinação em massa na cidade de Botucatu-SP
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Data
2022-09-27
Autores
Orientador
Souza-Neto, Jayme Augusto
Grotto, Rejane Maria Tommasini
Fortaleza, Carlos Magno Castelo Branco
Coorientador
Pós-graduação
Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia - FCF
Curso de graduação
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Tipo
Dissertação de mestrado
Direito de acesso
Acesso restrito
Resumo
Resumo (português)
Após a circulação das Variantes de Preocupação (VOC) do SARS-CoV-2, Alpha, Beta, Gamma, Delta e a atual predominante Ômicron, e a ampla cobertura vacinal, houve uma drástica redução nos números de óbitos por Covid-19. Em maio de 2021, o município de Botucatu-SP foi palco de uma pesquisa que avaliou a efetividade da Vacina COVID-19 Recombinante/Fiocruz® contra variantes do SARS-CoV-2, possibilitando a imunização de mais de 60 mil pessoas em um único dia. Objetivos: O objetivo central do presente estudo foi avaliar a dispersão temporal e epidemiológica das variantes do SARS-CoV-2 antes da vacinação massiva que ocorreu em Botucatu, além de relacioná-las às características clínicas da doença. Metodologia: Foram selecionadas aleatoriamente 400 amostras positivas para SARS-CoV-2, referentes as 4 Semanas Epidemiológicas (SE 16, 17, 18 e 19 de 2021) que antecederam o dia da vacinação. O Sequenciamento de Nova Geração foi utilizado para produzir as sequências e determinar as variantes. Resultados: Foram geradas 371 sequências de alta qualidade. Dessas sequências, 98,4% eram da VOC Gamma, enquanto 1,3% eram da VOC Alpha e 0,3% eram da Variante de Interesse Zeta. Durante as 4 SE as linhagens de Gamma P.1 e P.1.14 foram as mais frequentes. A linhagem P.1 foi mais frequente tanto em homens quanto em mulheres e nas pessoas mais jovens e nos adultos (0-59 anos). Não houve correlação entre as variantes e a presença de comorbidades, tampouco entre elas e os quadros clínicos moderados e graves da Covid-19 ou óbito. Entretanto, P.1 foi mais frequente do que P.1.14 em pessoas que apresentaram algum sintoma da Covid-19. Não houve diferença entre os valores de PCR em tempo real (CT) para essas linhagens. Nas análises filogenéticas, foi possível observar um pequeno agrupamento de 9 amostras de P.1.14 contendo as mutações em ORF1a: M584V e A3620V, até então, não encontradas em nenhuma sequência dessa sublinhagem. Conclusão: A alta predominância de P.1 e P.1.14 em um cenário pré-vacinação em massa pode nos fornecer insights sobre a evolução e a epidemiologia molecular do SARS CoV-2 e suas VOCs. Dessa forma ressaltamos a importância da vigilância genômica do SARS-CoV-2, que pode ajudar a subsidiar as tomadas de decisões dos setores públicos e manejo da Covid-19.
Resumo (inglês)
After the circulation of the Variants of Concern (VOC) of SARS-CoV-2, Alpha, Beta, Gamma, Delta and the current predominant Ômicron, and the wide vaccine coverage, there was a drastic reduction in the numbers of deaths by Covid-19. In May 2021, the municipality of Botucatu-SP was the scene of a survey that evaluated the effectiveness of the Vaccine COVID-19 Recombinant/Fiocruz® against variants of SARS-CoV-2, enabling the immunization of more than 60,000 people in a single day. Objectives: The main objective of the present study was to evaluate the temporal and epidemiological dispersion of the SARSCoV-2 variants before the massive vaccination that took place in Botucatu, in addition to relating them to the clinical characteristics of the disease. Methodology: 400 samples positive for SARS-CoV-2 were randomly selected, referring to the 4 Epidemiological Weeks (SE 16, 17, 18 and 19 of 2021) that preceded the day of vaccination. Next Generation Sequencing was used to generate the sequences and determine the variants. Results: 371 high quality sequences were generated. Of these sequences, 98.4% were from VOC Gamma, while 1.3% were from VOC Alpha and 0.3% were from Variant of Interest Zeta. During the 4 SEs, the Gamma P.1 and P.1.14 strains were the most frequent. Lineage P.1 was more frequent in both men and women and in younger people and adults (0-59 years). There was no correlation between the variants and the presence of comorbidities, nor between them and the moderate and severe clinical conditions of Covid-19 or death. However, P.1 was more frequent than P.1.14 in people who had some symptoms of Covid-19. There was no difference between real-time PCR (CT) values for these strains. In the phylogenetic analyses, it was possible to observe a small grouping of 9 P.1.14 samples containing the mutations in ORF1a: M584V and A3620V, until then, not found in any sequence of this subline. Conclusion: The high prevalence of P.1 and P.1.14 in a pre-mass vaccination scenario may provide us with insights into the evolution and molecular epidemiology of SARS-CoV-2 and its VOCs. In this way, we emphasize the importance of SARS-CoV-2 genomic surveillance, which can help support public sector decision-making and the management of Covid-19.
Descrição
Palavras-chave
Idioma
Português
