Gliomas and the homologous recombination DNA repair pathway: identification of genes correlated to tumorigenesis and tumor progression
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Data
2022-05-19
Autores
Orientador
Valente, Valeria
Cristofaro, Luis Fernando Macedo Di
Coorientador
Pós-graduação
Curso de graduação
Farmácia - FCF
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Tipo
Trabalho de conclusão de curso
Direito de acesso
Acesso restrito
Resumo
Resumo (português)
ABSTRACT
Homologous recombination (HR) is the most error-free repair pathway at human
cells disposal. Disruption or dysregulation on HR machinery can have gruesome
outcomes associated with genomic instability, such as tumorigenesis and adaptive
tumor progression. Gliomas are CNS tumors histologically and molecularly classified
by WHO. High-grade malignant gliomas, as GBM, have persistent poor prognosis,
even after numerous research over the last decades. This is usually associated with
therapy failure and recurrence shortly after surgical resection. In this study we aimed
to find correlation between HR repair genes expression and glioma prognosis.
Following the selection of HR repair related genes compiled through extensive
review research on Google Scholar and Periódicos CAPES, CGGA was consulted and
the mRNAseq_693 was used to analyze gene expression in glioma samples.
Afterward, ROC curves were plotted to determine a threshold for low/high expression
and Kaplan-Meier analysis presented hazard ratio and median survival data.
Thirteen out of the 67 initial genes showed a hazard ratio above 2.5, twelve of
which resulting in a decrease of over 75% in patient median survival, indicating a strong
correlation between gene high expression and prognosis. This indicates that up
regulated HR repair is closely related to cell survival and stablishes HR genes as
possible biomarkers for glioma prognosis.
Resumo (português)
RESUMO
A Recombinação Homóloga (HR) é a via de reparo à disposição das células
humanas que resulta em menos erros. A interrupção ou desregulação na maquinaria
de HR pode ter resultados drásticos associados à instabilidade genômica, como
tumorigênese e adaptação durante a progressão tumoral. Gliomas são tumores do
SNC classificados histologicamente e molecularmente pela OMS. Gliomas malignos
de alto grau, como GBM, mantêm prognóstico desfavorável renitente, mesmo após
inúmeras pesquisas realizadas nas últimas décadas. Isso geralmente está associado
à falha da terapia e recorrência logo após a ressecção cirúrgica. Neste estudo,
objetivamos encontrar correlação entre a expressão dos genes de reparo por HR e o
prognóstico de gliomas.
Após a seleção dos genes relacionados ao reparo por HR, compilados por meio
de extensa pesquisa de revisão no Google Scholar e Periódicos CAPES, o CGGA foi
consultado e o mRNAseq_693 foi utilizado para analisar a expressão gênica em
amostras de glioma. Posteriormente, as curvas ROC foram plotadas para determinar
um limiar para expressão baixa/alta e a análise de Kaplan-Meier apresentou dados de
taxa de risco e sobrevida mediana.
Treze dentre os 67 genes iniciais mostraram uma taxa de risco acima de 2,5 e
doze deles uma diminuição de mais de 75% na sobrevida mediana dos pacientes,
indicando uma forte correlação entre a alta expressão do gene e o prognóstico. Isso
indica que o reparo por HR quando superregulado está intimamente relacionado à
sobrevivência celular e estabelece os genes da via de HR como possíveis biomarcadores para o prognóstico de gliomas.
Descrição
Palavras-chave
Idioma
Inglês
